More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1923 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1923  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 569 aa  1174    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.285353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.01 
 
 		 1468 aa  254  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  33.1 
 
 		 861 aa  246  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.64 
 
 		 1653 aa  245  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  31.56 
 
 		 1683 aa  234  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  35.71 
 
 		 1351 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  31 
 
 		 2035 aa  227  6e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 1611 aa  225  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.32 
 
 		 1042 aa  225  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  30.62 
 
 		 1021 aa  224  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 1240 aa  224  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  31.18 
 
 		 1763 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.39 
 
 		 705 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3070  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.35 
 
 		 1166 aa  220  5e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109625 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.68 
 
 		 2213 aa  220  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  31.79 
 
 		 1765 aa  218  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.05 
 
 		 1784 aa  216  8e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.11 
 
 		 1782 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0980  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.44 
 
 		 1171 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  28.99 
 
 		 1014 aa  213  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.05 
 
 		 1172 aa  212  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.95 
 
 		 1786 aa  212  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  31.38 
 
 		 1177 aa  209  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 		 1267 aa  208  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 		 1303 aa  207  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  30.28 
 
 		 1331 aa  207  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 		 1326 aa  206  6e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 		 1767 aa  206  8e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  33.71 
 
 		 977 aa  205  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.52 
 
 		 1767 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.47 
 
 		 1767 aa  205  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 		 1165 aa  205  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.86 
 
 		 1625 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  30.89 
 
 		 1574 aa  203  8e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 		 1765 aa  202  9e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  28.88 
 
 		 647 aa  203  9e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 		 1398 aa  202  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  28.43 
 
 		 1109 aa  202  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.53 
 
 		 929 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 2654 aa  201  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.74 
 
 		 1550 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 		 1284 aa  200  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.87 
 
 		 1266 aa  200  7e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.27 
 
 		 1340 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  30.75 
 
 		 1030 aa  198  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.44 
 
 		 1193 aa  197  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.18 
 
 		 1128 aa  197  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.18 
 
 		 1442 aa  197  6e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.86 
 
 		 1768 aa  196  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 		 1603 aa  196  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.01 
 
 		 1560 aa  196  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0290  histidine kinase  33.65 
 
 		 931 aa  196  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000039083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  31.31 
 
 		 1626 aa  195  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.16 
 
 		 833 aa  194  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.87 
 
 		 1629 aa  194  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  32.1 
 
 		 923 aa  193  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.22 
 
 		 1622 aa  193  6e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  27.43 
 
 		 1214 aa  192  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  29.92 
 
 		 932 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 		 1629 aa  190  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.56 
 
 		 1009 aa  190  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  29.98 
 
 		 1322 aa  190  7e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  29.8 
 
 		 932 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.39 
 
 		 1681 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.43 
 
 		 1659 aa  187  6e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 		 990 aa  186  8e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.61 
 
 		 816 aa  186  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  30.16 
 
 		 1686 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.97 
 
 		 964 aa  184  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4222  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 		 922 aa  184  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.588582  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.32 
 
 		 1033 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.49 
 
 		 927 aa  184  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 		 920 aa  183  6e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.35 
 
 		 1499 aa  182  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.24 
 
 		 835 aa  182  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 		 1788 aa  181  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2520  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.79 
 
 		 929 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.314221  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC03340  protein-histidine kinase, putative  32.68 
 
 		 1390 aa  181  4e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.205996  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1876  histidine kinase  34.01 
 
 		 979 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0246829  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  29.25 
 
 		 850 aa  180  7e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  29.15 
 
 		 1042 aa  180  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.65 
 
 		 1040 aa  180  8e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.6 
 
 		 1681 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.04 
 
 		 787 aa  178  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0136  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.45 
 
 		 912 aa  178  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.122478 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0813  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.36 
 
 		 922 aa  177  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325502  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  32.55 
 
 		 918 aa  177  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  29.01 
 
 		 1135 aa  177  6e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00475  two-component system sensor histidine kinase-response regulator hybridprotein  29.13 
 
 		 1364 aa  177  6e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.679058  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.17 
 
 		 957 aa  177  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.8 
 
 		 1498 aa  176  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.24 
 
 		 876 aa  176  9e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1949  two component hybrid histidine kinase/sensor response regulator  31.8 
 
 		 833 aa  176  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  33.17 
 
 		 1407 aa  176  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0943  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.81 
 
 		 1384 aa  176  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.292303  normal  0.468485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2813  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.52 
 
 		 1632 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0501  histidine kinase  31.22 
 
 		 955 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1508  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 1303 aa  174  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.48 
 
 		 1057 aa  173  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3459  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  28.15 
 
 		 1055 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>