More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_3533 on replicon NC_009469
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 		 350 aa  687    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1343  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  71.43 
 
 		 368 aa  320  3e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  40.46 
 
 		 410 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  34.64 
 
 		 393 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  39.59 
 
 		 415 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  39.94 
 
 		 402 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  34.57 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  35.47 
 
 		 410 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  38.24 
 
 		 410 aa  159  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  38.83 
 
 		 407 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5456  diaminopropionate ammonia-lyase  39.6 
 
 		 414 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.372384 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  35.9 
 
 		 403 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  32 
 
 		 405 aa  147  3e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  35.4 
 
 		 397 aa  147  3e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  35.86 
 
 		 397 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  38.34 
 
 		 392 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  38.79 
 
 		 414 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  31.81 
 
 		 406 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.16044  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  37.94 
 
 		 393 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0639  diaminopropionate ammonia-lyase  37.64 
 
 		 410 aa  142  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  34.59 
 
 		 399 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  35.66 
 
 		 390 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  35.78 
 
 		 401 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  40.85 
 
 		 399 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  33.24 
 
 		 398 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  33.24 
 
 		 398 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  33.24 
 
 		 398 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  33.24 
 
 		 398 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  33.24 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  33.24 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  33.24 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  32.28 
 
 		 408 aa  137  2e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  35.71 
 
 		 410 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.86 
 
 		 396 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  33.24 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  33.14 
 
 		 400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2709  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.46 
 
 		 352 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201895  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  33.05 
 
 		 410 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  34.29 
 
 		 753 aa  132  7.999999999999999e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5230  diaminopropionate ammonia-lyase  39.48 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5629  diaminopropionate ammonia-lyase  39.48 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00139675 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4781  diaminopropionate ammonia-lyase  37.32 
 
 		 403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.0649173 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1828  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.96 
 
 		 345 aa  129  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1070  diaminopropionate ammonia-lyase  35.42 
 
 		 404 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000973165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1038  diaminopropionate ammonia-lyase  35.42 
 
 		 404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.61616  hitchhiker  0.00023872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1011  diaminopropionate ammonia-lyase  35.42 
 
 		 404 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000144159  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  31.81 
 
 		 400 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1103  diaminopropionate ammonia-lyase  35.06 
 
 		 404 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.624522 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4600  diaminopropionate ammonia-lyase  39.24 
 
 		 410 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000175308 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1635  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.14 
 
 		 402 aa  126  6e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.752486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0057  diaminopropionate ammonia-lyase  39.48 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1434  diaminopropionate ammonia-lyase  33.84 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1266  diaminopropionate ammonia-lyase  33.94 
 
 		 406 aa  122  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  31.16 
 
 		 393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3336  diaminopropionate ammonia-lyase  37.65 
 
 		 380 aa  115  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0394845  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6425  diaminopropionate ammonia-lyase  32.88 
 
 		 408 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6137  diaminopropionate ammonia-lyase  32.88 
 
 		 408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  29.81 
 
 		 511 aa  82.8  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  34.5 
 
 		 514 aa  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  31.67 
 
 		 527 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  29.14 
 
 		 403 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1584  threonine dehydratase  27.04 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000192202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  30.91 
 
 		 520 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0087  threonine dehydratase  30.87 
 
 		 504 aa  74.3  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  30.95 
 
 		 515 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  28.03 
 
 		 405 aa  73.2  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  33.78 
 
 		 509 aa  73.2  0.000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  33.19 
 
 		 505 aa  72.4  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5911  threonine dehydratase  27.83 
 
 		 424 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.696886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  26.96 
 
 		 442 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  28.31 
 
 		 514 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  29.93 
 
 		 515 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.56 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0303  threonine dehydratase  32.8 
 
 		 565 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0613066  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  30.9 
 
 		 403 aa  70.1  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  30.9 
 
 		 403 aa  70.1  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  28.33 
 
 		 504 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  27.99 
 
 		 504 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3032  threonine dehydratase, biosynthetic  29.53 
 
 		 550 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.08767 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  32.01 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5685  threonine dehydratase  30.45 
 
 		 517 aa  67.8  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000112731  normal  0.257645 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  29.5 
 
 		 414 aa  67.8  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3256  threonine dehydratase, biosynthetic  29.53 
 
 		 510 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786977 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1177  threonine dehydratase  31.84 
 
 		 523 aa  66.6  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2586  threonine dehydratase  26.96 
 
 		 423 aa  66.2  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  33.93 
 
 		 506 aa  64.7  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  31.3 
 
 		 503 aa  65.1  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3469  threonine dehydratase  35.47 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  30.03 
 
 		 504 aa  65.1  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  32.12 
 
 		 549 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.7 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0204  threonine dehydratase  24.75 
 
 		 416 aa  65.5  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.123725  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  33.93 
 
 		 506 aa  64.7  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0627  threonine dehydratase, biosynthetic  30.77 
 
 		 509 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.554958 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2490  threonine dehydratase  30.55 
 
 		 519 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  29.85 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1820  threonine dehydratase, biosynthetic  31.05 
 
 		 505 aa  64.3  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  26.23 
 
 		 402 aa  63.9  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  24.67 
 
 		 402 aa  63.9  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>