More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3581 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
319 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  94.98 
 
 
324 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  77.36 
 
 
324 aa  479  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  77.67 
 
 
325 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.33 
 
 
325 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  70.85 
 
 
325 aa  440  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  74.92 
 
 
325 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  63.38 
 
 
322 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  65.38 
 
 
324 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  64.65 
 
 
330 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.53 
 
 
333 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.81 
 
 
325 aa  294  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.19 
 
 
340 aa  286  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  48.99 
 
 
329 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.25 
 
 
330 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.67 
 
 
331 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.5 
 
 
328 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  45.89 
 
 
329 aa  256  4e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.02 
 
 
328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  50.79 
 
 
330 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.54 
 
 
320 aa  252  7e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  43.79 
 
 
329 aa  251  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.98 
 
 
327 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  46.45 
 
 
324 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  45.81 
 
 
324 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.17 
 
 
321 aa  239  5e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  45.48 
 
 
324 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  45.48 
 
 
324 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.71 
 
 
324 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.37 
 
 
327 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.18 
 
 
318 aa  236  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.88 
 
 
338 aa  235  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  45.85 
 
 
326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.1 
 
 
332 aa  230  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  43.95 
 
 
320 aa  228  7e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.02 
 
 
323 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  43.85 
 
 
322 aa  226  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.25 
 
 
324 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  42.14 
 
 
327 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  42.14 
 
 
327 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  42.14 
 
 
327 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  42.14 
 
 
327 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  42.14 
 
 
327 aa  225  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  42.14 
 
 
327 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  43.41 
 
 
325 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.84 
 
 
318 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  43.41 
 
 
325 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  41.82 
 
 
327 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  45.05 
 
 
320 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.39 
 
 
327 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  41.51 
 
 
327 aa  222  6e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.22 
 
 
328 aa  222  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  44.27 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.08 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.97 
 
 
339 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  38.92 
 
 
405 aa  216  4e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.32 
 
 
332 aa  216  5e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  40.72 
 
 
324 aa  215  9e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.85 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  42.86 
 
 
323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  40.07 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  40.63 
 
 
322 aa  212  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  45.33 
 
 
322 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.48 
 
 
324 aa  210  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.31 
 
 
322 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.06 
 
 
403 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.45 
 
 
318 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1202  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.1 
 
 
333 aa  206  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.61 
 
 
304 aa  205  8e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  45.1 
 
 
321 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  42.31 
 
 
321 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.31 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  37.01 
 
 
326 aa  199  5e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.99 
 
 
321 aa  198  7.999999999999999e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  42.72 
 
 
330 aa  199  7.999999999999999e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  41.42 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.04 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  38.85 
 
 
408 aa  194  1e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  41.99 
 
 
402 aa  192  6e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  41.64 
 
 
402 aa  192  9e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  35.22 
 
 
404 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  39.12 
 
 
514 aa  190  2.9999999999999997e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  38.99 
 
 
415 aa  189  5e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.69 
 
 
315 aa  189  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  34.38 
 
 
403 aa  188  9e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.75 
 
 
338 aa  187  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  37.03 
 
 
402 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.06 
 
 
324 aa  186  5e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.01 
 
 
319 aa  186  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.3 
 
 
320 aa  185  7e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  33.75 
 
 
403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  33.44 
 
 
403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.59 
 
 
403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.14 
 
 
315 aa  182  6e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  38.21 
 
 
402 aa  181  1e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.81 
 
 
323 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.71 
 
 
319 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  35.06 
 
 
325 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>