More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3023 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 		 396 aa  789    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1635  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  55.68 
 
 		 402 aa  389  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.752486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3336  diaminopropionate ammonia-lyase  51.28 
 
 		 380 aa  306  6e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0394845  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  44.23 
 
 		 397 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  40.76 
 
 		 399 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  40.83 
 
 		 403 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  42.32 
 
 		 402 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  35.52 
 
 		 406 aa  241  2e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.16044  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  39.67 
 
 		 410 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  34.75 
 
 		 405 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  38.04 
 
 		 390 aa  235  9e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  35.77 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  35.77 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1070  diaminopropionate ammonia-lyase  35.34 
 
 		 404 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000973165 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1011  diaminopropionate ammonia-lyase  35.08 
 
 		 404 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000144159  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  36.04 
 
 		 397 aa  233  6e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1103  diaminopropionate ammonia-lyase  34.82 
 
 		 404 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.624522 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1038  diaminopropionate ammonia-lyase  34.82 
 
 		 404 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.61616  hitchhiker  0.00023872 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 398 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  37.7 
 
 		 410 aa  229  5e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 398 aa  229  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  35.4 
 
 		 398 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 398 aa  229  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 398 aa  229  7e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 398 aa  229  7e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 398 aa  229  7e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 398 aa  229  7e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1434  diaminopropionate ammonia-lyase  36.19 
 
 		 413 aa  229  8e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  35.95 
 
 		 400 aa  227  3e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  36.61 
 
 		 410 aa  226  7e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  39.84 
 
 		 753 aa  225  8e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  34.78 
 
 		 408 aa  225  1e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  35.14 
 
 		 400 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  40.22 
 
 		 410 aa  223  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1266  diaminopropionate ammonia-lyase  37.23 
 
 		 406 aa  222  9e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  39.73 
 
 		 407 aa  219  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  36.97 
 
 		 393 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  40.56 
 
 		 410 aa  217  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0639  diaminopropionate ammonia-lyase  33.42 
 
 		 410 aa  216  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4781  diaminopropionate ammonia-lyase  39.49 
 
 		 403 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.0649173 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  36.39 
 
 		 396 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  41.03 
 
 		 399 aa  210  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  39.04 
 
 		 415 aa  202  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  33 
 
 		 393 aa  195  1e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  38.42 
 
 		 401 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  38.83 
 
 		 414 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5456  diaminopropionate ammonia-lyase  38.3 
 
 		 414 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.372384 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6425  diaminopropionate ammonia-lyase  34.17 
 
 		 408 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6137  diaminopropionate ammonia-lyase  33.89 
 
 		 408 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0057  diaminopropionate ammonia-lyase  39.78 
 
 		 410 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4600  diaminopropionate ammonia-lyase  39.78 
 
 		 410 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000175308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5230  diaminopropionate ammonia-lyase  39.23 
 
 		 410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5629  diaminopropionate ammonia-lyase  39.23 
 
 		 410 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00139675 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2709  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.48 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201895  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.86 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1828  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.85 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.23 
 
 		 320 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1343  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.02 
 
 		 368 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  31.02 
 
 		 402 aa  91.7  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.53 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.65 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.31 
 
 		 332 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2313  L-threonine synthase  29.32 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  28.06 
 
 		 343 aa  76.6  0.0000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  30.93 
 
 		 402 aa  75.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.97 
 
 		 325 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  29.62 
 
 		 404 aa  75.9  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1998  L-threonine synthase  25.68 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  28.71 
 
 		 515 aa  74.7  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  27.87 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1673  threonine dehydratase  26.99 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.09 
 
 		 327 aa  74.7  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  26.77 
 
 		 501 aa  74.3  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  28.29 
 
 		 406 aa  73.2  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.25 
 
 		 320 aa  72.8  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  26.79 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  25.89 
 
 		 520 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  29.6 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  29.66 
 
 		 318 aa  72  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  28.3 
 
 		 328 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  26.34 
 
 		 507 aa  71.2  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  32.34 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  28.67 
 
 		 410 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  28.36 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5685  threonine dehydratase  32.52 
 
 		 517 aa  70.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000112731  normal  0.257645 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53260  hypothetical protein  28.86 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.845489 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  28.44 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  26.67 
 
 		 509 aa  70.5  0.00000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  28.47 
 
 		 549 aa  70.1  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  29.55 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  26.02 
 
 		 408 aa  68.9  0.0000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3189  hypothetical protein  27.76 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  29.62 
 
 		 529 aa  68.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  28.37 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  28.22 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3083  threonine dehydratase  26.18 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.490718  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  29.11 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3103  threonine dehydratase  26.18 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.832581 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0100  threonine synthase  26.72 
 
 		 418 aa  68.6  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3143  threonine dehydratase  26.18 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449239  normal  0.1577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>