More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1632 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
328 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  93.6 
 
 
328 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  80.79 
 
 
330 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  80.18 
 
 
331 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  72.28 
 
 
329 aa  444  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.41 
 
 
333 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  60.93 
 
 
327 aa  330  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.03 
 
 
325 aa  328  8e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.27 
 
 
340 aa  319  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  51.22 
 
 
329 aa  300  2e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  50.47 
 
 
322 aa  289  6e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.17 
 
 
320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.48 
 
 
327 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  50.32 
 
 
324 aa  265  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.58 
 
 
338 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  46.44 
 
 
325 aa  262  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  46.44 
 
 
325 aa  262  6e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.16 
 
 
325 aa  262  6.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  49.38 
 
 
320 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.87 
 
 
324 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  45.26 
 
 
322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.38 
 
 
324 aa  258  8e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.16 
 
 
325 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.79 
 
 
319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  46.56 
 
 
327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  52.82 
 
 
325 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.82 
 
 
325 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.58 
 
 
321 aa  251  9.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  47.44 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  47.44 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  47.44 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.24 
 
 
329 aa  251  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  47.44 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  45.6 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  47.44 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  47.44 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48 
 
 
324 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.85 
 
 
323 aa  249  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  49.52 
 
 
330 aa  249  6e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  47.09 
 
 
324 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  48.44 
 
 
330 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  47.09 
 
 
324 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  47.09 
 
 
324 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  46.48 
 
 
324 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.24 
 
 
327 aa  246  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.03 
 
 
332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  46.48 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  46.48 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  47.84 
 
 
320 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.17 
 
 
328 aa  238  6.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.58 
 
 
318 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  43.17 
 
 
323 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.35 
 
 
324 aa  230  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.65 
 
 
324 aa  228  8e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  46.36 
 
 
326 aa  228  9e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.2 
 
 
318 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  39.56 
 
 
403 aa  226  4e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  43.52 
 
 
320 aa  225  7e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.96 
 
 
318 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  40.5 
 
 
322 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  44.34 
 
 
402 aa  224  2e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.48 
 
 
339 aa  222  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  45.26 
 
 
322 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  42.01 
 
 
405 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  47.26 
 
 
330 aa  220  3e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.67 
 
 
322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  42.45 
 
 
324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  45.15 
 
 
321 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  42.77 
 
 
324 aa  216  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  44.65 
 
 
321 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  40.85 
 
 
408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.95 
 
 
321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.89 
 
 
320 aa  212  7.999999999999999e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.78 
 
 
315 aa  208  9e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  42.86 
 
 
401 aa  207  1e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  42.86 
 
 
401 aa  207  1e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  41.31 
 
 
402 aa  206  5e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.94 
 
 
323 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.06 
 
 
317 aa  202  9e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.41 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  39.56 
 
 
400 aa  200  3e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  37.81 
 
 
346 aa  199  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  37.81 
 
 
346 aa  199  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.17 
 
 
315 aa  198  7.999999999999999e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  40.31 
 
 
403 aa  199  7.999999999999999e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.47 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  40.62 
 
 
402 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.76 
 
 
321 aa  197  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2502  threonine dehydratase  41.14 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0237759  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  35.11 
 
 
404 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.1 
 
 
319 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.11 
 
 
320 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.85 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  39.57 
 
 
401 aa  195  8.000000000000001e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  35.42 
 
 
326 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2486  threonine dehydratase  41.14 
 
 
333 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2297  threonine dehydratase  41.14 
 
 
333 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2260  threonine dehydratase  41.14 
 
 
333 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00014617  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.62 
 
 
326 aa  194  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.17 
 
 
317 aa  194  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>