More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4343 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
324 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
324 aa  662    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  94.75 
 
 
324 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  94.75 
 
 
324 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  94.14 
 
 
324 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  94.14 
 
 
324 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  89.44 
 
 
326 aa  553  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  79.56 
 
 
320 aa  517  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  78.33 
 
 
323 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  77.64 
 
 
322 aa  507  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.99 
 
 
321 aa  502  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  80.95 
 
 
320 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  74.07 
 
 
324 aa  483  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  71.6 
 
 
324 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  73.42 
 
 
320 aa  464  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  76.4 
 
 
322 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  71.84 
 
 
318 aa  457  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  72.19 
 
 
324 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.18 
 
 
322 aa  434  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  69.09 
 
 
325 aa  431  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  71.34 
 
 
323 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  69.09 
 
 
325 aa  431  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.54 
 
 
328 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  66.99 
 
 
327 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
327 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
327 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
327 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
327 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
327 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
327 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
327 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  66.88 
 
 
324 aa  408  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.56 
 
 
339 aa  403  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.2 
 
 
338 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  69.68 
 
 
321 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  71.02 
 
 
321 aa  384  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  63.14 
 
 
324 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.82 
 
 
327 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.93 
 
 
318 aa  374  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  61.97 
 
 
318 aa  349  5e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  51.91 
 
 
329 aa  340  2e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.14 
 
 
332 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  52.05 
 
 
322 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.82 
 
 
320 aa  320  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.15 
 
 
321 aa  309  5e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.71 
 
 
317 aa  296  4e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.06 
 
 
319 aa  290  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.4 
 
 
319 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.3 
 
 
315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.73 
 
 
324 aa  279  4e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  44.27 
 
 
325 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.05 
 
 
321 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.48 
 
 
320 aa  271  9e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.41 
 
 
315 aa  271  9e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.32 
 
 
326 aa  268  8.999999999999999e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.57 
 
 
330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.98 
 
 
315 aa  266  4e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  42.54 
 
 
326 aa  265  7e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.33 
 
 
325 aa  264  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.54 
 
 
320 aa  259  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  44.74 
 
 
304 aa  258  8e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  48.45 
 
 
320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.4 
 
 
328 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.08 
 
 
328 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.75 
 
 
332 aa  245  6e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.48 
 
 
319 aa  245  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.9 
 
 
333 aa  243  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  37.26 
 
 
402 aa  242  7.999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.3 
 
 
324 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.18 
 
 
304 aa  240  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.43 
 
 
331 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  47.74 
 
 
324 aa  238  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  42.99 
 
 
322 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.62 
 
 
402 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.69 
 
 
403 aa  236  3e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  43.38 
 
 
329 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.38 
 
 
324 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.91 
 
 
315 aa  231  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.52 
 
 
311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  38.34 
 
 
415 aa  225  9e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.51 
 
 
327 aa  224  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  34.94 
 
 
403 aa  223  3e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.37 
 
 
340 aa  223  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.19 
 
 
311 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.19 
 
 
311 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.62 
 
 
325 aa  222  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.03 
 
 
405 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.41 
 
 
343 aa  218  1e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  37.66 
 
 
401 aa  218  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  41.16 
 
 
402 aa  217  2e-55  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  43.85 
 
 
330 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  42.91 
 
 
408 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  35.2 
 
 
403 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  37.66 
 
 
403 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2502  threonine dehydratase  41.18 
 
 
333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0237759  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.06 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2218  threonine dehydratase  41.49 
 
 
333 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  38.02 
 
 
338 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  37.97 
 
 
395 aa  212  7e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2469  threonine dehydratase  41.18 
 
 
333 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>