More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3108 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
321 aa  654    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  96.26 
 
 
321 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  78.77 
 
 
327 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  78.98 
 
 
327 aa  507  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  78.98 
 
 
327 aa  507  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  78.98 
 
 
327 aa  507  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  78.98 
 
 
327 aa  507  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  79.3 
 
 
327 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  78.98 
 
 
327 aa  507  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  78.98 
 
 
327 aa  507  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  72.2 
 
 
325 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  72.2 
 
 
325 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  72.38 
 
 
318 aa  448  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  75 
 
 
323 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  71.34 
 
 
324 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  70.57 
 
 
324 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  69.3 
 
 
324 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  69.3 
 
 
324 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  68.99 
 
 
324 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  69.68 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  70.19 
 
 
338 aa  424  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  69.68 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  67.5 
 
 
323 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  68.99 
 
 
320 aa  423  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  67.19 
 
 
324 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  67.5 
 
 
324 aa  422  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  67.91 
 
 
326 aa  418  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  65.42 
 
 
322 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  66.88 
 
 
320 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.79 
 
 
318 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  66.67 
 
 
321 aa  407  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  66.35 
 
 
324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.92 
 
 
322 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.51 
 
 
328 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
322 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  65.92 
 
 
320 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  67.52 
 
 
318 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.06 
 
 
339 aa  384  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.06 
 
 
327 aa  381  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  57.81 
 
 
329 aa  378  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  61.54 
 
 
324 aa  376  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  55.27 
 
 
320 aa  350  1e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.56 
 
 
332 aa  340  2e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  54.95 
 
 
322 aa  333  2e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.87 
 
 
321 aa  323  3e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.16 
 
 
324 aa  271  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.95 
 
 
321 aa  268  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.98 
 
 
317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.87 
 
 
315 aa  266  4e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.19 
 
 
320 aa  261  1e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.59 
 
 
319 aa  260  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.87 
 
 
319 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.51 
 
 
315 aa  256  3e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.09 
 
 
330 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.55 
 
 
315 aa  256  5e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44 
 
 
325 aa  255  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.72 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  42.04 
 
 
326 aa  253  3e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.81 
 
 
320 aa  252  6e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.27 
 
 
333 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  41.27 
 
 
325 aa  249  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  45.25 
 
 
304 aa  246  4e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  40.89 
 
 
403 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.79 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.39 
 
 
328 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.01 
 
 
331 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.99 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.07 
 
 
328 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.34 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.44 
 
 
319 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  47.08 
 
 
320 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  43.05 
 
 
329 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.89 
 
 
324 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.45 
 
 
340 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  43.99 
 
 
322 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  40.13 
 
 
415 aa  226  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.41 
 
 
338 aa  225  8e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  38.34 
 
 
405 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  45.02 
 
 
324 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.11 
 
 
402 aa  224  2e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  38.11 
 
 
402 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  41.99 
 
 
402 aa  221  9e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  40.85 
 
 
401 aa  220  3e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  41.25 
 
 
329 aa  219  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  41.04 
 
 
418 aa  218  1e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.74 
 
 
325 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.88 
 
 
324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  37.22 
 
 
403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.41 
 
 
315 aa  215  8e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.72 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  39.69 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  41.4 
 
 
403 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  42.72 
 
 
330 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  40.2 
 
 
401 aa  210  3e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  40.2 
 
 
401 aa  210  3e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  39.87 
 
 
402 aa  209  6e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.19 
 
 
325 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  38.59 
 
 
403 aa  207  1e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  41.06 
 
 
402 aa  208  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  43.19 
 
 
325 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>