139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2742 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2742  triple helix repeat-containing collagen  100 
 
 		 174 aa  328  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2700  triple helix repeat-containing collagen  85.44 
 
 		 168 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.215932  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2599  triple helix repeat-containing collagen  56.4 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0118729  normal  0.173421 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3141  Collagen triple helix repeat  63.19 
 
 		 165 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4370  triple helix repeat-containing collagen  38.81 
 
 		 344 aa  94.7  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4914  Collagen triple helix repeat protein  45.12 
 
 		 283 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209024  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0804  Collagen triple helix repeat  43.84 
 
 		 288 aa  87.8  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.479308  normal  0.0397602 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0878  triple helix repeat-containing collagen  40.62 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0838  Collagen triple helix repeat protein  38.69 
 
 		 297 aa  77.4  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.932228  normal  0.0295691 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  52.94 
 
 		 2851 aa  76.6  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  58.23 
 
 		 2914 aa  75.5  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2758  tail fiber protein  43.28 
 
 		 439 aa  74.3  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.204827  normal  0.264951 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3118  tail fiber protein  43.28 
 
 		 437 aa  74.3  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.145222 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1202  triple helix repeat-containing collagen  34.84 
 
 		 400 aa  72.4  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000183423  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1608  collagen triple helix repeat protein  59.46 
 
 		 1101 aa  72.4  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.712053 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.17 
 
 		 689 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2011  triple helix repeat-containing collagen  45.27 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.160641 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3508  tail fiber protein  55.56 
 
 		 645 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1027  triple helix repeat-containing collagen  44.44 
 
 		 403 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.155494  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3402  triple helix repeat-containing collagen  57.89 
 
 		 253 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000301368 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2569  hypothetical protein  44.92 
 
 		 442 aa  65.5  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3403  triple helix repeat-containing collagen  51.28 
 
 		 582 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154784 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1203  tail fiber protein  54.67 
 
 		 451 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2871  tail fiber protein  51.9 
 
 		 437 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0235495 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5836  Collagen triple helix repeat protein  42.86 
 
 		 1426 aa  63.2  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2165  tail fiber protein  54.67 
 
 		 437 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0025  triple helix repeat-containing collagen  46.91 
 
 		 366 aa  62  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.123658  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1866  hypothetical protein  53.85 
 
 		 835 aa  62  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1304  Collagen triple helix repeat protein  46.15 
 
 		 319 aa  61.2  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1262  BclA protein  52.94 
 
 		 295 aa  61.2  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13970  collagen triple helix repeat protein  49.37 
 
 		 523 aa  60.8  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3470  triple helix repeat-containing collagen  52.56 
 
 		 813 aa  61.2  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.943395  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2198  hypothetical protein  45 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3227  triple helix repeat-containing collagen  46.25 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1804  tail fiber protein  61.4 
 
 		 434 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.982324  hitchhiker  0.00650595 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2240  hypothetical protein  45 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2697  hypothetical protein  45.22 
 
 		 382 aa  58.9  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3152  BclA protein  48.1 
 
 		 347 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0005  BclA protein  48.1 
 
 		 347 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3684  triple helix repeat-containing collagen  48.65 
 
 		 468 aa  57.8  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1581  hypothetical protein  52.05 
 
 		 585 aa  57.4  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.322632  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0713  Collagen triple helix repeat protein  52.38 
 
 		 322 aa  57.4  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0682  triple helix repeat-containing collagen  48.86 
 
 		 542 aa  56.6  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2280  triple helix repeat-containing collagen  47.95 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3360  hypothetical protein  55.71 
 
 		 835 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.888871  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0397  phage tail Collar  58.23 
 
 		 1873 aa  55.8  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1549  group-specific protein  52.44 
 
 		 512 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000333718 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1618  group-specific protein  53.52 
 
 		 643 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2465  BclA protein  51.35 
 
 		 348 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1592  Collagen triple helix repeat protein  30.89 
 
 		 320 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2406  collagen triple helix repeat protein  51.35 
 
 		 300 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3557  hypothetical protein  52.05 
 
 		 481 aa  54.7  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285889  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2241  BclA protein  50.72 
 
 		 285 aa  54.7  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3841  hypothetical protein  52.05 
 
 		 478 aa  54.7  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000174288  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3339  triple helix repeat-containing collagen  48.68 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.487784  normal  0.022781 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4893  collagen triple helix repeat protein  50.82 
 
 		 230 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4113  Collagen triple helix repeat  54.05 
 
 		 212 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4912  collagen triple helix repeat protein  45.24 
 
 		 524 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1339  collagen-like protein  49.35 
 
 		 712 aa  52.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1924  triple helix repeat-containing collagen  45.95 
 
 		 466 aa  53.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3685  triple helix repeat-containing collagen  47.44 
 
 		 493 aa  52.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2409  hypothetical protein  55.77 
 
 		 248 aa  53.1  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2467  exosporium protein H  56.45 
 
 		 437 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2389  triple helix repeat-containing collagen  52.86 
 
 		 842 aa  52.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00549275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4655  collagen triple helix repeat domain protein  45.95 
 
 		 426 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0586  Collagen triple helix repeat protein  47.67 
 
 		 606 aa  52.8  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0623  triple helix repeat-containing collagen  46.67 
 
 		 221 aa  52.4  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1338  group-specific protein  41.67 
 
 		 436 aa  52  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00783091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3721  collagen triple helix repeat protein  49.35 
 
 		 706 aa  52  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.98705e-33 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1925  triple helix repeat-containing collagen  47.37 
 
 		 492 aa  52  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5433  triple helix repeat-containing collagen  33.98 
 
 		 232 aa  52  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0915  tail fiber protein  48 
 
 		 438 aa  51.6  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0893  Collagen triple helix repeat protein  50 
 
 		 644 aa  51.2  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216124  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5835  metallophosphoesterase  59.7 
 
 		 1421 aa  51.2  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0189418  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4476  collagen-like protein  45.45 
 
 		 815 aa  50.8  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.957246  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1380  triple helix repeat-containing collagen  41.86 
 
 		 474 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0453849  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1681  hypothetical protein  61.7 
 
 		 953 aa  50.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1008  Collagen triple helix repeat protein  36.44 
 
 		 380 aa  50.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0600  collagen triple helix repeat domain protein  40 
 
 		 300 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.952581  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1104  bclA protein  45.45 
 
 		 283 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1926  triple helix repeat-containing collagen  33.74 
 
 		 582 aa  50.1  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3686  triple helix repeat-containing collagen  33.74 
 
 		 587 aa  49.7  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2459  Collagen triple helix repeat protein  51.61 
 
 		 342 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00356575 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0538  triple helix repeat-containing collagen  25 
 
 		 272 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3386  hypothetical protein  51.56 
 
 		 867 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.12938  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1354  sulfatase  45.71 
 
 		 621 aa  49.7  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4578  Collagen triple helix repeat protein  51.85 
 
 		 444 aa  49.3  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.567616 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3477  triple helix repeat-containing collagen  43.24 
 
 		 936 aa  48.9  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00171179  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0398  collagen triple helix repeat domain protein  49.3 
 
 		 951 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.178342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3124  Collagen triple helix repeat protein  50 
 
 		 1580 aa  48.9  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4263  triple helix repeat-containing collagen  41.1 
 
 		 390 aa  48.5  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4635  collagen triple helix repeat domain protein  38.24 
 
 		 459 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.179421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2925  collagen triple helix repeat protein  48.48 
 
 		 252 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742867 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4228  hypothetical protein  34.85 
 
 		 653 aa  48.1  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2244  exosporium protein H  54.55 
 
 		 435 aa  47.8  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.800271  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4868  triple helix repeat-containing collagen  54.1 
 
 		 1321 aa  47.8  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3739  hypothetical protein  47.44 
 
 		 1147 aa  47  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0102662  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3456  triple helix repeat-containing collagen  50 
 
 		 1168 aa  47.4  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00439724  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4978  triple helix repeat-containing collagen  39.74 
 
 		 469 aa  47.4  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2464  BclA protein  44.64 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>