More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0888 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
324 aa  671    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  82.24 
 
 
320 aa  560  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  79.81 
 
 
326 aa  535  1e-151  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  78.75 
 
 
326 aa  533  1e-150  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  80.32 
 
 
319 aa  530  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.26 
 
 
321 aa  521  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  79.49 
 
 
315 aa  521  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.88 
 
 
315 aa  521  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  75.72 
 
 
325 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  73.16 
 
 
319 aa  488  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.7 
 
 
315 aa  344  8.999999999999999e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.05 
 
 
317 aa  321  9.999999999999999e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  53.77 
 
 
320 aa  311  1e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.84 
 
 
320 aa  304  1.0000000000000001e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.98 
 
 
332 aa  273  3e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  45.02 
 
 
324 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  45.02 
 
 
324 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  44.37 
 
 
324 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  43.85 
 
 
324 aa  263  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.99 
 
 
338 aa  261  8e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  43.73 
 
 
324 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  43.09 
 
 
322 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  43.73 
 
 
324 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  43.73 
 
 
324 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.72 
 
 
329 aa  258  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  43.67 
 
 
320 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  44.69 
 
 
326 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  43.99 
 
 
320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.3 
 
 
320 aa  251  9.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
327 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  42.44 
 
 
327 aa  249  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.63 
 
 
328 aa  249  6e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  43.55 
 
 
320 aa  248  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  43.09 
 
 
322 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.12 
 
 
323 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.63 
 
 
320 aa  245  8e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.67 
 
 
321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.72 
 
 
322 aa  243  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03634  threonine dehydratase  44.83 
 
 
292 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 
323 aa  242  5e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  43.43 
 
 
347 aa  242  7.999999999999999e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.4 
 
 
321 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.26 
 
 
318 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.78 
 
 
304 aa  237  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.82 
 
 
339 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  43.65 
 
 
325 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  43.65 
 
 
325 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.53 
 
 
324 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.75 
 
 
324 aa  230  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.13 
 
 
327 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  43.09 
 
 
322 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  40.13 
 
 
304 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.7 
 
 
403 aa  223  4.9999999999999996e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.95 
 
 
318 aa  221  9e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  45.16 
 
 
321 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  37.5 
 
 
402 aa  219  6e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.87 
 
 
324 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.86 
 
 
402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  43.01 
 
 
321 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.85 
 
 
405 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  38.02 
 
 
402 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  37.46 
 
 
408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.33 
 
 
318 aa  199  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.51 
 
 
332 aa  197  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.7 
 
 
340 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  35.14 
 
 
403 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  39.55 
 
 
402 aa  193  3e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  37.7 
 
 
401 aa  192  9e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  37.7 
 
 
401 aa  192  9e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  36.45 
 
 
403 aa  192  1e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.1 
 
 
327 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02525  Pyridoxal-phosphate dependent enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14470)  33.24 
 
 
361 aa  190  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.120013 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  38.1 
 
 
329 aa  189  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  35.26 
 
 
403 aa  188  1e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  36.95 
 
 
418 aa  188  1e-46  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  35.14 
 
 
402 aa  187  1e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.42 
 
 
323 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.55 
 
 
325 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  31.83 
 
 
403 aa  186  6e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  36.61 
 
 
329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  35.46 
 
 
403 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.57 
 
 
330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  32.48 
 
 
403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  33.01 
 
 
403 aa  183  3e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  36.39 
 
 
402 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  35.14 
 
 
403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.44 
 
 
311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 
320 aa  182  6e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  32.15 
 
 
403 aa  182  9.000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  33.23 
 
 
401 aa  181  2e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  32.37 
 
 
404 aa  180  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.13 
 
 
325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.44 
 
 
311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>