More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2348 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2348  hypothetical protein  100 
 
 
298 aa  595  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2727  HflC protein  91.64 
 
 
299 aa  536  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772067  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3261  HflC protein  81.67 
 
 
300 aa  500  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.103141  normal  0.242798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4004  HflC protein  84.48 
 
 
308 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.781168  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3351  HflC protein  82.76 
 
 
311 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  0.149829 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2039  HflC protein  80.82 
 
 
318 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.826229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6096  protease activity modulator HflK  77.47 
 
 
311 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1663  HflC protein  63.38 
 
 
300 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.107349 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0605  HflC protein  58.84 
 
 
312 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0249897 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2459  HflC protein  56.84 
 
 
290 aa  326  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.118766 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1731  HflC protein  55.88 
 
 
295 aa  308  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000316611 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1088  HflC protein  49.18 
 
 
328 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4528  HflC protein  49.34 
 
 
325 aa  296  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.788095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2779  HflC protein  50.34 
 
 
320 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2657  HflC protein  50.17 
 
 
316 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.267381 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2884  HflC protein  50.17 
 
 
313 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0702  HflC protein  51.88 
 
 
310 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.999552  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2202  hypothetical protein  50.17 
 
 
293 aa  271  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2023  HflC protein  46.69 
 
 
292 aa  259  4e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.634094  normal  0.555139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1574  HflC protein  44.36 
 
 
300 aa  258  8e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000132487  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3345  HflC protein  45.61 
 
 
281 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.402019  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1051  hflC protein  39.78 
 
 
289 aa  246  3e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0844  hypothetical protein  39.64 
 
 
290 aa  240  2e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1955  HflC protein  45.39 
 
 
294 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.905613  normal  0.165477 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3385  HflC protein  41.67 
 
 
306 aa  235  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.279165  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2947  HflC protein  41.52 
 
 
282 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0165  HflC protein  44.09 
 
 
286 aa  234  2.0000000000000002e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225021  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2280  HflC protein  42.55 
 
 
283 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0886  HflC protein  43.68 
 
 
340 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.340526 
 
 
-
 
NC_002978  WD0832  hflC protein  43.02 
 
 
290 aa  231  8.000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.379816  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0356  HflC protein  43.32 
 
 
340 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.534146  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2000  HflC protein  43.32 
 
 
340 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.491743  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1091  HflC protein  41.01 
 
 
284 aa  230  2e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3671  HflC protein  43.64 
 
 
369 aa  228  6e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.150506  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2587  HflC-like protein  40.77 
 
 
304 aa  227  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0635076  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2977  hypothetical protein  40.64 
 
 
295 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0487  HflC protein  41.76 
 
 
283 aa  224  1e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.426626 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2675  HflC protein  40.07 
 
 
284 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0148023 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1795  HflC protein  45.16 
 
 
300 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1352  HflC protein  43 
 
 
300 aa  223  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1396  hflC protein  43 
 
 
300 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0900  HflC protein  40.82 
 
 
289 aa  222  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.219855  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2735  protein hflC  41.31 
 
 
297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0491808  normal  0.0307139 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0576  HflC protein  42.46 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  hitchhiker  0.000000000249888 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1586  HflC protein  42.97 
 
 
294 aa  217  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.258127  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3382  HflC protein  40.79 
 
 
293 aa  216  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2816  HFLC protein  44.72 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.273715  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0444  HflC protein  40.36 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.653206  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0663  HflC protein  41.88 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0721748  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0604  hypothetical protein  41.7 
 
 
293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.256149 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1108  HflC protein  37.64 
 
 
283 aa  211  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3172  HflC protein  42.03 
 
 
300 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0998  HflC protein  37.64 
 
 
283 aa  211  1e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1748  HflC protein  48.03 
 
 
328 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.224393  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2799  HflC protein  42.03 
 
 
321 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.565333 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0629  HflC protein  38.55 
 
 
283 aa  209  3e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1280  HflC protein  37.88 
 
 
297 aa  209  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.393692  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2540  HflC protein  43.22 
 
 
319 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713322  normal  0.756997 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1941  HflC protein  39.05 
 
 
294 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0867  HflC protein  38.74 
 
 
282 aa  203  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00264104  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2629  HflC protein  40.85 
 
 
293 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000539146 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4939  hflC protein  40.14 
 
 
289 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.744013  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0575  hypothetical protein  40.14 
 
 
289 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07570  membrane bound protease regulator HflC  40.38 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2766  HflC protein  37.85 
 
 
291 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.147962  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1980  hflC protein  39.71 
 
 
287 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5670  protease subunit HflC  41.2 
 
 
289 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65270  protease subunit HflC  40.85 
 
 
289 aa  195  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1320  HflC protein  31.71 
 
 
286 aa  195  9e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.422043  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3981  HflC protein  35.27 
 
 
294 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.515796  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4891  HflC protein  40.71 
 
 
289 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.191561  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2017  HflC protein  42.66 
 
 
310 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4767  HflC protein  40.71 
 
 
289 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2098  HflC protein  35.93 
 
 
300 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0264  HflC protein  40.29 
 
 
282 aa  193  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4943  HflC protein  40.36 
 
 
289 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00429597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0526  hypothetical protein  40.36 
 
 
289 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.267523 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3202  HflC protein  36.36 
 
 
298 aa  191  9e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11004  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0488  HflC protein  38.19 
 
 
295 aa  191  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4682  HflC protein  40.75 
 
 
289 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00652  Membrane protease, stomatin/prohibitin family protein  36.99 
 
 
293 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0703  HflC protein  34.97 
 
 
281 aa  189  5e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2078  hypothetical protein  37.01 
 
 
303 aa  189  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0538  FtsH protease regulator HflC  35.76 
 
 
331 aa  188  8e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255691  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0434  FtsH protease regulator HflC  34.47 
 
 
335 aa  188  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476328  unclonable  0.0000000374568 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0638  HflC protein  41.43 
 
 
289 aa  188  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0112821 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0600  HflC protein  36.9 
 
 
297 aa  188  9e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00172359  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3332  band 7 protein  40 
 
 
283 aa  187  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.453043  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0606  hflC protein  37.24 
 
 
297 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0696  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 
334 aa  187  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0549  membrane protease subunit HflC  36.75 
 
 
304 aa  186  3e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3795  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 
334 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3650  FtsH protease regulator HflC  33.86 
 
 
334 aa  187  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3718  FtsH protease regulator HflC  34.6 
 
 
331 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0820553  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2664  protease subunit HflC  36.73 
 
 
291 aa  186  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0601  HflC protein  36.9 
 
 
297 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000974479  hitchhiker  0.00702769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3429  HflC protein  36.9 
 
 
297 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00841397  normal  0.0439963 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4167  HflC protein  36.71 
 
 
292 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000744211  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0328  HflC protein  36.67 
 
 
295 aa  185  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.791365  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3537  HflC protein  36.81 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000127879  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>