More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2488 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
327 aa  637    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  58.49 
 
 
330 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  59.63 
 
 
333 aa  352  5e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.09 
 
 
331 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.58 
 
 
325 aa  347  1e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.71 
 
 
328 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  57.43 
 
 
329 aa  341  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.06 
 
 
328 aa  338  9e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.66 
 
 
340 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  53.42 
 
 
329 aa  301  8.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.8 
 
 
327 aa  285  7e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  50.79 
 
 
322 aa  280  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.04 
 
 
324 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.04 
 
 
319 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  51.88 
 
 
324 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  48.15 
 
 
322 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.1 
 
 
325 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2702  putative threonine dehydratase  51.88 
 
 
330 aa  266  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.34 
 
 
320 aa  261  1e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  50 
 
 
330 aa  259  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  43.83 
 
 
329 aa  259  4e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.3 
 
 
325 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  54.3 
 
 
325 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  49.39 
 
 
320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.31 
 
 
318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.89 
 
 
323 aa  252  7e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.76 
 
 
324 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  48 
 
 
324 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  48 
 
 
324 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  48 
 
 
324 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  47.69 
 
 
324 aa  250  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.32 
 
 
325 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  47.8 
 
 
325 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  47.8 
 
 
325 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  47.69 
 
 
324 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  47.69 
 
 
324 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.02 
 
 
321 aa  248  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.72 
 
 
332 aa  248  1e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.96 
 
 
324 aa  247  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.44 
 
 
338 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.26 
 
 
324 aa  242  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  45.94 
 
 
327 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  48.77 
 
 
320 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  47.06 
 
 
320 aa  240  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.69 
 
 
318 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
324 aa  240  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  45.62 
 
 
327 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  45.62 
 
 
327 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  45.62 
 
 
327 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  45.62 
 
 
327 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  45.62 
 
 
327 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  45.62 
 
 
327 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.81 
 
 
339 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.82 
 
 
318 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  45.31 
 
 
327 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.26 
 
 
321 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.06 
 
 
328 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  47.69 
 
 
326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  44.89 
 
 
324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.48 
 
 
327 aa  225  7e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  47.38 
 
 
322 aa  225  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.01 
 
 
322 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  45.57 
 
 
323 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.95 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  47.28 
 
 
321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  47.62 
 
 
321 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.28 
 
 
324 aa  219  6e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  38.68 
 
 
403 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.57 
 
 
332 aa  217  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.87 
 
 
317 aa  216  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.99 
 
 
322 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  45.87 
 
 
330 aa  212  7.999999999999999e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  43.75 
 
 
399 aa  210  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.79 
 
 
338 aa  208  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  40.18 
 
 
405 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.78 
 
 
321 aa  206  6e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.5 
 
 
326 aa  203  4e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  38.66 
 
 
325 aa  202  9e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  37.82 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  40.68 
 
 
408 aa  200  3e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.31 
 
 
319 aa  199  5e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  40.59 
 
 
506 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  40.59 
 
 
506 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.81 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.5 
 
 
315 aa  196  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  39.94 
 
 
402 aa  195  7e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  40.68 
 
 
400 aa  195  7e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.03 
 
 
311 aa  195  7e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.51 
 
 
320 aa  195  7e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  37.85 
 
 
400 aa  195  8.000000000000001e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.34 
 
 
311 aa  195  9e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.34 
 
 
311 aa  195  9e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.18 
 
 
315 aa  194  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  42.53 
 
 
304 aa  194  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.7 
 
 
320 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  34.48 
 
 
404 aa  193  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  41.56 
 
 
402 aa  193  4e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.99 
 
 
317 aa  192  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.86 
 
 
324 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.91 
 
 
319 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>