More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5500 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5500  cytochrome c class I  100 
 
 		 431 aa  860    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2440  WD-40 repeat-containing protein  66.82 
 
 		 433 aa  590  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00410064  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3100  cytochrome c class I  52.06 
 
 		 429 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00535618  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5293  cytochrome c class I  50.74 
 
 		 426 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.325519  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3070  WD-40 repeat protein  49.14 
 
 		 438 aa  391  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2844  WD-40 repeat-containing protein  49.14 
 
 		 440 aa  391  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2962  cytochrome c class I  50.25 
 
 		 448 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.832203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3194  cytochrome c class I  47.87 
 
 		 428 aa  360  3e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0508  cytochrome c class I  40.49 
 
 		 404 aa  241  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.278983 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0404  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 427 aa  180  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4792  WD-40 repeat protein  32.43 
 
 		 1363 aa  136  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3245  WD-40 repeat protein  30.34 
 
 		 947 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4025  NB-ARC domain-containing protein  32.32 
 
 		 1523 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.284567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1556  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  29.49 
 
 		 1652 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.123778  normal  0.225056 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  29.15 
 
 		 1364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  36.12 
 
 		 696 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.83 
 
 		 1686 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  31.33 
 
 		 1510 aa  125  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  27.49 
 
 		 1236 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31 
 
 		 1481 aa  123  7e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1213  NACHT nucleoside triphosphatase  40 
 
 		 1416 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.349149  hitchhiker  0.000475649 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  29.65 
 
 		 1789 aa  121  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0065  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  29.61 
 
 		 930 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0315  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  36.18 
 
 		 924 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2817  WD-40 repeat-containing protein  25.41 
 
 		 1196 aa  120  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  29.37 
 
 		 1304 aa  120  7e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  27.47 
 
 		 1163 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1343  WD40 repeat, subgroup  30.61 
 
 		 1280 aa  117  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365079  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3275  pentapeptide repeat-containing protein  30.54 
 
 		 1474 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.918383  normal  0.348051 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  30.45 
 
 		 1553 aa  117  5e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0243  WD-40 repeat-containing protein  28.16 
 
 		 335 aa  117  5e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4614  WD40 repeat-domain-containing protein-like protein  31.47 
 
 		 919 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334314  normal  0.398797 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  43.41 
 
 		 1217 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1814  NB-ARC domain protein  29.83 
 
 		 1454 aa  114  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2599  WD-40 repeat protein  34.26 
 
 		 511 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  36.51 
 
 		 1684 aa  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3846  pentapeptide repeat protein  31.96 
 
 		 1443 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.16 
 
 		 1557 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.62 
 
 		 1240 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06803  Pfs, NACHT and WD domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G07100)  37.84 
 
 		 790 aa  111  3e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.649934  normal  0.339572 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30.52 
 
 		 1599 aa  110  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2851  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  40.74 
 
 		 677 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4855  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  31.33 
 
 		 676 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172521 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2629  Fis family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 1221 aa  110  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0193255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3153  metallophosphoesterase  30.66 
 
 		 1831 aa  110  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.479673  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3867  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  29.33 
 
 		 576 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0546  WD repeat-containing protein  24.83 
 
 		 505 aa  107  4e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2355  WD-40 repeat-containing protein  26.32 
 
 		 316 aa  106  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.861794  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0840  ribosome assembly protein 4 (RSA4)  25.25 
 
 		 1868 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2062  WD40 domain-containing protein  28.08 
 
 		 774 aa  105  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.483098  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  28.87 
 
 		 1711 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06960  conserved hypothetical protein  28.62 
 
 		 1878 aa  103  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.94406 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2891  WD-40 repeat-containing protein  30.14 
 
 		 1714 aa  103  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238858 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3206  WD-40 repeat-containing protein  27.74 
 
 		 728 aa  103  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.772589  normal  0.197804 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1841  WD-40 repeat-containing protein  27.33 
 
 		 1661 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4467  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.91 
 
 		 698 aa  103  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1993  WD-40 repeat protein  28.32 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.697085 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  38.61 
 
 		 1607 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2218  WD-40 repeat protein  25.69 
 
 		 317 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.845961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  30.53 
 
 		 1357 aa  102  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  26.8 
 
 		 1229 aa  101  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5394  WD-40 repeat protein  27.33 
 
 		 1247 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  29.36 
 
 		 1552 aa  101  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  33.85 
 
 		 1760 aa  101  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  36.36 
 
 		 1609 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3383  protein kinase  26.14 
 
 		 1330 aa  101  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.088412  normal  0.011818 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3934  WD-40 repeat-containing protein  29.45 
 
 		 1599 aa  100  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.146607  unclonable  0.000100505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3456  Serine/threonine protein kinase-related protein  33.33 
 
 		 1262 aa  100  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4789  WD-40 repeat protein  28.82 
 
 		 1193 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00121677  normal  0.726129 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  28.24 
 
 		 1267 aa  100  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1480  pentapeptide repeat-containing protein  29.84 
 
 		 1807 aa  99.8  8e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.811465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2226  WD-40 repeat-containing protein  26.09 
 
 		 464 aa  99.8  9e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.797248  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  25.24 
 
 		 1164 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2971  WD-40 repeat-containing protein  28.18 
 
 		 1367 aa  99.4  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0419  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  41.25 
 
 		 740 aa  99.4  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0059  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  36.36 
 
 		 692 aa  99.4  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.367028 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1423  WD-40 repeat protein  30 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  33.82 
 
 		 1583 aa  98.2  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1807  WD-40 repeat-containing protein  36.95 
 
 		 1214 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000135295 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5032  pentapeptide repeat-containing protein  28.9 
 
 		 1190 aa  98.2  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.234505 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1234  WD-40 repeat protein  34.81 
 
 		 1188 aa  97.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6431  WD-40 repeat protein  31.6 
 
 		 1766 aa  97.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903065  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3896  serine/threonine protein kinase  36.02 
 
 		 687 aa  97.4  5e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4252  WD-40 repeat protein  38.22 
 
 		 1209 aa  97.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23422  hitchhiker  0.00156947 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  32.39 
 
 		 1598 aa  97.4  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2588  WD-40 repeat protein  29.53 
 
 		 1188 aa  96.7  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994241 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0213  WD-40 repeat-containing protein  25.26 
 
 		 316 aa  96.7  8e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00000259833  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4034  WD40 domain-containing protein  26.04 
 
 		 657 aa  95.9  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0132  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  35.26 
 
 		 682 aa  95.9  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.876477  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0027  WD-40 repeat protein  24.6 
 
 		 1213 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0373  WD-40 repeat protein  25.78 
 
 		 316 aa  95.1  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000526871  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85406  predicted protein  33.01 
 
 		 780 aa  95.5  2e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.920544 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1541  WD-40 repeat-containing protein  26.88 
 
 		 589 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0621069 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2499  WD-40 repeat-containing protein  26.75 
 
 		 778 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.55178 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3681  WD-40 repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.57 
 
 		 664 aa  95.1  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1424  WD-40 repeat protein  30.07 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3558  protein kinase  33.2 
 
 		 1100 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.911308  normal  0.0649803 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  29.25 
 
 		 1344 aa  94.4  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  30 
 
 		 1547 aa  94.4  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3771  WD-40 repeat-containing protein  29.27 
 
 		 1858 aa  94.4  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0182471 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>