146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2599 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2599  triple helix repeat-containing collagen  100 
 
 		 222 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0118729  normal  0.173421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4370  triple helix repeat-containing collagen  47.27 
 
 		 344 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2742  triple helix repeat-containing collagen  53.47 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4914  Collagen triple helix repeat protein  45.41 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209024  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0804  Collagen triple helix repeat  44.44 
 
 		 288 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.479308  normal  0.0397602 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2700  triple helix repeat-containing collagen  63.11 
 
 		 168 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.215932  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0878  triple helix repeat-containing collagen  45.6 
 
 		 303 aa  109  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304216 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3477  triple helix repeat-containing collagen  36.17 
 
 		 936 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00171179  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2011  triple helix repeat-containing collagen  45.71 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.160641 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2697  hypothetical protein  51.96 
 
 		 382 aa  104  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3141  Collagen triple helix repeat  63.27 
 
 		 165 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0838  Collagen triple helix repeat protein  41.36 
 
 		 297 aa  101  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.932228  normal  0.0295691 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1426  triple helix repeat-containing collagen  50 
 
 		 473 aa  100  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.937607  normal  0.524919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0586  Collagen triple helix repeat protein  49.25 
 
 		 606 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2569  hypothetical protein  47.69 
 
 		 442 aa  99.8  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4844  collagen triple helix repeat domain protein  46.27 
 
 		 1219 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2406  collagen triple helix repeat protein  50.78 
 
 		 300 aa  96.7  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4458  collagen-like protein  47.2 
 
 		 1055 aa  95.5  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4476  collagen-like protein  37.79 
 
 		 815 aa  94  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.957246  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  56.59 
 
 		 2851 aa  90.9  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5054  Collagen triple helix repeat protein  45.77 
 
 		 298 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0339954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3721  collagen triple helix repeat protein  36.05 
 
 		 706 aa  89  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.98705e-33 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3508  tail fiber protein  43.43 
 
 		 645 aa  89  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1008  Collagen triple helix repeat protein  49.18 
 
 		 380 aa  88.6  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1027  triple helix repeat-containing collagen  39.66 
 
 		 403 aa  88.6  6e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.155494  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3470  triple helix repeat-containing collagen  47.45 
 
 		 813 aa  88.2  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.943395  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4978  triple helix repeat-containing collagen  44.17 
 
 		 469 aa  87.8  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1304  Collagen triple helix repeat protein  51.15 
 
 		 319 aa  88.2  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4912  collagen triple helix repeat protein  43.75 
 
 		 524 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4623  triple helix repeat-containing collagen  44.17 
 
 		 647 aa  86.7  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  51.41 
 
 		 2914 aa  86.7  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3403  triple helix repeat-containing collagen  47.33 
 
 		 582 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154784 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4654  hypothetical protein  40.36 
 
 		 462 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1924  triple helix repeat-containing collagen  45.1 
 
 		 466 aa  85.5  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3469  triple helix repeat-containing collagen  35.62 
 
 		 748 aa  85.1  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0713  Collagen triple helix repeat protein  44.31 
 
 		 322 aa  85.1  9e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2925  collagen triple helix repeat protein  46.88 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742867 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1202  triple helix repeat-containing collagen  42.95 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000183423  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3456  triple helix repeat-containing collagen  46.67 
 
 		 1168 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00439724  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8979  hypothetical protein  36.41 
 
 		 307 aa  82  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3684  triple helix repeat-containing collagen  44.68 
 
 		 468 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2758  tail fiber protein  49.61 
 
 		 439 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.204827  normal  0.264951 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3118  tail fiber protein  49.61 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.145222 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1618  group-specific protein  47.69 
 
 		 643 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1581  hypothetical protein  46.46 
 
 		 585 aa  79.7  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.322632  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4635  collagen triple helix repeat domain protein  44.88 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.179421  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13970  collagen triple helix repeat protein  53.77 
 
 		 523 aa  79.7  0.00000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3739  hypothetical protein  45.8 
 
 		 1147 aa  78.6  0.00000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0102662  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3811  collagen triple helix repeat protein  45 
 
 		 1451 aa  78.6  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00707911  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3557  hypothetical protein  47.29 
 
 		 481 aa  78.2  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3841  hypothetical protein  47.29 
 
 		 478 aa  78.2  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000174288  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1339  collagen-like protein  47.15 
 
 		 712 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2389  triple helix repeat-containing collagen  32 
 
 		 842 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00549275  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1925  triple helix repeat-containing collagen  45.38 
 
 		 492 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3685  triple helix repeat-containing collagen  45.38 
 
 		 493 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3686  triple helix repeat-containing collagen  34.21 
 
 		 587 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4655  collagen triple helix repeat domain protein  44.07 
 
 		 426 aa  75.1  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3152  BclA protein  45.54 
 
 		 347 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0005  BclA protein  45.54 
 
 		 347 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2610  Collagen triple helix repeat protein  41.44 
 
 		 767 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.965964  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1926  triple helix repeat-containing collagen  34.3 
 
 		 582 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1549  group-specific protein  48.44 
 
 		 512 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000333718 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4113  Collagen triple helix repeat  50 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3387  hypothetical protein  46.46 
 
 		 835 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.265829  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1479  triple helix repeat-containing collagen  44.57 
 
 		 717 aa  72.4  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.289213  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0025  triple helix repeat-containing collagen  55 
 
 		 366 aa  72  0.000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.123658  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1608  collagen triple helix repeat protein  45.52 
 
 		 1101 aa  72  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.712053 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0148  collagen triple helix repeat protein  44.17 
 
 		 639 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1865  collagen triple helix repeat domain protein  44.19 
 
 		 838 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4578  Collagen triple helix repeat protein  49.61 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.567616 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2240  hypothetical protein  46.81 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  42.11 
 
 		 689 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1203  tail fiber protein  53.47 
 
 		 451 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2165  tail fiber protein  53.47 
 
 		 437 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2871  tail fiber protein  53.47 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0235495 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1866  hypothetical protein  45.04 
 
 		 835 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4557  triple helix repeat-containing collagen  42.76 
 
 		 934 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0915  tail fiber protein  53.61 
 
 		 438 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4285  Collagen triple helix repeat protein  41.18 
 
 		 648 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275713  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3360  hypothetical protein  45.31 
 
 		 835 aa  69.3  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.888871  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0682  triple helix repeat-containing collagen  49.57 
 
 		 542 aa  67.8  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2465  BclA protein  41.98 
 
 		 348 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1380  triple helix repeat-containing collagen  40.85 
 
 		 474 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0453849  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1804  tail fiber protein  52.63 
 
 		 434 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.982324  hitchhiker  0.00650595 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0398  collagen triple helix repeat domain protein  45.86 
 
 		 951 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.178342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4838  collagen triple helix repeat domain protein  44.96 
 
 		 1297 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0444265  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3227  triple helix repeat-containing collagen  45.28 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2256  triple helix repeat-containing collagen  37.67 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0346745  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1104  bclA protein  50.63 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  29.46 
 
 		 688 aa  65.9  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3386  hypothetical protein  41.98 
 
 		 867 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.12938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3361  hypothetical protein  42.45 
 
 		 835 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2280  triple helix repeat-containing collagen  48.19 
 
 		 299 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1338  group-specific protein  44.14 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00783091  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4868  triple helix repeat-containing collagen  45.52 
 
 		 1321 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5836  Collagen triple helix repeat protein  48.48 
 
 		 1426 aa  62.4  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4862  collagen triple helix repeat domain protein  45.38 
 
 		 1170 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3124  Collagen triple helix repeat protein  46.88 
 
 		 1580 aa  62  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0600  collagen triple helix repeat domain protein  35.71 
 
 		 300 aa  61.6  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.952581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1007  Collagen triple helix repeat protein  47.73 
 
 		 445 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>