98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2735 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02276  D-serine dehydratase  98.07 
 
 		 442 aa  836    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4190  D-serine dehydratase  87.14 
 
 		 440 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3597  D-serine dehydratase  96.43 
 
 		 442 aa  809    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277726 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4027  D-serine dehydratase  87.14 
 
 		 440 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4011  D-serine dehydratase  87.14 
 
 		 440 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4132  D-serine dehydratase  87.14 
 
 		 440 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4082  D-serine dehydratase  87.14 
 
 		 440 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2735  D-serine dehydratase  100 
 
 		 422 aa  870    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2516  D-serine dehydratase  97.11 
 
 		 438 aa  805    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1303  D-serine dehydratase  98.31 
 
 		 442 aa  838    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.29121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02237  hypothetical protein  98.07 
 
 		 442 aa  836    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2652  D-serine dehydratase  98.07 
 
 		 442 aa  836    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2503  D-serine dehydratase  98.07 
 
 		 442 aa  836    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.270405  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0021  D-serine dehydratase  80.72 
 
 		 434 aa  647    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1291  D-serine ammonia-lyase  98.31 
 
 		 442 aa  838    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003747  D-serine dehydratase  74.33 
 
 		 443 aa  616  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0243202  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3449  D-serine dehydratase  75 
 
 		 441 aa  610  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  73.24 
 
 		 441 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02609  D-serine dehydratase  72.53 
 
 		 443 aa  604  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4659  D-serine dehydratase  71.91 
 
 		 443 aa  603  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2515  D-serine dehydratase  72.29 
 
 		 445 aa  577  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.790637 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1718  D-serine dehydratase  70.84 
 
 		 432 aa  575  1.0000000000000001e-163  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1855  D-serine dehydratase  66.33 
 
 		 443 aa  525  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.478558  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3070  D-serine dehydratase  64.34 
 
 		 449 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3545  D-serine dehydratase  66.08 
 
 		 443 aa  524  1e-147  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20650  D-serine dehydratase  64.18 
 
 		 448 aa  518  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00676968  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1653  D-serine dehydratase  65.66 
 
 		 446 aa  520  1e-146  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1650  D-serine dehydratase  64.34 
 
 		 445 aa  519  1e-146  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.351732  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3112  D-serine dehydratase  63.86 
 
 		 445 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1784  D-serine dehydratase  65.66 
 
 		 446 aa  520  1e-146  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.936434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1833  D-serine dehydratase  65.66 
 
 		 464 aa  519  1e-146  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1796  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 443 aa  519  1e-146  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.395569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1600  D-serine dehydratase  64.91 
 
 		 446 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.99334  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1773  D-serine dehydratase  63.94 
 
 		 448 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1631  D-serine dehydratase  64.41 
 
 		 446 aa  512  1e-144  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325851  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1907  D-serine dehydratase  64.66 
 
 		 443 aa  511  1e-144  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000531501  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3934  D-serine ammonia-lyase  61.27 
 
 		 451 aa  504  9.999999999999999e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1151  D-serine ammonia-lyase  64.32 
 
 		 461 aa  499  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3266  D-serine dehydratase  66.59 
 
 		 446 aa  497  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2017  D-serine dehydratase  61.86 
 
 		 464 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4129  D-serine ammonia-lyase  60.24 
 
 		 456 aa  486  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  58.17 
 
 		 445 aa  486  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2895  D-serine dehydratase  62.03 
 
 		 449 aa  473  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2763  D-serine dehydratase  58.41 
 
 		 459 aa  473  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  55.05 
 
 		 438 aa  431  1e-120  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1621  D-serine dehydratase  47.51 
 
 		 440 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.48816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2915  D-serine dehydratase  48.53 
 
 		 443 aa  375  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.464648  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4614  D-serine dehydratase  50 
 
 		 455 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  47.85 
 
 		 442 aa  363  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  47.51 
 
 		 446 aa  363  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  45.66 
 
 		 473 aa  348  1e-94  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  48.79 
 
 		 379 aa  335  7.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0245  D-serine dehydratase  45.95 
 
 		 444 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2250  D-serine dehydratase  47.16 
 
 		 451 aa  318  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.81638 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  47.38 
 
 		 451 aa  317  2e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2856  D-serine dehydratase  45.95 
 
 		 445 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298475  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2980  D-serine dehydratase  45.95 
 
 		 445 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1220  D-serine dehydratase  45.69 
 
 		 445 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0232  D-serine dehydratase  46.67 
 
 		 429 aa  302  9e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.910645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1763  D-serine dehydratase  49.47 
 
 		 283 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.634059  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1577  D-serine dehydratase  49.47 
 
 		 282 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0329  D-serine dehydratase  47.13 
 
 		 110 aa  74.7  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  26.76 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  26.76 
 
 		 403 aa  60.5  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  26.76 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  25.2 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0264  cysteine synthase A  26.21 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0316091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  24.85 
 
 		 396 aa  57.8  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0266  cysteine synthase A  25.38 
 
 		 291 aa  56.2  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0459085  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  24.36 
 
 		 402 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  23.62 
 
 		 403 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  24.24 
 
 		 403 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1762  D-serine dehydratase  40.74 
 
 		 155 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1576  D-serine ammonia-lyase  40.74 
 
 		 155 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  23.05 
 
 		 753 aa  53.5  0.000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  24.02 
 
 		 393 aa  53.1  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  25.94 
 
 		 318 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  23.17 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  22.18 
 
 		 410 aa  50.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  22.3 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  22.93 
 
 		 410 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  22.91 
 
 		 520 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  23.77 
 
 		 401 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  20 
 
 		 400 aa  46.2  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  22.38 
 
 		 397 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2493  tryptophan synthase subunit beta  25 
 
 		 451 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  21.66 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1560  threonine synthase  25.3 
 
 		 401 aa  44.7  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.77266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0922  cysteine synthase A  23.64 
 
 		 304 aa  44.7  0.003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.107998  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2124  threonine dehydratase  23.93 
 
 		 507 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619437  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2736  threonine dehydratase  23.93 
 
 		 507 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0746  cysteine synthases  27.88 
 
 		 305 aa  43.9  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2763  threonine dehydratase  23.62 
 
 		 507 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0567  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.07 
 
 		 301 aa  43.5  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000000159646  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  23.98 
 
 		 390 aa  43.5  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2835  D-serine dehydratase (D-serine deaminase) (DSD)  51.16 
 
 		 46 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  hitchhiker  0.00000000706705 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2903  cysteine synthase A  24.03 
 
 		 322 aa  43.1  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2166  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.32 
 
 		 312 aa  43.1  0.01  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>