More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3568 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
325 aa  651    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.47 
 
 
325 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  76.95 
 
 
325 aa  447  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.26 
 
 
325 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  70.68 
 
 
324 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  70.85 
 
 
319 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  69.14 
 
 
324 aa  432  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  64.67 
 
 
324 aa  390  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  68.04 
 
 
330 aa  386  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  59.63 
 
 
322 aa  375  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.14 
 
 
333 aa  296  3e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.35 
 
 
325 aa  284  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.27 
 
 
330 aa  275  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  50.16 
 
 
329 aa  273  3e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.45 
 
 
340 aa  263  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.47 
 
 
331 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  50.32 
 
 
330 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  48.12 
 
 
329 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.5 
 
 
328 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50 
 
 
328 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.95 
 
 
320 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.35 
 
 
329 aa  240  2e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.16 
 
 
327 aa  235  9e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.85 
 
 
327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.23 
 
 
338 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.82 
 
 
318 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.49 
 
 
321 aa  221  9e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.06 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  44.94 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  44.94 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  44.94 
 
 
324 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.01 
 
 
318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  45.25 
 
 
324 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.38 
 
 
339 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.77 
 
 
332 aa  217  2e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  44.62 
 
 
324 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  44.62 
 
 
324 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.23 
 
 
324 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  42.81 
 
 
322 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  46.18 
 
 
326 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.62 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.76 
 
 
321 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  45.36 
 
 
320 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  43.52 
 
 
320 aa  209  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.77 
 
 
323 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.18 
 
 
328 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  44.97 
 
 
304 aa  206  6e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  41.42 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  41.42 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  41.42 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  41.42 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  41.42 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  41.42 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  41.42 
 
 
327 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  41.1 
 
 
327 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.02 
 
 
327 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1202  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.91 
 
 
333 aa  203  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.15 
 
 
304 aa  202  5e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  41.77 
 
 
324 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.65 
 
 
318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.96 
 
 
324 aa  200  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.19 
 
 
322 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.14 
 
 
317 aa  198  7.999999999999999e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  41.46 
 
 
324 aa  199  7.999999999999999e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  41.16 
 
 
325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  41.16 
 
 
325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  42.99 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40 
 
 
322 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.54 
 
 
315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  35.8 
 
 
403 aa  196  5.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.34 
 
 
319 aa  196  6e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  42.72 
 
 
320 aa  195  8.000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.08 
 
 
315 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  43.29 
 
 
322 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.34 
 
 
321 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  40.5 
 
 
323 aa  193  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.46 
 
 
315 aa  192  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  44.52 
 
 
321 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.31 
 
 
326 aa  192  7e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  38.64 
 
 
326 aa  191  1e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.13 
 
 
324 aa  191  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.42 
 
 
320 aa  190  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  45.23 
 
 
321 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  41.64 
 
 
402 aa  189  5e-47  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  38.36 
 
 
325 aa  189  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.16 
 
 
405 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.42 
 
 
319 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.05 
 
 
315 aa  186  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.91 
 
 
320 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  36.13 
 
 
402 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  35.9 
 
 
402 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  38.27 
 
 
400 aa  180  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5038  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.98 
 
 
316 aa  179  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  37.19 
 
 
403 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  37.38 
 
 
408 aa  179  8e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  40.54 
 
 
402 aa  178  9e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.27 
 
 
343 aa  178  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  32.92 
 
 
404 aa  177  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  37.79 
 
 
514 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  37.2 
 
 
399 aa  176  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>