More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3957 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3957  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  621  1e-177  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.770082 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001683  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.28 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.84 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 312 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  32.04 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.42 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  32.39 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 317 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  30.82 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  33.81 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  152  8e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 291 aa  152  8.999999999999999e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0900  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  31.47 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  29.97 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  33.1 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 555 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.04 
 
 		 298 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 313 aa  149  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>