More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2664 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2664  protease subunit HflC  100 
 
 
291 aa  590  1e-167  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2629  HflC protein  54.14 
 
 
293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000539146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07570  membrane bound protease regulator HflC  57.09 
 
 
287 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0575  hypothetical protein  56.34 
 
 
289 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4939  hflC protein  55.63 
 
 
289 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.744013  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5670  protease subunit HflC  57.44 
 
 
289 aa  301  9e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0526  hypothetical protein  55.05 
 
 
289 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.267523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65270  protease subunit HflC  57.09 
 
 
289 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4682  HflC protein  56.77 
 
 
289 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4943  HflC protein  55.75 
 
 
289 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00429597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4891  HflC protein  55.4 
 
 
289 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.191561  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4767  HflC protein  55.4 
 
 
289 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2766  HflC protein  48.6 
 
 
291 aa  291  9e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.147962  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0444  HflC protein  48.28 
 
 
292 aa  288  8e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.653206  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1280  HflC protein  47.92 
 
 
297 aa  285  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.393692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0601  HflC protein  49.49 
 
 
297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000974479  hitchhiker  0.00702769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3429  HflC protein  49.49 
 
 
297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00841397  normal  0.0439963 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00652  Membrane protease, stomatin/prohibitin family protein  45.83 
 
 
293 aa  281  9e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0600  HflC protein  48.81 
 
 
297 aa  281  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00172359  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0638  HflC protein  54.36 
 
 
289 aa  280  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0112821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3707  HflC protein  48.97 
 
 
297 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572982  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3764  HflC protein  48.97 
 
 
297 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000648597  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0561  HflC protein  48.97 
 
 
297 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000351984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3890  HflC protein  48.97 
 
 
297 aa  278  9e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000138111  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0900  HflC protein  50.36 
 
 
289 aa  277  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.219855  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0606  hflC protein  47.78 
 
 
297 aa  277  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1091  HflC protein  47.65 
 
 
284 aa  276  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3382  HflC protein  48.07 
 
 
293 aa  275  8e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3537  HflC protein  48.97 
 
 
292 aa  275  9e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000127879  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0663  HflC protein  47.67 
 
 
302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0721748  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2587  HflC-like protein  49.07 
 
 
304 aa  272  4.0000000000000004e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0635076  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2977  hypothetical protein  45.17 
 
 
295 aa  267  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0576  HflC protein  50.89 
 
 
298 aa  267  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  hitchhiker  0.000000000249888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3277  HflC protein  49.27 
 
 
297 aa  267  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000125944  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1586  HflC protein  47.17 
 
 
294 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.258127  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3308  HflC protein  49.1 
 
 
292 aa  267  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0800  HflC protein  46.67 
 
 
292 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3202  HflC protein  46.6 
 
 
298 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11004  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0604  hypothetical protein  47.2 
 
 
293 aa  259  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.256149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3022  hflC protein  47.12 
 
 
308 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000029647  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3981  HflC protein  46.21 
 
 
294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.515796  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0569  HflC protein  45.07 
 
 
292 aa  256  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000254764  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4167  HflC protein  45.14 
 
 
292 aa  256  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000744211  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0328  HflC protein  46.3 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.791365  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0488  HflC protein  42.47 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1980  hflC protein  47.6 
 
 
287 aa  250  2e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1941  HflC protein  46.18 
 
 
294 aa  248  8e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3235  HflC protein  41.52 
 
 
288 aa  247  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000478035  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0538  FtsH protease regulator HflC  40.12 
 
 
331 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255691  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002262  HflC protein  39.75 
 
 
326 aa  242  6e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00114995  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3718  FtsH protease regulator HflC  39.76 
 
 
331 aa  240  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0820553  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00091  serine protease  39.56 
 
 
326 aa  239  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2078  hypothetical protein  43.16 
 
 
303 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3916  FtsH protease regulator HflC  39.69 
 
 
331 aa  237  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.32908  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2761  hflC protein  42.17 
 
 
326 aa  236  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0386111  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1223  putative serine protease transmembrane protein  42.91 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00070103  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04042  modulator for HflB protease specific for phage lambda cII repressor  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.040502  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3818  HflC protein  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.557877  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4417  FtsH protease regulator HflC  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0495  FtsH protease regulator HflC  39.94 
 
 
331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3838  FtsH protease regulator HflC  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04004  hypothetical protein  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.054912  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4646  FtsH protease regulator HflC  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.175793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4733  FtsH protease regulator HflC  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5691  FtsH protease regulator HflC  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.187921  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2098  HflC protein  42.76 
 
 
300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4706  FtsH protease regulator HflC  39.68 
 
 
334 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2774  HflC protein  39.93 
 
 
294 aa  232  5e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0434  FtsH protease regulator HflC  40.12 
 
 
335 aa  231  7.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476328  unclonable  0.0000000374568 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02635  HflC protein  43.42 
 
 
282 aa  231  8.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3650  FtsH protease regulator HflC  38.72 
 
 
334 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3795  FtsH protease regulator HflC  38.72 
 
 
334 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0696  FtsH protease regulator HflC  38.72 
 
 
334 aa  229  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4632  FtsH protease regulator HflC  39.1 
 
 
334 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4642  FtsH protease regulator HflC  39.1 
 
 
334 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4761  FtsH protease regulator HflC  39.1 
 
 
334 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4782  FtsH protease regulator HflC  39.1 
 
 
334 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  0.242 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4725  FtsH protease regulator HflC  39.1 
 
 
334 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1283  HflC protein  41.87 
 
 
289 aa  229  4e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.368114  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0358  FtsH protease regulator HflC  38.06 
 
 
334 aa  226  4e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  hitchhiker  0.00397927 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1159  HflC protein  43.01 
 
 
304 aa  224  9e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.712281 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1067  HflC protein  42.66 
 
 
304 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277873  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0674  HflC protein  40.28 
 
 
289 aa  224  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1786  integral membrane proteinase  42.66 
 
 
287 aa  223  3e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2459  HflC protein  41.01 
 
 
290 aa  223  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.118766 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2675  HflC protein  41.26 
 
 
284 aa  222  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0148023 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0578  FtsH protease regulator HflC  38.48 
 
 
333 aa  223  4e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1721  HflC protein  42.81 
 
 
287 aa  222  4.9999999999999996e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3015  HflC protein  41.81 
 
 
287 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.698845  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0549  membrane protease subunit HflC  39.93 
 
 
304 aa  219  3e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0525  membrane protease subunit HflC  39.93 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2023  HflC protein  42.76 
 
 
292 aa  215  7e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.634094  normal  0.555139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1574  HflC protein  40.51 
 
 
300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000132487  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4528  HflC protein  40.28 
 
 
325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.788095 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2947  HflC protein  39.16 
 
 
282 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1088  HflC protein  37.97 
 
 
328 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2657  HflC protein  39.18 
 
 
316 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.267381 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2884  HflC protein  39.18 
 
 
313 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2280  HflC protein  38.65 
 
 
283 aa  203  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2860  HflC protein  38.87 
 
 
295 aa  202  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>