More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_0358 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
318 aa  605  9.999999999999999e-173  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3582  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.07 
 
 
469 aa  276  3e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0458488  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.31 
 
 
315 aa  186  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.63 
 
 
320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.66 
 
 
323 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  44.48 
 
 
330 aa  170  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.7 
 
 
320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.71 
 
 
324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.95 
 
 
311 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  35.95 
 
 
405 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.08 
 
 
332 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.62 
 
 
311 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.62 
 
 
311 aa  161  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  33.33 
 
 
329 aa  159  8e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.67 
 
 
304 aa  158  1e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.81 
 
 
321 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  37.38 
 
 
415 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.48 
 
 
317 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  34.01 
 
 
402 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  31.91 
 
 
403 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  37.67 
 
 
320 aa  148  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  36.33 
 
 
506 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  36.33 
 
 
506 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  38.46 
 
 
403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.67 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.16 
 
 
319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.67 
 
 
328 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  35 
 
 
304 aa  147  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.2 
 
 
332 aa  147  3e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  37.07 
 
 
326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  34.35 
 
 
402 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  36.3 
 
 
520 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2436  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.76 
 
 
319 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.014581  normal  0.339712 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.91 
 
 
343 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  39.22 
 
 
402 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  36 
 
 
324 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  36 
 
 
324 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  35 
 
 
324 aa  143  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  37.67 
 
 
320 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  35 
 
 
324 aa  142  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  34.44 
 
 
322 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.2 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  35.08 
 
 
403 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  33.57 
 
 
501 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  32.88 
 
 
402 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  35.64 
 
 
324 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  38.76 
 
 
410 aa  139  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  37.25 
 
 
402 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  35.31 
 
 
324 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  35.31 
 
 
324 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  36.67 
 
 
324 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  37.68 
 
 
514 aa  139  8.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.66 
 
 
333 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  36.82 
 
 
406 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4430  threonine dehydratase  38.31 
 
 
330 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.15 
 
 
343 aa  137  2e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  39.56 
 
 
403 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  35.2 
 
 
503 aa  137  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  37.62 
 
 
412 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  35.67 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.33 
 
 
321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  32.65 
 
 
320 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  35.22 
 
 
322 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.97 
 
 
324 aa  136  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  32.65 
 
 
320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.48 
 
 
340 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  32.65 
 
 
320 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  32.2 
 
 
418 aa  135  9.999999999999999e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  39.55 
 
 
403 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5038  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.34 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  38.83 
 
 
403 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  35.54 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  40.46 
 
 
406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  36.47 
 
 
403 aa  133  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  28.95 
 
 
404 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  34.98 
 
 
531 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  36.98 
 
 
411 aa  133  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  33.23 
 
 
338 aa  132  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  34.98 
 
 
509 aa  132  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.38 
 
 
338 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.48 
 
 
324 aa  132  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  33.88 
 
 
503 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.33 
 
 
323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1844  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.51 
 
 
334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  38.54 
 
 
403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4119  threonine dehydratase catabolic  41.28 
 
 
319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270071  normal  0.0644551 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.49 
 
 
319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1237  threonine dehydratase  36.07 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221207 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  35.2 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  32.12 
 
 
401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  36.68 
 
 
403 aa  130  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  32.73 
 
 
511 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  36.12 
 
 
414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0922  threonine dehydratase  40.75 
 
 
403 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411143  normal  0.511297 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  37.33 
 
 
402 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.04 
 
 
315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3864  threonine dehydratase  37.41 
 
 
330 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002037  threonine dehydratase biosynthetic  34.78 
 
 
515 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  33.1 
 
 
402 aa  129  6e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  37 
 
 
402 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>