More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0569 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0569  HflC protein  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000254764  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0800  HflC protein  85.27 
 
 		 292 aa  517  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4167  HflC protein  83.56 
 
 		 292 aa  508  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000744211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3537  HflC protein  79.45 
 
 		 292 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000127879  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3890  HflC protein  79.05 
 
 		 297 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000138111  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0606  hflC protein  77.03 
 
 		 297 aa  478  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3707  HflC protein  79.05 
 
 		 297 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0561  HflC protein  79.05 
 
 		 297 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000351984  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3764  HflC protein  79.05 
 
 		 297 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000648597  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0601  HflC protein  78.38 
 
 		 297 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000974479  hitchhiker  0.00702769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3429  HflC protein  78.38 
 
 		 297 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00841397  normal  0.0439963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0600  HflC protein  78.04 
 
 		 297 aa  477  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00172359  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3202  HflC protein  76.35 
 
 		 298 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11004  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3308  HflC protein  76.71 
 
 		 292 aa  463  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3277  HflC protein  76.69 
 
 		 297 aa  454  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000125944  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3022  hflC protein  64.94 
 
 		 308 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000029647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00652  Membrane protease, stomatin/prohibitin family protein  60.9 
 
 		 293 aa  368  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3981  HflC protein  61.03 
 
 		 294 aa  358  8e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.515796  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0328  HflC protein  59.71 
 
 		 295 aa  344  1e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.791365  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0488  HflC protein  56.9 
 
 		 295 aa  342  4e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002262  HflC protein  52.19 
 
 		 326 aa  334  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00114995  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3235  HflC protein  56.01 
 
 		 288 aa  333  2e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2774  HflC protein  53.66 
 
 		 294 aa  331  7.000000000000001e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00091  serine protease  50.62 
 
 		 326 aa  328  5.0000000000000004e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2761  hflC protein  50 
 
 		 326 aa  324  9e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0386111  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0434  FtsH protease regulator HflC  51.99 
 
 		 335 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476328  unclonable  0.0000000374568 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3795  FtsH protease regulator HflC  50.77 
 
 		 334 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0696  FtsH protease regulator HflC  50.77 
 
 		 334 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3650  FtsH protease regulator HflC  50.77 
 
 		 334 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3718  FtsH protease regulator HflC  50.31 
 
 		 331 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0820553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0358  FtsH protease regulator HflC  51.45 
 
 		 334 aa  314  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  hitchhiker  0.00397927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04042  modulator for HflB protease specific for phage lambda cII repressor  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.040502  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3818  HflC protein  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.557877  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4706  FtsH protease regulator HflC  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3838  FtsH protease regulator HflC  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5691  FtsH protease regulator HflC  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.187921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04004  hypothetical protein  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.054912  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4417  FtsH protease regulator HflC  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3916  FtsH protease regulator HflC  50 
 
 		 331 aa  311  5.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.32908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4646  FtsH protease regulator HflC  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.175793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4733  FtsH protease regulator HflC  51.29 
 
 		 334 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4725  FtsH protease regulator HflC  51.61 
 
 		 334 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4761  FtsH protease regulator HflC  51.61 
 
 		 334 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4642  FtsH protease regulator HflC  51.61 
 
 		 334 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0578  FtsH protease regulator HflC  48.62 
 
 		 333 aa  310  2e-83  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4632  FtsH protease regulator HflC  51.61 
 
 		 334 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4782  FtsH protease regulator HflC  51.61 
 
 		 334 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  0.242 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0538  FtsH protease regulator HflC  49.54 
 
 		 331 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255691  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0495  FtsH protease regulator HflC  50.49 
 
 		 331 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1091  HflC protein  48.41 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0549  membrane protease subunit HflC  46.04 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2977  hypothetical protein  45.8 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0444  HflC protein  45.99 
 
 		 292 aa  259  3e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.653206  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0525  membrane protease subunit HflC  46.04 
 
 		 304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07570  membrane bound protease regulator HflC  47.08 
 
 		 287 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1586  HflC protein  46.64 
 
 		 294 aa  251  7e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.258127  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1280  HflC protein  41.26 
 
 		 297 aa  249  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.393692  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4939  hflC protein  44.25 
 
 		 289 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.744013  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0575  hypothetical protein  43.9 
 
 		 289 aa  245  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3382  HflC protein  45.71 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2664  protease subunit HflC  45.07 
 
 		 291 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1223  putative serine protease transmembrane protein  42.52 
 
 		 304 aa  242  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00070103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2098  HflC protein  45.55 
 
 		 300 aa  242  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2629  HflC protein  45.83 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000539146 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0663  HflC protein  44.41 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0721748  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0604  hypothetical protein  42.56 
 
 		 293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.256149 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2587  HflC-like protein  43.38 
 
 		 304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0635076  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0576  HflC protein  43.36 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  hitchhiker  0.000000000249888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1159  HflC protein  42.86 
 
 		 304 aa  238  9e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.712281 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2078  hypothetical protein  44.33 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1067  HflC protein  42.86 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0526  hypothetical protein  44.32 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.267523 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2766  HflC protein  44.33 
 
 		 291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.147962  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0900  HflC protein  42.55 
 
 		 289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.219855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4891  HflC protein  44.72 
 
 		 289 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.191561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4767  HflC protein  44.72 
 
 		 289 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4682  HflC protein  43.7 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4943  HflC protein  44.37 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00429597 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0638  HflC protein  43.9 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0112821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65270  protease subunit HflC  44.56 
 
 		 289 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0674  HflC protein  40.29 
 
 		 289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5670  protease subunit HflC  44.22 
 
 		 289 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1283  HflC protein  41.16 
 
 		 289 aa  221  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.368114  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02635  HflC protein  40.42 
 
 		 282 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3015  HflC protein  40.77 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.698845  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1980  hflC protein  44 
 
 		 287 aa  215  9e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1786  integral membrane proteinase  39.72 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1721  HflC protein  39.72 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1988  putative serine protease transmembrane protein  39.52 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0922969  normal  0.083656 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2860  HflC protein  38.64 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1941  HflC protein  39.11 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2459  HflC protein  37.5 
 
 		 290 aa  196  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118766 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2202  hypothetical protein  39.22 
 
 		 293 aa  195  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4004  HflC protein  35.74 
 
 		 308 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.781168  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1663  HflC protein  35.54 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.107349 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1574  HflC protein  38.66 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000132487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2947  HflC protein  35.69 
 
 		 282 aa  192  7e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2010  HflC protein  36.68 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0721507  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0487  HflC protein  38.89 
 
 		 283 aa  189  5e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.426626 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1178  HflC protein  38.85 
 
 		 301 aa  188  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.7077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>