More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0820 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0820  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  100 
 
 
153 aa  317  3.9999999999999996e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0118429 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0916  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  96.73 
 
 
153 aa  308  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.744158  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3707  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
164 aa  304  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00460133  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0737  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  96.08 
 
 
153 aa  304  3e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00257179  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3584  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
164 aa  304  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0732  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
164 aa  304  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3516  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
153 aa  304  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300675  normal  0.271291 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0514  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
153 aa  303  4.0000000000000004e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0833  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
164 aa  303  5.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0782  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
153 aa  303  5.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0707861  hitchhiker  0.0088229 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3799  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  93.46 
 
 
153 aa  302  9.000000000000001e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3140  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  93.46 
 
 
164 aa  302  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0826  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  93.46 
 
 
164 aa  302  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00366565  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0798  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  93.46 
 
 
164 aa  302  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.477515  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3049  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  92.81 
 
 
153 aa  300  3.0000000000000004e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.756059  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0605  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  94.12 
 
 
153 aa  300  6.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.132523 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4906  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.82 
 
 
153 aa  245  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146848  hitchhiker  0.000490685 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4246  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.16 
 
 
153 aa  245  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4536  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  74.51 
 
 
153 aa  243  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.191553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4182  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  74.67 
 
 
154 aa  242  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3982  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.2 
 
 
153 aa  240  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4121  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.2 
 
 
153 aa  238  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000888871  normal  0.0352311 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0002  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.2 
 
 
153 aa  237  5e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000470477  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0002  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.2 
 
 
153 aa  237  5e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.402412  normal  0.678119 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4215  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.2 
 
 
153 aa  237  5e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000923304  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4088  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.33 
 
 
152 aa  234  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0112845  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4268  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.33 
 
 
152 aa  234  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.420279  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4159  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.33 
 
 
152 aa  234  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0741698  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4111  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.34 
 
 
152 aa  233  6e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00357287  normal  0.0580039 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4209  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.33 
 
 
152 aa  233  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.373389  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4103  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  73.33 
 
 
152 aa  233  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000038241  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03627  DNA-binding transcriptional dual regulator  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0735302  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4224  transcriptional regulator, AsnC family  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03571  hypothetical protein  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108686  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4178  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0542256  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3959  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0277733  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4259  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0444894  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4251  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0324749 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5179  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  75.34 
 
 
152 aa  232  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000121129  normal  0.124377 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2944  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  69.93 
 
 
153 aa  228  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2443  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  67.32 
 
 
153 aa  224  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001951  transcriptional regulator AsnC  67.81 
 
 
154 aa  215  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00527  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  67.81 
 
 
154 aa  214  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1441  DNA-binding transcriptional regulator AsnC  64.38 
 
 
150 aa  202  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1906  AsnC family transcriptional regulator  46.36 
 
 
156 aa  149  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.424603  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1625  AsnC family transcriptional regulator  46.36 
 
 
156 aa  149  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000585633  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4176  regulatory protein AsnC/Lrp family  46.21 
 
 
157 aa  143  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.22931  hitchhiker  0.00132391 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0979  AsnC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
155 aa  137  7e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.377349  normal  0.176227 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01670  putative AsnC family regulatory protein  42.07 
 
 
156 aa  135  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5148  transcriptional regulator, AsnC family  41.67 
 
 
156 aa  134  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0544097  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2721  transcriptional regulator, AsnC family  41.33 
 
 
158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.147044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1012  transcriptional regulator, AsnC family  41.06 
 
 
155 aa  130  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0557  AsnC family transcriptional regulator  40.69 
 
 
156 aa  131  3.9999999999999996e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1127  AsnC family transcriptional regulator  41.38 
 
 
155 aa  120  6e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10428  transcriptional regulator of asparagine biosynthesis (AsnC family)  35.66 
 
 
160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.34987  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1179  transcriptional regulator, AsnC family  36.03 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  hitchhiker  0.000178537 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2805  AsnC family transcriptional regulator  35.17 
 
 
159 aa  105  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0752849  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3107  AsnC family transcriptional regulator  33.57 
 
 
154 aa  95.5  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.515902  hitchhiker  0.0000662993 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1026  AsnC family transcriptional regulator  32.19 
 
 
158 aa  89.7  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0878761 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1908  transcriptional regulator, AsnC family  31.47 
 
 
168 aa  90.1  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4658  AsnC family transcriptional regulator  27.78 
 
 
150 aa  87.8  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.870305  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1063  transcriptional regulator, AsnC family  29.33 
 
 
158 aa  87.4  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0159  transcriptional regulator, AsnC family  33.56 
 
 
153 aa  85.1  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.288383  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0865  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
140 aa  84.7  4e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.271014  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0579  AsnC family transcriptional regulator  30.28 
 
 
156 aa  85.1  4e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8338  putative transcriptional regulator, AsnC family  30.82 
 
 
155 aa  82.8  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2066  AsnC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
156 aa  82  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8543  putative transcriptional regulator, AsnC family  28.77 
 
 
159 aa  82  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0688  AsnC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
155 aa  81.3  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000000313702  unclonable  0.000000226618 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2826  transcriptional regulator, AsnC family  31.16 
 
 
148 aa  81.3  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0286  transcriptional regulator, AsnC family  30.61 
 
 
160 aa  80.1  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0657  AsnC family transcriptional regulator  31.16 
 
 
151 aa  79.7  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1485  transcriptional regulator, AsnC family  29.45 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0818  transcriptional regulator, AsnC family  28.68 
 
 
152 aa  79  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0221  putative transcriptional regulator, AsnC family  33.62 
 
 
152 aa  78.2  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00181954  hitchhiker  0.00407827 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0527  transcriptional regulator, AsnC family  28.57 
 
 
156 aa  77.8  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3569  transcriptional regulator, AsnC family  33.79 
 
 
152 aa  77  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0018  AsnC family transcriptional regulator  28.78 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.443064  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4679  AsnC family transcriptional regulator  32.89 
 
 
178 aa  75.9  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437677  normal  0.113491 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3786  transcriptional regulator, AsnC family  28.57 
 
 
157 aa  75.5  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.173454  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4632  transcriptional regulator, AsnC family  35.83 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0402571 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5321  transcriptional regulator, AsnC family  30.99 
 
 
149 aa  75.9  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4249  AsnC/Lrp family regulatory protein  29.33 
 
 
188 aa  75.5  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.195159  normal  0.0388839 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0397  AsnC family transcriptional regulator  32.39 
 
 
160 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.41995 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2748  AsnC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
149 aa  75.5  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.784147  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0790  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
164 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596151  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0830  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
164 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000937972  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1294  AsnC family transcriptional regulator  28.78 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.262415  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4567  transcriptional regulator, AsnC family  30.37 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0022  transcriptional regulator, AsnC family  30.71 
 
 
164 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1915  putative transcriptional regulator, AsnC family  28.77 
 
 
157 aa  73.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.513338 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0925  transcriptional regulator, AsnC family  33.33 
 
 
157 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.69749e-48 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0655  AsnC family transcriptional regulator  28.87 
 
 
196 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6708  transcriptional regulator, AsnC family  30.43 
 
 
153 aa  73.9  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0632  AsnC family transcriptional regulator  29.71 
 
 
151 aa  73.9  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.134943 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1183  AsnC family transcriptional regulator  31.33 
 
 
167 aa  73.9  0.0000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1694  AsnC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
158 aa  73.9  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.43137  normal  0.666184 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0320  transcriptional regulator, AsnC family  33.62 
 
 
152 aa  73.9  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.102838  normal  0.0238035 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1319  AsnC family transcriptional regulator  29.5 
 
 
160 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0459  AsnC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
140 aa  73.6  0.0000000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.531028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>