More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0175 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
320 aa  640    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  87.19 
 
 
321 aa  545  1e-154  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  350  1e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  350  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  350  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  350  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  350  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  350  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  350  1e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  58.03 
 
 
327 aa  348  5e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  57.14 
 
 
338 aa  341  8e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  53.63 
 
 
325 aa  331  8e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  53.63 
 
 
325 aa  331  8e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  49.04 
 
 
329 aa  327  1.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.99 
 
 
328 aa  325  5e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.31 
 
 
324 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  54.6 
 
 
323 aa  322  5e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.88 
 
 
323 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.14 
 
 
318 aa  317  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  52.83 
 
 
320 aa  316  4e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.78 
 
 
324 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  52.58 
 
 
320 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  49.84 
 
 
322 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.33 
 
 
332 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  52.46 
 
 
324 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  52.46 
 
 
324 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  52.46 
 
 
324 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.29 
 
 
327 aa  309  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.8 
 
 
339 aa  309  5e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.8 
 
 
325 aa  308  5.9999999999999995e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.14 
 
 
324 aa  305  6e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  51.15 
 
 
324 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.96 
 
 
318 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  52.52 
 
 
320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  49.67 
 
 
322 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  50.82 
 
 
324 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  50.82 
 
 
324 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  55.44 
 
 
321 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.14 
 
 
318 aa  299  5e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  49.84 
 
 
326 aa  298  7e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  50.16 
 
 
324 aa  296  3e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.15 
 
 
321 aa  294  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  54.67 
 
 
321 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  48.85 
 
 
324 aa  290  3e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.9 
 
 
322 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  52.11 
 
 
322 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.73 
 
 
320 aa  272  5.000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.38 
 
 
333 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  44.44 
 
 
405 aa  271  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  47.9 
 
 
304 aa  271  1e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  42.54 
 
 
403 aa  269  4e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.11 
 
 
330 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  48.54 
 
 
402 aa  260  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.34 
 
 
332 aa  260  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  47.13 
 
 
322 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  46.82 
 
 
329 aa  255  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.17 
 
 
328 aa  255  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.02 
 
 
304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.17 
 
 
328 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  45.45 
 
 
402 aa  252  5.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  48.44 
 
 
406 aa  252  6e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.3 
 
 
324 aa  251  9.000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  44.9 
 
 
402 aa  250  2e-65  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  41.9 
 
 
402 aa  249  3e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.93 
 
 
319 aa  249  6e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.48 
 
 
331 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  39.94 
 
 
402 aa  246  3e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.09 
 
 
317 aa  246  4e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  43.35 
 
 
403 aa  246  4.9999999999999997e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  42.3 
 
 
325 aa  245  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.12 
 
 
315 aa  245  9e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0727  threonine dehydratase  49.06 
 
 
411 aa  244  9.999999999999999e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  49.07 
 
 
330 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  39.94 
 
 
402 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.98 
 
 
319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  38.17 
 
 
404 aa  243  5e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.47 
 
 
338 aa  242  5e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  43.04 
 
 
408 aa  242  5e-63  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.32 
 
 
324 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.54 
 
 
319 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.4 
 
 
340 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.38 
 
 
320 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  45.48 
 
 
412 aa  238  1e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  45.74 
 
 
358 aa  237  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  37.85 
 
 
403 aa  236  4e-61  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  43.77 
 
 
324 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  37.22 
 
 
403 aa  236  5.0000000000000005e-61  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  49.19 
 
 
320 aa  235  7e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  37.89 
 
 
408 aa  235  8e-61  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.1 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  39.12 
 
 
403 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  43.55 
 
 
401 aa  233  3e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  43.55 
 
 
401 aa  233  3e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.25 
 
 
343 aa  233  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  47.13 
 
 
404 aa  233  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  36.59 
 
 
403 aa  233  3e-60  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  39.48 
 
 
326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  40.78 
 
 
401 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.91 
 
 
324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  43.81 
 
 
400 aa  233  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>