More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2252 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  100 
 
 
325 aa  632  1e-180  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  99.08 
 
 
325 aa  626  1e-178  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  89.23 
 
 
325 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  76.88 
 
 
324 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  76.95 
 
 
325 aa  471  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  77.78 
 
 
319 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  75.62 
 
 
324 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  71.47 
 
 
330 aa  408  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  68.83 
 
 
324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  64.49 
 
 
322 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.29 
 
 
333 aa  311  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.62 
 
 
325 aa  290  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.64 
 
 
340 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.53 
 
 
330 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.09 
 
 
331 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  50 
 
 
329 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  49.21 
 
 
329 aa  265  1e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.92 
 
 
328 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.92 
 
 
328 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  52.24 
 
 
330 aa  255  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.91 
 
 
320 aa  247  2e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.46 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.97 
 
 
327 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.39 
 
 
329 aa  243  3e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.9 
 
 
324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.89 
 
 
318 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.73 
 
 
338 aa  231  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  47.39 
 
 
324 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  47.39 
 
 
324 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  47.39 
 
 
324 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.28 
 
 
318 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.32 
 
 
339 aa  225  6e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  46.77 
 
 
324 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.04 
 
 
321 aa  224  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  46.77 
 
 
324 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  47.06 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  46.5 
 
 
320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  44.44 
 
 
322 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  48.46 
 
 
320 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.42 
 
 
324 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1202  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.3 
 
 
333 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.2 
 
 
327 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.11 
 
 
323 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
327 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  45.12 
 
 
322 aa  212  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
327 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  46.38 
 
 
326 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
327 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
327 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
327 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
327 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
327 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.73 
 
 
332 aa  211  1e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.84 
 
 
328 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.9 
 
 
324 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  43.27 
 
 
323 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  43.42 
 
 
327 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.4 
 
 
321 aa  210  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  41.64 
 
 
324 aa  208  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  41.32 
 
 
324 aa  206  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  43.81 
 
 
320 aa  203  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.69 
 
 
322 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.65 
 
 
318 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.72 
 
 
322 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  35.03 
 
 
403 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  45.04 
 
 
321 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  44.68 
 
 
321 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37 
 
 
332 aa  194  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.17 
 
 
315 aa  192  6e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  43.04 
 
 
304 aa  192  7e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  39.27 
 
 
405 aa  192  8e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.64 
 
 
304 aa  190  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.25 
 
 
317 aa  189  8e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  44.17 
 
 
330 aa  188  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  41.36 
 
 
402 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  36.81 
 
 
326 aa  186  6e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  40.39 
 
 
514 aa  186  6e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.68 
 
 
321 aa  185  9e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.17 
 
 
315 aa  185  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.32 
 
 
320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  38.56 
 
 
408 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  36.73 
 
 
402 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.5 
 
 
326 aa  182  7e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  34.38 
 
 
403 aa  182  8.000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  39.32 
 
 
415 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  40.07 
 
 
506 aa  180  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  40.07 
 
 
506 aa  180  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.9 
 
 
311 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.9 
 
 
311 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.58 
 
 
315 aa  179  4.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.18 
 
 
319 aa  179  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  33.75 
 
 
403 aa  178  9e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.21 
 
 
311 aa  178  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.49 
 
 
319 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  41.01 
 
 
402 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  35.53 
 
 
325 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  35.71 
 
 
402 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  37.18 
 
 
402 aa  177  2e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>