More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4479 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4479  epimerase  100 
 
 
254 aa  518  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.882429  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4409  epimerase  99.21 
 
 
254 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4296  epimerase  98.43 
 
 
254 aa  513  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4326  epimerase  99.61 
 
 
254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4411  epimerase  99.21 
 
 
254 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0676156  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0057  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.45 
 
 
236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00297659  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.78 
 
 
220 aa  109  5e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.5 
 
 
227 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.23 
 
 
222 aa  108  7.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.7 
 
 
216 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.3 
 
 
218 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  29.81 
 
 
221 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.98 
 
 
230 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.04 
 
 
227 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  28.11 
 
 
221 aa  105  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.89 
 
 
225 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.94 
 
 
217 aa  104  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.68 
 
 
218 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.94 
 
 
217 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.21 
 
 
219 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.18 
 
 
231 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  28.25 
 
 
221 aa  102  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  26.22 
 
 
220 aa  102  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1649  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.06 
 
 
221 aa  102  7e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  28.64 
 
 
221 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  27.23 
 
 
221 aa  102  8e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.04 
 
 
229 aa  102  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2292  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.99 
 
 
227 aa  102  9e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.02 
 
 
225 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.48 
 
 
219 aa  101  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  32.44 
 
 
225 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  30.14 
 
 
265 aa  100  3e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.84 
 
 
232 aa  99.8  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.7 
 
 
244 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0082  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.13 
 
 
228 aa  99  7e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  29.47 
 
 
220 aa  99  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  29.21 
 
 
220 aa  99  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.38 
 
 
221 aa  98.6  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.76 
 
 
225 aa  98.6  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.71 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.17 
 
 
225 aa  97.8  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.31 
 
 
226 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2597  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.38 
 
 
209 aa  97.4  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.943131  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.89 
 
 
220 aa  97.4  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.09 
 
 
225 aa  97.4  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  29.7 
 
 
224 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.73 
 
 
219 aa  97.4  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  29.21 
 
 
224 aa  97.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1432  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.23 
 
 
220 aa  96.7  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  97.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  31.19 
 
 
224 aa  96.7  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.79 
 
 
225 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.38 
 
 
221 aa  96.3  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  30.57 
 
 
226 aa  96.7  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  95.9  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.05 
 
 
221 aa  95.5  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.24 
 
 
214 aa  95.5  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.71 
 
 
219 aa  95.5  7e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.05 
 
 
221 aa  95.5  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1664  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.04 
 
 
232 aa  95.5  7e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00014027  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.7 
 
 
215 aa  95.5  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.41 
 
 
221 aa  95.5  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.28 
 
 
238 aa  95.5  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0049  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  26.58 
 
 
222 aa  95.1  9e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.78 
 
 
214 aa  95.1  9e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.1 
 
 
222 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.58 
 
 
235 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.95 
 
 
234 aa  94.7  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.02 
 
 
236 aa  95.1  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  28.31 
 
 
217 aa  94  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.73 
 
 
223 aa  94.4  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0712  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.71 
 
 
225 aa  93.2  3e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.25 
 
 
218 aa  92.8  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  28.02 
 
 
219 aa  93.2  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  29.61 
 
 
226 aa  92.8  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1342  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  28.22 
 
 
224 aa  92.8  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.361236 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  34.08 
 
 
223 aa  92.4  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.29 
 
 
211 aa  92.4  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.57 
 
 
235 aa  92  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.2 
 
 
223 aa  92  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  31.53 
 
 
233 aa  91.7  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.57 
 
 
216 aa  92  9e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.12 
 
 
235 aa  91.7  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.51 
 
 
225 aa  91.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0501  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.05 
 
 
215 aa  91.7  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  29.21 
 
 
224 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  29.21 
 
 
224 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1488  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.15 
 
 
215 aa  90.5  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.38 
 
 
227 aa  90.9  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.71 
 
 
247 aa  90.9  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  27.56 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.43 
 
 
224 aa  90.9  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.17 
 
 
230 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>