More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1006 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1007  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  78.01 
 
 
573 aa  863    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02936  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0900  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  70.33 
 
 
573 aa  744    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.476047  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1006  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 
573 aa  1149    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0922  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  68.82 
 
 
572 aa  714    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.981358 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1249  methyl-accepting chemotaxis protein  53.83 
 
 
596 aa  548  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000483868  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.5 
 
 
543 aa  327  3e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3979  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.47 
 
 
552 aa  306  7e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0633  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.47 
 
 
552 aa  306  7e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1124  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.5 
 
 
547 aa  281  3e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00163985  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2890  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.55 
 
 
549 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.824592  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.95 
 
 
637 aa  260  6e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3351  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  32.97 
 
 
570 aa  257  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540062  normal  0.0241334 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3705  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.84 
 
 
541 aa  257  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0963791  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.51 
 
 
636 aa  256  8e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2284  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.15 
 
 
653 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00297466 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0580  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.09 
 
 
679 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2315  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.72 
 
 
653 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.967368  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.58 
 
 
640 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  40.26 
 
 
629 aa  253  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2828  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.23 
 
 
550 aa  251  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000014913 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  36.16 
 
 
640 aa  251  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0851  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.55 
 
 
674 aa  251  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2492  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.05 
 
 
572 aa  251  4e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67010  putative chemotaxis transducer  45.08 
 
 
647 aa  250  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3580  methyl-accepting chemotaxis protein  32.68 
 
 
546 aa  249  8e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  40.45 
 
 
638 aa  249  8e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.46 
 
 
552 aa  248  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.43301 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2511  methyl-accepting chemotaxis protein  37.19 
 
 
653 aa  247  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295069  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.01 
 
 
541 aa  247  4.9999999999999997e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  40.17 
 
 
712 aa  246  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.67 
 
 
541 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  39.89 
 
 
712 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0106  methyl-accepting chemotaxis protein  32.98 
 
 
546 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.827543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.53 
 
 
716 aa  244  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.95 
 
 
638 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0728  chemotaxis sensory transducer  40.26 
 
 
639 aa  242  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1494  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.03 
 
 
548 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.63 
 
 
638 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40 
 
 
637 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5811  putative chemotaxis transducer  45.71 
 
 
647 aa  240  5e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3284  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.83 
 
 
522 aa  239  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3098  methyl-accepting chemotaxis protein  39.94 
 
 
642 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.398555  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1672  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.2 
 
 
544 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.45 
 
 
638 aa  237  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1438  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.5 
 
 
540 aa  237  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4266  chemotaxis sensory transducer  33.69 
 
 
546 aa  237  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261421  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5553  methyl-accepting chemotaxis protein  34.77 
 
 
640 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0861  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.06 
 
 
542 aa  236  7e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2607  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.01 
 
 
541 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00122932  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0466  methyl-accepting chemotaxis protein  37.81 
 
 
541 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.99 
 
 
638 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  37.97 
 
 
713 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.92 
 
 
552 aa  234  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.14959  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3582  methyl-accepting chemotaxis protein  40.82 
 
 
541 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5092  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  41.64 
 
 
640 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4706  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  35.2 
 
 
541 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0445  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.63 
 
 
638 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.455391  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.78 
 
 
605 aa  233  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000515244  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2634  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  30.74 
 
 
542 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.917034  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.57 
 
 
564 aa  232  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.95 
 
 
773 aa  232  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.952357  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2966  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  39.38 
 
 
642 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.249585  normal  0.113943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3114  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  31.81 
 
 
541 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.860602  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1701  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.11 
 
 
650 aa  232  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.076135 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0081  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.41 
 
 
544 aa  231  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1425  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.52 
 
 
438 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43710  putative methyl-accepting chemotaxis transducer  34.63 
 
 
541 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5160  methyl-accepting chemotaxis protein  43.53 
 
 
647 aa  230  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.391343  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3666  chemotaxis transducer  34.75 
 
 
541 aa  230  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.260935  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1630  chemotaxis sensory transducer  37.38 
 
 
541 aa  230  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3424  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.44 
 
 
674 aa  230  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.560716  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2822  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.16 
 
 
673 aa  230  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0876  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.36 
 
 
674 aa  229  8e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1418  chemotaxis sensory transducer  45.36 
 
 
541 aa  229  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.09 
 
 
714 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0164438 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0379  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  43.85 
 
 
647 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.454626  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0732  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.42 
 
 
555 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3725  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.14 
 
 
620 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.403145  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01731  Methyl-accepting chemotaxis protein  35.86 
 
 
539 aa  227  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0961  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.08 
 
 
675 aa  226  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1007  hemolysin secretion protein HylB  35.73 
 
 
548 aa  226  8e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.702356  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  40.91 
 
 
634 aa  226  9e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.9 
 
 
639 aa  226  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1396  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.33 
 
 
548 aa  226  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.664947  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4895  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.73 
 
 
739 aa  226  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247309  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5071  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.47 
 
 
647 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.5 
 
 
634 aa  225  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.68 
 
 
540 aa  225  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0931  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.46 
 
 
541 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.476721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.19 
 
 
634 aa  225  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0447  chemotaxis sensory transducer  36.57 
 
 
541 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0712  chemotaxis sensory transducer  40.9 
 
 
541 aa  225  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000566108  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3502  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.22 
 
 
620 aa  225  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.666992  normal  0.2901 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5159  methyl-accepting chemotaxis protein  39.38 
 
 
638 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0897  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.18 
 
 
541 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.72 
 
 
523 aa  224  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4658  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.27 
 
 
639 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.415489  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29760  putative chemotaxis transducer  40.63 
 
 
714 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.27 
 
 
639 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.886367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1798  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.04 
 
 
681 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.668901  normal  0.381267 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>