More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0658 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0658  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  620  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.135872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3792  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3669  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0791  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 320 aa  138  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 304 aa  139  8.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 399 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  31.49 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  29.83 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  29.37 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0080  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3957  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.770082 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0325  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 337 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  32.63 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  26.67 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  31.23 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  28.87 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  30.27 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 312 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5829  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 325 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>