218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0508 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0508  cytochrome c class I  100 
 
 
404 aa  797    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.278983 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5293  cytochrome c class I  45.45 
 
 
426 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.325519  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2844  WD-40 repeat-containing protein  43.69 
 
 
440 aa  266  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3070  WD-40 repeat protein  43.52 
 
 
438 aa  261  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2440  WD-40 repeat-containing protein  40.67 
 
 
433 aa  259  7e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00410064  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3100  cytochrome c class I  45.15 
 
 
429 aa  255  9e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00535618  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5500  cytochrome c class I  41.98 
 
 
431 aa  251  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3194  cytochrome c class I  42.69 
 
 
428 aa  249  8e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2962  cytochrome c class I  41.98 
 
 
448 aa  248  9e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.832203  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0404  cytochrome c, class I  34.12 
 
 
427 aa  158  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06087  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  39.32 
 
 
124 aa  77.4  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  39 
 
 
111 aa  74.3  0.000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0240  putative cytochrome c  39.64 
 
 
130 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  40 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2183  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.91 
 
 
1557 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.150849  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  35.92 
 
 
110 aa  72.8  0.00000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  36.84 
 
 
199 aa  72  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  39.13 
 
 
119 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  41.05 
 
 
132 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  34 
 
 
104 aa  70.1  0.00000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0157  cytochrome c class I  39.13 
 
 
133 aa  68.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  38.38 
 
 
225 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  40 
 
 
131 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  35.11 
 
 
136 aa  68.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  40.43 
 
 
174 aa  68.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  34.31 
 
 
149 aa  68.2  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  34.26 
 
 
112 aa  68.2  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  40 
 
 
148 aa  67  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  40 
 
 
148 aa  67  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  37.37 
 
 
123 aa  66.6  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  37.89 
 
 
166 aa  66.6  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  36.17 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0651  cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11  38.53 
 
 
308 aa  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  37.11 
 
 
120 aa  65.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  34.11 
 
 
224 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  31.86 
 
 
235 aa  65.1  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3817  cytochrome c, class I  36.52 
 
 
127 aa  64.3  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.376417  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  35.79 
 
 
169 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  38.54 
 
 
147 aa  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  39 
 
 
113 aa  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  35.87 
 
 
124 aa  63.5  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  34.43 
 
 
132 aa  63.5  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1435  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  33.5 
 
 
1626 aa  62.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0488  cytochrome c, class I  31.5 
 
 
169 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131648  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1880  cytochrome c, class I  34.74 
 
 
122 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  32.67 
 
 
140 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0011  cytochrome c class I  34.04 
 
 
132 aa  62.4  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0553485  normal  0.905582 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  32.63 
 
 
212 aa  62.4  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5303  WD-40 repeat protein  28.19 
 
 
1656 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1160  WD40 repeat, subgroup  30.91 
 
 
1217 aa  62  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3205  cytochrome c class I  32 
 
 
143 aa  61.2  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.111252 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0131  cytochrome c, class I  31.25 
 
 
329 aa  61.2  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.320568  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  38.3 
 
 
124 aa  61.2  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  35.35 
 
 
224 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  36.61 
 
 
166 aa  60.8  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  34.38 
 
 
184 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  30 
 
 
209 aa  60.1  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08468  NACHT and WD40 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_7G08500)  28.03 
 
 
1364 aa  59.7  0.00000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.109375 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4031  class I cytochrome c  35.11 
 
 
129 aa  60.1  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.586339 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  27.07 
 
 
1240 aa  59.3  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  36.56 
 
 
170 aa  59.3  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3651  cytochrome c, class I  37.5 
 
 
158 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278584  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2070  cytochrome c2  32.63 
 
 
122 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1792  cytochrome c class I  32.46 
 
 
132 aa  58.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  0.587019 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  33 
 
 
184 aa  58.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  30.53 
 
 
183 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  31.68 
 
 
149 aa  58.5  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3213  WD-40 repeat-containing protein  25 
 
 
1304 aa  58.9  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.297689  normal  0.929062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  30.93 
 
 
125 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29147  predicted protein  28.99 
 
 
438 aa  58.5  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  34.04 
 
 
185 aa  58.2  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  31.31 
 
 
186 aa  57.8  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1644  cytochrome c class I  28 
 
 
133 aa  57.8  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.265287 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3480  cytochrome c, class I  33.62 
 
 
127 aa  58.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3439  cytochrome c2  30.85 
 
 
126 aa  57.4  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  28.57 
 
 
185 aa  57.4  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4103  cytochrome c class I  33.03 
 
 
130 aa  57.4  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.721934  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0174  cytochrome c2  30.85 
 
 
131 aa  57.4  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000396379  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0153  cytochrome c heme-binding site:cytochrome c, class IA/ IB:cytochrome c, class I  30.85 
 
 
131 aa  57.4  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000226956  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  31.39 
 
 
175 aa  57  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  28.57 
 
 
179 aa  57  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  29.59 
 
 
180 aa  57  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2922  cytochrome c, class I  40.43 
 
 
133 aa  57  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  32.98 
 
 
121 aa  57  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85406  predicted protein  29.95 
 
 
780 aa  57  0.0000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.920544 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  35.35 
 
 
236 aa  56.6  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  32.65 
 
 
185 aa  56.6  0.0000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  29.59 
 
 
165 aa  56.2  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  32.98 
 
 
121 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  34 
 
 
235 aa  56.6  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3480  cytochrome c, class I  38.24 
 
 
154 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453541  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  31.31 
 
 
263 aa  55.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1937  cytochrome c, class I  35.44 
 
 
155 aa  55.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00818219 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_67807  F box protein, for ubiquitin- dependent degradation  30.3 
 
 
780 aa  56.2  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_5471  predicted protein  33.88 
 
 
264 aa  55.8  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06217  F-box and WD repeat-containing protein (AFU_orthologue; AFUA_2G12060)  32.26 
 
 
618 aa  55.5  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.824291 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  30.97 
 
 
122 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6431  WD-40 repeat protein  28.77 
 
 
1766 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903065  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6426  cytochrome c2  38.03 
 
 
144 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.71 
 
 
1711 aa  54.7  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>