More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9151 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  100 
 
 
322 aa  653    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.38 
 
 
319 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.5 
 
 
324 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  63.75 
 
 
324 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  65.11 
 
 
325 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  66.11 
 
 
325 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  64.49 
 
 
325 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  59.63 
 
 
325 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  57.14 
 
 
324 aa  345  7e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  56.96 
 
 
330 aa  332  4e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.58 
 
 
333 aa  310  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.1 
 
 
330 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.84 
 
 
325 aa  299  5e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.32 
 
 
331 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.65 
 
 
340 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.99 
 
 
328 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.02 
 
 
328 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  46.2 
 
 
329 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.13 
 
 
320 aa  269  4e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  48.73 
 
 
330 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  47.15 
 
 
329 aa  258  8e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.54 
 
 
327 aa  255  6e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.5 
 
 
338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.83 
 
 
327 aa  251  9.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.13 
 
 
321 aa  250  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.55 
 
 
329 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  45.94 
 
 
320 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  43.93 
 
 
324 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  43.93 
 
 
324 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  43.93 
 
 
324 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  44.24 
 
 
324 aa  235  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  43.3 
 
 
322 aa  235  6e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  46.52 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  44.85 
 
 
320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  45.03 
 
 
326 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.71 
 
 
318 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.3 
 
 
323 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  43.44 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.17 
 
 
324 aa  229  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  42.99 
 
 
324 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.96 
 
 
332 aa  229  4e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  42.99 
 
 
324 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  43.12 
 
 
327 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  42.5 
 
 
327 aa  227  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.93 
 
 
318 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.93 
 
 
328 aa  222  8e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  41.59 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  41.59 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.12 
 
 
327 aa  219  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
322 aa  216  5e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.97 
 
 
332 aa  215  7e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.68 
 
 
339 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.51 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  41.74 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.14 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.37 
 
 
321 aa  210  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.45 
 
 
324 aa  210  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  40.81 
 
 
324 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.19 
 
 
322 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  41.77 
 
 
323 aa  205  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.59 
 
 
315 aa  204  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  40.06 
 
 
322 aa  202  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  45.3 
 
 
321 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1202  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.55 
 
 
333 aa  199  7e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.62 
 
 
405 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  42.54 
 
 
304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  39.75 
 
 
402 aa  197  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  44.6 
 
 
321 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  41.99 
 
 
330 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  36.59 
 
 
403 aa  195  7e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  37.69 
 
 
402 aa  195  8.000000000000001e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  33.54 
 
 
404 aa  194  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.3 
 
 
320 aa  193  4e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.13 
 
 
304 aa  190  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.99 
 
 
319 aa  188  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.6 
 
 
317 aa  188  8e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  36.98 
 
 
408 aa  187  1e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.05 
 
 
324 aa  183  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.19 
 
 
338 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.65 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  36.02 
 
 
402 aa  181  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.22 
 
 
403 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  37.21 
 
 
418 aa  181  2e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.44 
 
 
326 aa  180  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.99 
 
 
311 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  33.44 
 
 
326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  34.57 
 
 
403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.37 
 
 
319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.14 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  39.34 
 
 
514 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  37.86 
 
 
401 aa  179  7e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.5 
 
 
320 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.73 
 
 
321 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.06 
 
 
315 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  39.31 
 
 
402 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>