More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1447 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
330 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  81.93 
 
 
328 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  82.47 
 
 
328 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  78.26 
 
 
331 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  70.73 
 
 
329 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.66 
 
 
333 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.02 
 
 
325 aa  324  1e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.94 
 
 
327 aa  309  4e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.61 
 
 
340 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  53.63 
 
 
329 aa  295  5e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  51.26 
 
 
322 aa  286  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.61 
 
 
327 aa  275  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  49.54 
 
 
324 aa  267  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.11 
 
 
320 aa  266  5e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.27 
 
 
325 aa  265  7e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  47.48 
 
 
322 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.27 
 
 
324 aa  259  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  46.75 
 
 
325 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  46.75 
 
 
325 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  49.84 
 
 
320 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.25 
 
 
319 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.57 
 
 
324 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.36 
 
 
325 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  53.36 
 
 
325 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  48.57 
 
 
324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  48.57 
 
 
324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  48.25 
 
 
324 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  50.83 
 
 
320 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  48.25 
 
 
324 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  45.11 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  48.25 
 
 
324 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  48.25 
 
 
324 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.81 
 
 
324 aa  249  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  44.79 
 
 
327 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.69 
 
 
325 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.3 
 
 
338 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  44.48 
 
 
327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  49.21 
 
 
330 aa  245  6.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.08 
 
 
323 aa  245  8e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.94 
 
 
332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  41.27 
 
 
329 aa  242  6e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  48.34 
 
 
330 aa  242  6e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.2 
 
 
321 aa  241  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.67 
 
 
328 aa  241  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.3 
 
 
324 aa  239  5e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  47.84 
 
 
326 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  44.31 
 
 
323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.68 
 
 
324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.19 
 
 
327 aa  232  7.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  45.08 
 
 
320 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.76 
 
 
318 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.17 
 
 
318 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  45.18 
 
 
405 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  40.06 
 
 
403 aa  227  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  40.63 
 
 
322 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.86 
 
 
318 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.44 
 
 
321 aa  222  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  45.6 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.94 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.81 
 
 
320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  41.85 
 
 
408 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  45.1 
 
 
321 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.74 
 
 
322 aa  215  7e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  43.17 
 
 
402 aa  214  9.999999999999999e-55  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  44.52 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  48.17 
 
 
330 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  41.32 
 
 
324 aa  208  9e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  40.69 
 
 
324 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  39.37 
 
 
346 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  39.37 
 
 
346 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  41.91 
 
 
402 aa  206  3e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.91 
 
 
332 aa  206  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  42.86 
 
 
304 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  39.27 
 
 
402 aa  205  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.82 
 
 
321 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.61 
 
 
402 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.6 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  34.38 
 
 
404 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.31 
 
 
323 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  42.24 
 
 
401 aa  198  9e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  42.24 
 
 
401 aa  198  9e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  41.06 
 
 
403 aa  198  9e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2502  threonine dehydratase  41.07 
 
 
333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0237759  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.29 
 
 
320 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.92 
 
 
311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.92 
 
 
311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.98 
 
 
315 aa  197  3e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.92 
 
 
311 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  39.14 
 
 
400 aa  196  6e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.17 
 
 
317 aa  195  9e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2297  threonine dehydratase  41.07 
 
 
333 aa  195  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2260  threonine dehydratase  41.07 
 
 
333 aa  195  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00014617  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.41 
 
 
401 aa  195  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3319  threonine dehydratase  43.65 
 
 
410 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.813213  normal  0.377065 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.64 
 
 
319 aa  195  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>