118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6425 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6425  diaminopropionate ammonia-lyase  100 
 
 		 408 aa  844    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6137  diaminopropionate ammonia-lyase  99.02 
 
 		 408 aa  837    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  46.65 
 
 		 410 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  43.69 
 
 		 396 aa  310  4e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  48.12 
 
 		 410 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  42.97 
 
 		 393 aa  300  4e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  43.61 
 
 		 407 aa  299  6e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  47.83 
 
 		 410 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  45.45 
 
 		 415 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5456  diaminopropionate ammonia-lyase  43.99 
 
 		 414 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.372384 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  40.11 
 
 		 401 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  42.71 
 
 		 414 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  39.14 
 
 		 403 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  38.46 
 
 		 399 aa  236  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  38.19 
 
 		 397 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  38.87 
 
 		 402 aa  231  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5230  diaminopropionate ammonia-lyase  42.23 
 
 		 410 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5629  diaminopropionate ammonia-lyase  42.23 
 
 		 410 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00139675 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4600  diaminopropionate ammonia-lyase  41.69 
 
 		 410 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000175308 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0057  diaminopropionate ammonia-lyase  40.26 
 
 		 410 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  37.92 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  35.54 
 
 		 406 aa  205  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.16044  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  36.97 
 
 		 410 aa  204  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4781  diaminopropionate ammonia-lyase  38.7 
 
 		 403 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.0649173 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  36.48 
 
 		 405 aa  202  9e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1266  diaminopropionate ammonia-lyase  35.64 
 
 		 406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1070  diaminopropionate ammonia-lyase  34.88 
 
 		 404 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000973165 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  36.27 
 
 		 400 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1038  diaminopropionate ammonia-lyase  34.88 
 
 		 404 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.61616  hitchhiker  0.00023872 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1103  diaminopropionate ammonia-lyase  34.88 
 
 		 404 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.624522 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1011  diaminopropionate ammonia-lyase  34.88 
 
 		 404 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000144159  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  33.99 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  36.98 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1635  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.61 
 
 		 402 aa  190  4e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.752486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  35.99 
 
 		 400 aa  190  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  34.51 
 
 		 393 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  35.42 
 
 		 408 aa  187  4e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1434  diaminopropionate ammonia-lyase  34.18 
 
 		 413 aa  186  6e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  33.51 
 
 		 392 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  34.2 
 
 		 397 aa  179  8e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.61 
 
 		 396 aa  169  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  34.08 
 
 		 390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0639  diaminopropionate ammonia-lyase  30.62 
 
 		 410 aa  166  8e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  33.42 
 
 		 393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3336  diaminopropionate ammonia-lyase  33.16 
 
 		 380 aa  116  8.999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0394845  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2709  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.93 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201895  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1828  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.65 
 
 		 345 aa  107  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  28.21 
 
 		 753 aa  100  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1343  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.43 
 
 		 368 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.44 
 
 		 350 aa  92.8  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1537  threonine synthase  30 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  32.72 
 
 		 503 aa  57  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  26.19 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  27.61 
 
 		 379 aa  56.2  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  25.88 
 
 		 403 aa  55.5  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  24.52 
 
 		 333 aa  55.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  26.07 
 
 		 403 aa  53.9  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  28.02 
 
 		 316 aa  53.9  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2313  L-threonine synthase  22.01 
 
 		 422 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3254  hypothetical protein  26.27 
 
 		 330 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.897586 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  22.87 
 
 		 332 aa  51.6  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3855  hypothetical protein  28.23 
 
 		 321 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3749  hypothetical protein  27.06 
 
 		 323 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  30.61 
 
 		 446 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  30.95 
 
 		 323 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  23.89 
 
 		 318 aa  48.5  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3864  threonine dehydratase  29.8 
 
 		 330 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0589  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.41 
 
 		 325 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.317199  normal  0.258859 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  26.92 
 
 		 304 aa  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1075  threonine dehydratase  29.17 
 
 		 405 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0890  hypothetical protein  25.91 
 
 		 333 aa  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.720466 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  30.16 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  30.16 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  27.35 
 
 		 441 aa  47  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6086  hypothetical protein  25.84 
 
 		 327 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6650  threonine dehydratase  30.95 
 
 		 323 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.987033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  25.12 
 
 		 406 aa  47  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3117  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  29.77 
 
 		 329 aa  47  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00803361  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0633  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (Thiol)-lyase) (CSase)  30.43 
 
 		 336 aa  46.6  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5701  tryptophan synthase subunit beta  27.2 
 
 		 411 aa  46.6  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.194969  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1733  hypothetical protein  33.93 
 
 		 116 aa  46.2  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000606559  normal  0.524919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  21.8 
 
 		 445 aa  45.8  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  23.71 
 
 		 402 aa  46.2  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1147  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  24.48 
 
 		 332 aa  46.2  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0356763  normal  0.422182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0819  hypothetical protein  27.75 
 
 		 333 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  28.8 
 
 		 506 aa  46.2  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  28.8 
 
 		 506 aa  46.2  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  22.86 
 
 		 403 aa  45.8  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  26.16 
 
 		 335 aa  45.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5774  threonine dehydratase  29.75 
 
 		 323 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  28.1 
 
 		 321 aa  44.7  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  26.92 
 
 		 438 aa  44.3  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3469  threonine dehydratase  30.19 
 
 		 324 aa  44.3  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>