154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3684 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1924  triple helix repeat-containing collagen  88.65 
 
 
466 aa  810    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3684  triple helix repeat-containing collagen  100 
 
 
468 aa  926    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3686  triple helix repeat-containing collagen  36.12 
 
 
587 aa  227  3e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1926  triple helix repeat-containing collagen  36.95 
 
 
582 aa  218  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1925  triple helix repeat-containing collagen  33.33 
 
 
492 aa  187  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3685  triple helix repeat-containing collagen  33.33 
 
 
493 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3477  triple helix repeat-containing collagen  45.63 
 
 
936 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00171179  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3456  triple helix repeat-containing collagen  48.55 
 
 
1168 aa  123  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00439724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1581  hypothetical protein  44.21 
 
 
585 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.322632  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3403  triple helix repeat-containing collagen  50.57 
 
 
582 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154784 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1339  collagen-like protein  48 
 
 
712 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2389  triple helix repeat-containing collagen  48.28 
 
 
842 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00549275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3470  triple helix repeat-containing collagen  47.06 
 
 
813 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.943395  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  51.43 
 
 
2914 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1549  group-specific protein  46.53 
 
 
512 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000333718 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1618  group-specific protein  47.96 
 
 
643 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3360  hypothetical protein  44.59 
 
 
835 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.888871  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0398  collagen triple helix repeat domain protein  45.19 
 
 
951 aa  117  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.178342  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4654  hypothetical protein  43.67 
 
 
462 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3721  collagen triple helix repeat protein  54.12 
 
 
706 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.98705e-33 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4862  collagen triple helix repeat domain protein  47.44 
 
 
1170 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1027  triple helix repeat-containing collagen  46.41 
 
 
403 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.155494  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4844  collagen triple helix repeat domain protein  42.34 
 
 
1219 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2569  hypothetical protein  41.43 
 
 
442 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4635  collagen triple helix repeat domain protein  45.13 
 
 
459 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.179421  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4868  triple helix repeat-containing collagen  46.98 
 
 
1321 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3811  collagen triple helix repeat protein  46.35 
 
 
1451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00707911  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4838  collagen triple helix repeat domain protein  50.54 
 
 
1297 aa  114  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0444265  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4476  collagen-like protein  47.98 
 
 
815 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.957246  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3739  hypothetical protein  45.45 
 
 
1147 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0102662  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1866  hypothetical protein  43.75 
 
 
835 aa  113  9e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1202  triple helix repeat-containing collagen  43.94 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000183423  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3469  triple helix repeat-containing collagen  46.88 
 
 
748 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2697  hypothetical protein  43.78 
 
 
382 aa  111  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4458  collagen-like protein  40.24 
 
 
1055 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  48.65 
 
 
689 aa  109  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4557  triple helix repeat-containing collagen  43.59 
 
 
934 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3124  Collagen triple helix repeat protein  43.95 
 
 
1580 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1865  collagen triple helix repeat domain protein  48.28 
 
 
838 aa  105  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  38.22 
 
 
2851 aa  104  4e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1304  Collagen triple helix repeat protein  46.41 
 
 
319 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3387  hypothetical protein  46.67 
 
 
835 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.265829  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2406  collagen triple helix repeat protein  42.51 
 
 
300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3361  hypothetical protein  45.55 
 
 
835 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3557  hypothetical protein  51.55 
 
 
481 aa  102  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3841  hypothetical protein  51.55 
 
 
478 aa  102  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000174288  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0586  Collagen triple helix repeat protein  42.61 
 
 
606 aa  102  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2465  BclA protein  49.33 
 
 
348 aa  100  7e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1426  triple helix repeat-containing collagen  46.36 
 
 
473 aa  99.8  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.937607  normal  0.524919 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3508  tail fiber protein  43.9 
 
 
645 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0713  Collagen triple helix repeat protein  43.13 
 
 
322 aa  99  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3386  hypothetical protein  43.82 
 
 
867 aa  96.7  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.12938  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4912  collagen triple helix repeat protein  44.58 
 
 
524 aa  96.7  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1008  Collagen triple helix repeat protein  49.19 
 
 
380 aa  92.4  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4655  collagen triple helix repeat domain protein  46.98 
 
 
426 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1608  collagen triple helix repeat protein  47.09 
 
 
1101 aa  90.9  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.712053 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13970  collagen triple helix repeat protein  43.83 
 
 
523 aa  90.5  6e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2758  tail fiber protein  53.77 
 
 
439 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.204827  normal  0.264951 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3118  tail fiber protein  53.21 
 
 
437 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.145222 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2925  collagen triple helix repeat protein  48.51 
 
 
252 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00742867 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3227  triple helix repeat-containing collagen  53.21 
 
 
274 aa  88.2  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0682  triple helix repeat-containing collagen  44.38 
 
 
542 aa  87.8  4e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0148  collagen triple helix repeat protein  37.96 
 
 
639 aa  87  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4370  triple helix repeat-containing collagen  44.9 
 
 
344 aa  87  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3152  BclA protein  51.24 
 
 
347 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0005  BclA protein  51.24 
 
 
347 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4578  Collagen triple helix repeat protein  39.22 
 
 
444 aa  86.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.567616 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0025  triple helix repeat-containing collagen  39.06 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.123658  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1380  triple helix repeat-containing collagen  46.71 
 
 
474 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0453849  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1748  hypothetical protein  34.72 
 
 
1408 aa  83.6  0.000000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8979  hypothetical protein  46.1 
 
 
307 aa  83.2  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5054  Collagen triple helix repeat protein  43.59 
 
 
298 aa  80.5  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0339954  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4978  triple helix repeat-containing collagen  45.97 
 
 
469 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0397  phage tail Collar  47.48 
 
 
1873 aa  79.7  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2610  Collagen triple helix repeat protein  42.77 
 
 
767 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.965964  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4623  triple helix repeat-containing collagen  45.97 
 
 
647 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2256  triple helix repeat-containing collagen  42.48 
 
 
326 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0346745  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1203  tail fiber protein  52.04 
 
 
451 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4113  Collagen triple helix repeat  44.35 
 
 
212 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0915  tail fiber protein  45.65 
 
 
438 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2165  tail fiber protein  52.04 
 
 
437 aa  75.9  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2871  tail fiber protein  52.04 
 
 
437 aa  75.9  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0235495 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5836  Collagen triple helix repeat protein  40.25 
 
 
1426 aa  73.9  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278516  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1338  group-specific protein  51.79 
 
 
436 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00783091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1804  tail fiber protein  45.54 
 
 
434 aa  70.5  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.982324  hitchhiker  0.00650595 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2599  triple helix repeat-containing collagen  46.09 
 
 
222 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0118729  normal  0.173421 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3402  triple helix repeat-containing collagen  51.11 
 
 
253 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301368 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2241  BclA protein  57.14 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5064  Collagen triple helix repeat protein  34.8 
 
 
839 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18046  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4285  Collagen triple helix repeat protein  41.4 
 
 
648 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275713  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4914  Collagen triple helix repeat protein  53.26 
 
 
283 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209024  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0600  collagen triple helix repeat domain protein  43.81 
 
 
300 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.952581  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1479  triple helix repeat-containing collagen  45.16 
 
 
717 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.289213  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2280  triple helix repeat-containing collagen  50 
 
 
299 aa  65.1  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2240  hypothetical protein  44.04 
 
 
258 aa  64.3  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0804  Collagen triple helix repeat  43.09 
 
 
288 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.479308  normal  0.0397602 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2450  hypothetical protein  44.54 
 
 
366 aa  64.3  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.636988  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0878  triple helix repeat-containing collagen  47.66 
 
 
303 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0304216 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.73 
 
 
473 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1262  BclA protein  56.52 
 
 
295 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>