More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1955 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1955  HflC protein  100 
 
 		 294 aa  570  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.905613  normal  0.165477 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2735  protein hflC  67.13 
 
 		 297 aa  382  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0491808  normal  0.0307139 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0356  HflC protein  66.32 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.534146  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2000  HflC protein  66.32 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.491743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0886  HflC protein  65.61 
 
 		 340 aa  362  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.340526 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3671  HflC protein  64.85 
 
 		 369 aa  343  2e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.150506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3172  HflC protein  61.46 
 
 		 300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2039  HflC protein  47.89 
 
 		 318 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.826229 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2459  HflC protein  47.95 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118766 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4004  HflC protein  46.67 
 
 		 308 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.781168  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3261  HflC protein  46.48 
 
 		 300 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.103141  normal  0.242798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6096  protease activity modulator HflK  46.49 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3351  HflC protein  45.42 
 
 		 311 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  0.149829 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2202  hypothetical protein  44.67 
 
 		 293 aa  235  6e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1663  HflC protein  46.59 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.107349 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2727  HflC protein  44.73 
 
 		 299 aa  231  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772067  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2348  hypothetical protein  44.98 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2779  HflC protein  42.23 
 
 		 320 aa  229  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1051  hflC protein  40.64 
 
 		 289 aa  227  1e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2799  HflC protein  44.52 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565333 
 
 
-
 
NC_004310  BR1396  hflC protein  45.02 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1352  HflC protein  45.02 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0605  HflC protein  45.76 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0249897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1088  HflC protein  44.29 
 
 		 328 aa  225  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0844  hypothetical protein  40.64 
 
 		 290 aa  225  7e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4528  HflC protein  42.41 
 
 		 325 aa  225  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.788095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0702  HflC protein  45.69 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.999552  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2017  HflC protein  45.21 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2023  HflC protein  43.39 
 
 		 292 aa  222  4e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.634094  normal  0.555139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2657  HflC protein  42.23 
 
 		 316 aa  223  4e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.267381 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2884  HflC protein  42.23 
 
 		 313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1795  HflC protein  46.15 
 
 		 300 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2540  HflC protein  45.13 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713322  normal  0.756997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0444  HflC protein  39.18 
 
 		 292 aa  216  4e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.653206  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0900  HflC protein  40.21 
 
 		 289 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.219855  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3345  HflC protein  43.11 
 
 		 281 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.402019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1574  HflC protein  42.42 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000132487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2816  HFLC protein  41.3 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.273715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1731  HflC protein  44.65 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000316611 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0663  HflC protein  42.35 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0721748  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0487  HflC protein  42.16 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.426626 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0629  HflC protein  38.52 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1091  HflC protein  39.71 
 
 		 284 aa  209  6e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2947  HflC protein  40 
 
 		 282 aa  207  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0832  hflC protein  40.82 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.379816  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0576  HflC protein  41.96 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  hitchhiker  0.000000000249888 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0165  HflC protein  40.36 
 
 		 286 aa  200  3e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225021  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2977  hypothetical protein  37.28 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3382  HflC protein  39.1 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2629  HflC protein  41.11 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000539146 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2675  HflC protein  38.3 
 
 		 284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0148023 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1586  HflC protein  39.33 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.258127  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1320  HflC protein  37.73 
 
 		 286 aa  195  9e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.422043  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2280  HflC protein  38.3 
 
 		 283 aa  193  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1108  HflC protein  35.66 
 
 		 283 aa  193  3e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0998  HflC protein  35.66 
 
 		 283 aa  193  3e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0604  hypothetical protein  37.59 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.256149 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1941  HflC protein  37.31 
 
 		 294 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07570  membrane bound protease regulator HflC  40.77 
 
 		 287 aa  191  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02635  HflC protein  39.44 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1280  HflC protein  39.31 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.393692  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3385  HflC protein  39.85 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.279165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2098  HflC protein  37.59 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0575  hypothetical protein  39.02 
 
 		 289 aa  188  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3202  HflC protein  37.33 
 
 		 298 aa  188  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11004  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3537  HflC protein  37.28 
 
 		 292 aa  189  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000127879  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4939  hflC protein  38.68 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.744013  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2587  HflC-like protein  37.96 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0635076  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0569  HflC protein  37.28 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000254764  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0867  HflC protein  38.31 
 
 		 282 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00264104  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2664  protease subunit HflC  38.14 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0600  HflC protein  37.24 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00172359  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3650  FtsH protease regulator HflC  33.53 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3795  FtsH protease regulator HflC  33.53 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0696  FtsH protease regulator HflC  33.53 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0703  HflC protein  37.05 
 
 		 281 aa  186  5e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2078  hypothetical protein  37.5 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0606  hflC protein  37.24 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0601  HflC protein  37.59 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000974479  hitchhiker  0.00702769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3429  HflC protein  37.59 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00841397  normal  0.0439963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0526  hypothetical protein  39.16 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.267523 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1980  hflC protein  39.18 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4167  HflC protein  35.66 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000744211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1748  HflC protein  45.05 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.224393  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0800  HflC protein  36.11 
 
 		 292 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0002  HflC protein  37.02 
 
 		 281 aa  182  6e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0434  FtsH protease regulator HflC  33.53 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476328  unclonable  0.0000000374568 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3015  HflC protein  37.19 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.698845  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3981  HflC protein  37.79 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.515796  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3308  HflC protein  38.49 
 
 		 292 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3718  FtsH protease regulator HflC  33.54 
 
 		 331 aa  180  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0820553  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4725  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4642  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4632  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4761  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3916  FtsH protease regulator HflC  33.54 
 
 		 331 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.32908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4782  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  0.242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4943  HflC protein  39.86 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00429597 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1721  HflC protein  35.79 
 
 		 287 aa  178  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1786  integral membrane proteinase  35.79 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>