More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0344 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  100 
 
 		 399 aa  791    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  82.32 
 
 		 400 aa  636    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  80.6 
 
 		 400 aa  625  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0142  threonine dehydratase  80.7 
 
 		 402 aa  613  9.999999999999999e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0336492 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0099  threonine dehydratase  79.4 
 
 		 399 aa  598  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0149  threonine dehydratase  75.93 
 
 		 409 aa  597  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436735  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0080  threonine dehydratase  79.4 
 
 		 399 aa  598  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0116  threonine dehydratase  75.7 
 
 		 415 aa  560  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  71.57 
 
 		 412 aa  544  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  54.08 
 
 		 403 aa  405  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2877  threonine dehydratase  55.05 
 
 		 422 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3984  threonine dehydratase  54.04 
 
 		 412 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3029  threonine dehydratase  50 
 
 		 398 aa  373  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0116526 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1842  threonine dehydratase  52.55 
 
 		 416 aa  372  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.53937 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2254  threonine dehydratase  53.57 
 
 		 415 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1100  threonine dehydratase  50.88 
 
 		 421 aa  363  2e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  48.76 
 
 		 403 aa  363  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2664  threonine dehydratase  53.4 
 
 		 415 aa  360  3e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2394  threonine dehydratase  50 
 
 		 415 aa  355  7.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6836  threonine dehydratase  52.38 
 
 		 413 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.211466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7574  threonine dehydratase  52.26 
 
 		 415 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.377262  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4294  threonine dehydratase  51.01 
 
 		 425 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  48.76 
 
 		 403 aa  346  3e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  48.51 
 
 		 403 aa  346  5e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  45.89 
 
 		 405 aa  345  8e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  43.25 
 
 		 404 aa  343  2e-93  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0909  threonine dehydratase  51.18 
 
 		 398 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  48.13 
 
 		 403 aa  342  5e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  45.73 
 
 		 403 aa  339  4e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  44.97 
 
 		 403 aa  339  5e-92  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  45.73 
 
 		 403 aa  336  2.9999999999999997e-91  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  44.22 
 
 		 403 aa  335  9e-91  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  44.22 
 
 		 403 aa  335  1e-90  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  43.88 
 
 		 403 aa  330  2e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  44.08 
 
 		 403 aa  327  2.0000000000000001e-88  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  49.35 
 
 		 423 aa  323  2e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  45.57 
 
 		 400 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0688  L-threonine ammonia-lyase  46.02 
 
 		 413 aa  320  3e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  45.2 
 
 		 402 aa  318  1e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  42.86 
 
 		 402 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  46.08 
 
 		 402 aa  309  5.9999999999999995e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  40.65 
 
 		 401 aa  304  2.0000000000000002e-81  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  43.42 
 
 		 402 aa  300  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  43.39 
 
 		 401 aa  300  3e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  43.39 
 
 		 401 aa  300  3e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  42.82 
 
 		 403 aa  300  4e-80  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  47.09 
 
 		 404 aa  299  7e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  45.09 
 
 		 402 aa  298  2e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  43.94 
 
 		 408 aa  296  6e-79  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  46.7 
 
 		 412 aa  294  2e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  43.99 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  41.79 
 
 		 403 aa  292  7e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  43.97 
 
 		 537 aa  291  1e-77  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  41.98 
 
 		 395 aa  290  2e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  46.21 
 
 		 404 aa  288  2e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31840  threonine dehydratase  46.1 
 
 		 401 aa  287  2e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.67382 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1403  threonine dehydratase  43.83 
 
 		 403 aa  286  4e-76  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.5 
 
 		 402 aa  286  4e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  41.5 
 
 		 401 aa  285  7e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  47.42 
 
 		 406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  43.39 
 
 		 412 aa  285  1.0000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1498  threonine dehydratase  42.08 
 
 		 421 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1422  threonine dehydratase  44.25 
 
 		 403 aa  283  5.000000000000001e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  44.47 
 
 		 406 aa  281  2e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1237  threonine dehydratase  41.4 
 
 		 412 aa  281  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221207 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1075  threonine dehydratase  43.63 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0736  threonine dehydratase  43.08 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.51572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  37.73 
 
 		 402 aa  277  2e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0961  threonine dehydratase  42.14 
 
 		 404 aa  277  3e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  43.78 
 
 		 402 aa  276  7e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  45.91 
 
 		 402 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  42.21 
 
 		 402 aa  273  4.0000000000000004e-72  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  46 
 
 		 410 aa  271  1e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05060  threonine dehydratase  44.78 
 
 		 443 aa  271  2e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.925134  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  41.04 
 
 		 403 aa  270  4e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08200  L-threonine ammonia-lyase  42.89 
 
 		 408 aa  268  8.999999999999999e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0196535 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  39.1 
 
 		 402 aa  268  1e-70  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0922  threonine dehydratase  44.72 
 
 		 403 aa  267  2e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411143  normal  0.511297 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  43.89 
 
 		 410 aa  265  8e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  38.58 
 
 		 402 aa  265  1e-69  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  44.7 
 
 		 402 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  40.84 
 
 		 403 aa  261  1e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  39.18 
 
 		 418 aa  260  2e-68  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0727  threonine dehydratase  43.04 
 
 		 411 aa  260  3e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  41.29 
 
 		 403 aa  260  3e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  37.72 
 
 		 406 aa  259  4e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3689  threonine dehydratase  45 
 
 		 402 aa  259  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.353069  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0801  threonine dehydratase  42.93 
 
 		 407 aa  258  9e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.103174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3784  threonine dehydratase  44.08 
 
 		 402 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31740  predicted protein  41.15 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.414163 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1939  threonine dehydratase  40.76 
 
 		 410 aa  256  7e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1915  threonine dehydratase  40.2 
 
 		 411 aa  252  6e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1079  threonine dehydratase  42.55 
 
 		 404 aa  251  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000539723  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  43.64 
 
 		 411 aa  251  2e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1894  threonine dehydratase  43.62 
 
 		 408 aa  249  5e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.878805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1619  threonine dehydratase  41.81 
 
 		 400 aa  249  5e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.458983  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0952  threonine dehydratase  41.46 
 
 		 415 aa  249  8e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000323756  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.13 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4140  threonine dehydratase  39.8 
 
 		 408 aa  243  6e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0939  threonine dehydratase  42.71 
 
 		 399 aa  242  7.999999999999999e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>