149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4113 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4113  Collagen triple helix repeat  100 
 
 		 212 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1937  triple helix repeat-containing collagen  77.02 
 
 		 219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  54.31 
 
 		 2851 aa  116  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  51.64 
 
 		 689 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2472  triple helix repeat-containing collagen  48.6 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  51.32 
 
 		 2914 aa  98.6  6e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6234  putative collagen-like protein  53.5 
 
 		 180 aa  98.6  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1608  collagen triple helix repeat protein  45.52 
 
 		 1101 aa  89.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.712053 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4370  triple helix repeat-containing collagen  54.33 
 
 		 344 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2697  hypothetical protein  53.97 
 
 		 382 aa  85.9  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4844  collagen triple helix repeat domain protein  39.69 
 
 		 1219 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3469  triple helix repeat-containing collagen  48.82 
 
 		 748 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3470  triple helix repeat-containing collagen  48.33 
 
 		 813 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.943395  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1925  triple helix repeat-containing collagen  48.67 
 
 		 492 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1618  group-specific protein  52.14 
 
 		 643 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3739  hypothetical protein  47.93 
 
 		 1147 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0102662  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4978  triple helix repeat-containing collagen  40.71 
 
 		 469 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3403  triple helix repeat-containing collagen  44.68 
 
 		 582 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154784 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3477  triple helix repeat-containing collagen  42.96 
 
 		 936 aa  82  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00171179  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3456  triple helix repeat-containing collagen  48.31 
 
 		 1168 aa  81.6  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00439724  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4458  collagen-like protein  39.06 
 
 		 1055 aa  81.6  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1926  triple helix repeat-containing collagen  45.38 
 
 		 582 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2389  triple helix repeat-containing collagen  36.84 
 
 		 842 aa  81.6  0.000000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00549275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4623  triple helix repeat-containing collagen  40.71 
 
 		 647 aa  81.3  0.000000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2569  hypothetical protein  51.56 
 
 		 442 aa  81.3  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1202  triple helix repeat-containing collagen  56.67 
 
 		 400 aa  81.6  0.000000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000183423  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4912  collagen triple helix repeat protein  33.94 
 
 		 524 aa  81.3  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1339  collagen-like protein  50 
 
 		 712 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1027  triple helix repeat-containing collagen  56.76 
 
 		 403 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.155494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3508  tail fiber protein  41.88 
 
 		 645 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3360  hypothetical protein  53.17 
 
 		 835 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.888871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1924  triple helix repeat-containing collagen  45.67 
 
 		 466 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3686  triple helix repeat-containing collagen  43.97 
 
 		 587 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3811  collagen triple helix repeat protein  44 
 
 		 1451 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00707911  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4654  hypothetical protein  40 
 
 		 462 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0586  Collagen triple helix repeat protein  44.54 
 
 		 606 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3685  triple helix repeat-containing collagen  46.9 
 
 		 493 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4635  collagen triple helix repeat domain protein  40.68 
 
 		 459 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.179421  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1581  hypothetical protein  50 
 
 		 585 aa  79  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.322632  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4476  collagen-like protein  40.16 
 
 		 815 aa  78.6  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.957246  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1866  hypothetical protein  47.1 
 
 		 835 aa  78.6  0.00000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3152  BclA protein  31.41 
 
 		 347 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0005  BclA protein  31.41 
 
 		 347 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2406  collagen triple helix repeat protein  33.89 
 
 		 300 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3684  triple helix repeat-containing collagen  44.35 
 
 		 468 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1426  triple helix repeat-containing collagen  39.02 
 
 		 473 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.937607  normal  0.524919 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1380  triple helix repeat-containing collagen  37.65 
 
 		 474 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0453849  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3721  collagen triple helix repeat protein  45.38 
 
 		 706 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.98705e-33 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4655  collagen triple helix repeat domain protein  37.78 
 
 		 426 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1549  group-specific protein  50.85 
 
 		 512 aa  76.3  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000333718 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3557  hypothetical protein  48 
 
 		 481 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3841  hypothetical protein  48 
 
 		 478 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000174288  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8979  hypothetical protein  45.11 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13970  collagen triple helix repeat protein  39.02 
 
 		 523 aa  75.9  0.0000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0682  triple helix repeat-containing collagen  42.58 
 
 		 542 aa  75.5  0.0000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3386  hypothetical protein  48.72 
 
 		 867 aa  75.5  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.12938  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1304  Collagen triple helix repeat protein  52.8 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0713  Collagen triple helix repeat protein  39.59 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3387  hypothetical protein  47.5 
 
 		 835 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.265829  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4914  Collagen triple helix repeat protein  38.27 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209024  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1865  collagen triple helix repeat domain protein  46.67 
 
 		 838 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0148  collagen triple helix repeat protein  42.86 
 
 		 639 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2925  collagen triple helix repeat protein  36.36 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742867 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4862  collagen triple helix repeat domain protein  53.33 
 
 		 1170 aa  71.6  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2599  triple helix repeat-containing collagen  50.46 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0118729  normal  0.173421 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4557  triple helix repeat-containing collagen  52.5 
 
 		 934 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3118  tail fiber protein  46.55 
 
 		 437 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.145222 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5836  Collagen triple helix repeat protein  48.65 
 
 		 1426 aa  70.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0398  collagen triple helix repeat domain protein  52.1 
 
 		 951 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.178342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3227  triple helix repeat-containing collagen  40.35 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2758  tail fiber protein  45.69 
 
 		 439 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.204827  normal  0.264951 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1008  Collagen triple helix repeat protein  37.29 
 
 		 380 aa  69.3  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1203  tail fiber protein  45.61 
 
 		 451 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3361  hypothetical protein  50.49 
 
 		 835 aa  69.3  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3124  Collagen triple helix repeat protein  44.26 
 
 		 1580 aa  68.9  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2465  BclA protein  40.83 
 
 		 348 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0804  Collagen triple helix repeat  35.29 
 
 		 288 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.479308  normal  0.0397602 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4578  Collagen triple helix repeat protein  41.72 
 
 		 444 aa  67.4  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.567616 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4838  collagen triple helix repeat domain protein  52.94 
 
 		 1297 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0444265  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2240  hypothetical protein  44.68 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2165  tail fiber protein  44.74 
 
 		 437 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2871  tail fiber protein  44.74 
 
 		 437 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0235495 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4868  triple helix repeat-containing collagen  47.93 
 
 		 1321 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0915  tail fiber protein  47.47 
 
 		 438 aa  64.7  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1338  group-specific protein  44.83 
 
 		 436 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00783091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3402  triple helix repeat-containing collagen  45.99 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000301368 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1748  hypothetical protein  37.61 
 
 		 1408 aa  62.8  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0600  collagen triple helix repeat domain protein  31.11 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.952581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5054  Collagen triple helix repeat protein  44.8 
 
 		 298 aa  62  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0339954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0397  phage tail Collar  43.33 
 
 		 1873 aa  62  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2280  triple helix repeat-containing collagen  46.34 
 
 		 299 aa  62  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4263  triple helix repeat-containing collagen  36.26 
 
 		 390 aa  61.6  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5064  Collagen triple helix repeat protein  42.68 
 
 		 839 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18046  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2641  collagen triple helix repeat protein  47.97 
 
 		 497 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2338  hypothetical protein  40.26 
 
 		 1977 aa  60.1  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0878  triple helix repeat-containing collagen  50.51 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0838  Collagen triple helix repeat protein  36.02 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.932228  normal  0.0295691 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1681  hypothetical protein  48.05 
 
 		 953 aa  57.8  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1007  Collagen triple helix repeat protein  39.53 
 
 		 445 aa  58.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2610  Collagen triple helix repeat protein  46.21 
 
 		 767 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.965964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>