More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1722 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
320 aa  653    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.71 
 
 
317 aa  323  3e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.06 
 
 
319 aa  317  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  47.96 
 
 
325 aa  311  7.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.95 
 
 
321 aa  311  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.95 
 
 
315 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  46.91 
 
 
326 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.12 
 
 
315 aa  306  3e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.6 
 
 
326 aa  305  8.000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.84 
 
 
324 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.78 
 
 
319 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.82 
 
 
320 aa  300  2e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.21 
 
 
315 aa  298  6e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  50 
 
 
320 aa  276  4e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.91 
 
 
332 aa  275  6e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  47.13 
 
 
322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  47.42 
 
 
329 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.73 
 
 
320 aa  272  5.000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  47.02 
 
 
327 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  47.02 
 
 
327 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  47.02 
 
 
327 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  47.02 
 
 
327 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  47.02 
 
 
327 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  47.02 
 
 
327 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  47.02 
 
 
327 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  46.23 
 
 
327 aa  259  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.45 
 
 
321 aa  255  6e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  45.74 
 
 
324 aa  255  7e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.59 
 
 
323 aa  255  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  47.76 
 
 
320 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  44.65 
 
 
324 aa  253  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  45.11 
 
 
324 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  45.11 
 
 
324 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  45.11 
 
 
324 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
324 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
324 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  47.23 
 
 
304 aa  251  1e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  45 
 
 
322 aa  247  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  45.74 
 
 
324 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
326 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  47.48 
 
 
320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.25 
 
 
328 aa  243  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.52 
 
 
324 aa  240  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.84 
 
 
327 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.3 
 
 
339 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  45.6 
 
 
320 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.08 
 
 
338 aa  238  9e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.64 
 
 
321 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  46.6 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.36 
 
 
320 aa  235  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  46.6 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.67 
 
 
324 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.08 
 
 
322 aa  232  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03634  threonine dehydratase  45.76 
 
 
292 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.6 
 
 
304 aa  230  3e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.44 
 
 
324 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  39.81 
 
 
403 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  45.51 
 
 
323 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.9 
 
 
318 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  40.76 
 
 
405 aa  222  6e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.81 
 
 
330 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.99 
 
 
318 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  42.31 
 
 
321 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  39.62 
 
 
402 aa  215  9e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.87 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.13 
 
 
340 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  40.88 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  40.91 
 
 
347 aa  213  2.9999999999999995e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  40.51 
 
 
403 aa  211  1e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.49 
 
 
325 aa  210  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.32 
 
 
318 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  39.74 
 
 
403 aa  206  3e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  38.34 
 
 
402 aa  206  4e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  39.87 
 
 
403 aa  206  4e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  39.23 
 
 
403 aa  204  1e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 
321 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  39.23 
 
 
403 aa  204  2e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.74 
 
 
320 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.41 
 
 
323 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.94 
 
 
338 aa  201  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  40.92 
 
 
403 aa  200  1.9999999999999998e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.6 
 
 
401 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.8 
 
 
315 aa  198  9e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  37.62 
 
 
404 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.31 
 
 
328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  39.94 
 
 
403 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.9 
 
 
331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  41.35 
 
 
403 aa  196  6e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.98 
 
 
328 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  39.81 
 
 
402 aa  193  3e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02525  Pyridoxal-phosphate dependent enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14470)  37.27 
 
 
361 aa  193  4e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.120013 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  39.87 
 
 
403 aa  191  1e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1079  threonine dehydratase  42.45 
 
 
404 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000539723  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  39.8 
 
 
329 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  38.83 
 
 
403 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  37.97 
 
 
403 aa  187  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  38.14 
 
 
402 aa  187  2e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  37.29 
 
 
408 aa  187  3e-46  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.97 
 
 
333 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0149  threonine dehydratase  39.94 
 
 
409 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436735  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>