More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0791 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0791  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  590  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3669  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 295 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3792  LysR family transcriptional regulator  67.27 
 
 		 295 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0658  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.135872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03092  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002880  putative transcriptional regulator LysR family  29.89 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0567  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0502789  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1081  transcriptional regulator AphB  28.69 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  30.91 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.99 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0080  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7223  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 292 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3468  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127829 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4540  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.799162  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  32.83 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4471  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190503  normal  0.801309 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3957  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.770082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4009  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  29.86 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3786  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118092  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5723  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210573 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4582  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00622026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1262  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  30.65 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2735  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  29.6 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1392  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 322 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0845  transcriptional regulator, MarR family  28.52 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2808  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1381  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.96 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3235  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.12 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>