194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2092 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  100 
 
 		 442 aa  900    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1621  D-serine dehydratase  68.72 
 
 		 440 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.48816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  48.39 
 
 		 446 aa  398  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  50.9 
 
 		 451 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2915  D-serine dehydratase  49.88 
 
 		 443 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.464648  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4614  D-serine dehydratase  51.82 
 
 		 455 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2250  D-serine dehydratase  50.68 
 
 		 451 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.81638 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  54.62 
 
 		 379 aa  385  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3545  D-serine dehydratase  46.03 
 
 		 443 aa  379  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20650  D-serine dehydratase  48.95 
 
 		 448 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00676968  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1653  D-serine dehydratase  44.47 
 
 		 446 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1631  D-serine dehydratase  44.47 
 
 		 446 aa  372  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325851  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1600  D-serine dehydratase  44.7 
 
 		 446 aa  374  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.99334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1650  D-serine dehydratase  44.13 
 
 		 445 aa  372  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.351732  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1784  D-serine dehydratase  44.47 
 
 		 446 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.936434  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1773  D-serine dehydratase  48.27 
 
 		 448 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1796  D-serine dehydratase  45.33 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.395569  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1855  D-serine dehydratase  44.86 
 
 		 443 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.478558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3934  D-serine ammonia-lyase  44.84 
 
 		 451 aa  371  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1833  D-serine dehydratase  44.47 
 
 		 464 aa  372  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  44.57 
 
 		 445 aa  369  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1907  D-serine dehydratase  44.34 
 
 		 443 aa  367  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000531501  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0245  D-serine dehydratase  49.2 
 
 		 444 aa  364  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2763  D-serine dehydratase  45.07 
 
 		 459 aa  365  1e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3112  D-serine dehydratase  46.98 
 
 		 445 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3070  D-serine dehydratase  47.09 
 
 		 449 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3597  D-serine dehydratase  46.51 
 
 		 442 aa  363  3e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277726 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02276  D-serine dehydratase  46.51 
 
 		 442 aa  363  4e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02237  hypothetical protein  46.51 
 
 		 442 aa  363  4e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2503  D-serine dehydratase  46.51 
 
 		 442 aa  363  4e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.270405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2652  D-serine dehydratase  46.51 
 
 		 442 aa  363  4e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1291  D-serine ammonia-lyase  46.28 
 
 		 442 aa  361  1e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1303  D-serine dehydratase  46.28 
 
 		 442 aa  361  1e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.29121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2895  D-serine dehydratase  44.44 
 
 		 449 aa  361  1e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2516  D-serine dehydratase  46.28 
 
 		 438 aa  361  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4190  D-serine dehydratase  46.03 
 
 		 440 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2017  D-serine dehydratase  44.06 
 
 		 464 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4082  D-serine dehydratase  46.03 
 
 		 440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4132  D-serine dehydratase  46.03 
 
 		 440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4027  D-serine dehydratase  45.58 
 
 		 440 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4011  D-serine dehydratase  45.79 
 
 		 440 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  43.82 
 
 		 441 aa  353  4e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003747  D-serine dehydratase  43.59 
 
 		 443 aa  350  3e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0243202  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4129  D-serine ammonia-lyase  43.05 
 
 		 456 aa  350  3e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4659  D-serine dehydratase  42.46 
 
 		 443 aa  350  4e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  43.72 
 
 		 438 aa  347  3e-94  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02609  D-serine dehydratase  43.69 
 
 		 443 aa  346  4e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1718  D-serine dehydratase  42.4 
 
 		 432 aa  344  2e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2735  D-serine dehydratase  47.85 
 
 		 422 aa  343  4e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0021  D-serine dehydratase  45.67 
 
 		 434 aa  343  5e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3449  D-serine dehydratase  43.74 
 
 		 441 aa  339  7e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3266  D-serine dehydratase  47.09 
 
 		 446 aa  338  9e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2980  D-serine dehydratase  48.26 
 
 		 445 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1151  D-serine ammonia-lyase  45.45 
 
 		 461 aa  333  3e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1220  D-serine dehydratase  48.03 
 
 		 445 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2856  D-serine dehydratase  48.03 
 
 		 445 aa  333  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298475  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2515  D-serine dehydratase  44.5 
 
 		 445 aa  328  1.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.790637 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0232  D-serine dehydratase  49.05 
 
 		 429 aa  301  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.910645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  36.21 
 
 		 473 aa  290  2e-77  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1577  D-serine dehydratase  52.65 
 
 		 282 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1763  D-serine dehydratase  52.28 
 
 		 283 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.634059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0329  D-serine dehydratase  45.45 
 
 		 110 aa  72.8  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  24.8 
 
 		 390 aa  69.7  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1576  D-serine ammonia-lyase  47.44 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1762  D-serine dehydratase  47.44 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  25.34 
 
 		 410 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  23.29 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  24.56 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  27.65 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  27.65 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  27.2 
 
 		 520 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  24.32 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  26.83 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  22.29 
 
 		 398 aa  57  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  24.41 
 
 		 343 aa  57  0.0000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  22.29 
 
 		 398 aa  57  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  22.29 
 
 		 398 aa  57  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  22.29 
 
 		 398 aa  57  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  21.98 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  25.85 
 
 		 403 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  21.98 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  21.98 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  21.98 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  28.38 
 
 		 320 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3864  threonine dehydratase  27.97 
 
 		 330 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  24.45 
 
 		 408 aa  55.5  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  26.55 
 
 		 400 aa  54.7  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  24.75 
 
 		 401 aa  54.7  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  26.12 
 
 		 405 aa  54.7  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  24.24 
 
 		 403 aa  53.9  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  24.22 
 
 		 396 aa  53.9  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  25.1 
 
 		 753 aa  53.1  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  22.02 
 
 		 393 aa  52.8  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  22.88 
 
 		 418 aa  52.4  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  21.11 
 
 		 400 aa  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  30.77 
 
 		 399 aa  52.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  27.07 
 
 		 403 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  27.11 
 
 		 403 aa  50.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2318  threonine dehydratase  29.21 
 
 		 519 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3446  threonine dehydratase  28.74 
 
 		 530 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>