More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3984 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3984  threonine dehydratase  100 
 
 
412 aa  827    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  55.58 
 
 
412 aa  414  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1842  threonine dehydratase  56.74 
 
 
416 aa  409  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.53937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2394  threonine dehydratase  58.81 
 
 
415 aa  411  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  55.44 
 
 
400 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  54.04 
 
 
399 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0149  threonine dehydratase  54.36 
 
 
409 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436735  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0099  threonine dehydratase  55.19 
 
 
399 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  51.88 
 
 
403 aa  389  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  53.42 
 
 
400 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0080  threonine dehydratase  55.19 
 
 
399 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0116  threonine dehydratase  54.57 
 
 
415 aa  388  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0142  threonine dehydratase  55.7 
 
 
402 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0336492 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2877  threonine dehydratase  55.95 
 
 
422 aa  376  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188993  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1100  threonine dehydratase  53.87 
 
 
421 aa  376  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6836  threonine dehydratase  55.22 
 
 
413 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.211466  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7574  threonine dehydratase  54.29 
 
 
415 aa  364  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.377262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  48.11 
 
 
403 aa  355  5.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2664  threonine dehydratase  50.26 
 
 
415 aa  353  4e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2254  threonine dehydratase  50.51 
 
 
415 aa  351  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  51.32 
 
 
423 aa  351  2e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3029  threonine dehydratase  49.87 
 
 
398 aa  344  1e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0116526 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4294  threonine dehydratase  51.15 
 
 
425 aa  336  5.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  47.86 
 
 
403 aa  335  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  47.36 
 
 
403 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  45.61 
 
 
403 aa  322  7e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.71 
 
 
403 aa  319  6e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  42.64 
 
 
405 aa  318  9e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0909  threonine dehydratase  49.1 
 
 
398 aa  316  5e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  40.61 
 
 
403 aa  308  2.0000000000000002e-82  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  46.51 
 
 
402 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  39.85 
 
 
403 aa  302  8.000000000000001e-81  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  39.85 
 
 
403 aa  302  9e-81  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  39.48 
 
 
403 aa  296  6e-79  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  39.65 
 
 
403 aa  296  6e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  37.22 
 
 
404 aa  295  8e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  39.04 
 
 
403 aa  294  2e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  40.98 
 
 
402 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  42.79 
 
 
403 aa  285  1.0000000000000001e-75  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0688  L-threonine ammonia-lyase  43.18 
 
 
413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  43.14 
 
 
402 aa  283  4.0000000000000003e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  40.25 
 
 
402 aa  280  3e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  36.9 
 
 
402 aa  280  4e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  41.92 
 
 
401 aa  279  7e-74  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  39.44 
 
 
400 aa  278  2e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  42.36 
 
 
401 aa  276  4e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  42.36 
 
 
401 aa  276  4e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  40.82 
 
 
418 aa  273  3e-72  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  46.65 
 
 
406 aa  274  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  42.82 
 
 
415 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.39 
 
 
402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0961  threonine dehydratase  43.11 
 
 
404 aa  270  4e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  38.37 
 
 
537 aa  270  5e-71  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  42.96 
 
 
402 aa  269  5.9999999999999995e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  46.56 
 
 
412 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  40.05 
 
 
402 aa  266  7e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  41.08 
 
 
412 aa  264  2e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  44.03 
 
 
406 aa  263  4e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  42.89 
 
 
402 aa  262  8e-69  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1237  threonine dehydratase  39.85 
 
 
412 aa  260  3e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221207 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  44.25 
 
 
410 aa  259  7e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  44.5 
 
 
404 aa  257  2e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  0.00000283159 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  37.12 
 
 
403 aa  256  4e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  42.5 
 
 
402 aa  255  9e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0736  threonine dehydratase  41.5 
 
 
416 aa  255  9e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.51572  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0952  threonine dehydratase  41.41 
 
 
415 aa  255  9e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000323756  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_19518  predicted protein  39.4 
 
 
479 aa  254  2.0000000000000002e-66  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  44.06 
 
 
410 aa  253  5.000000000000001e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1079  threonine dehydratase  43.62 
 
 
404 aa  251  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000539723  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  38.89 
 
 
402 aa  251  2e-65  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  38.93 
 
 
408 aa  250  3e-65  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0057  threonine dehydratase  44.47 
 
 
410 aa  250  4e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.835911  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4230  threonine dehydratase  41.91 
 
 
412 aa  250  4e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0941557  normal  0.0780597 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31740  predicted protein  39.75 
 
 
468 aa  249  6e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.414163 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  42.33 
 
 
404 aa  249  6e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0922  threonine dehydratase  44.33 
 
 
403 aa  247  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411143  normal  0.511297 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31840  threonine dehydratase  43.83 
 
 
401 aa  247  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.67382 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  38.73 
 
 
401 aa  248  2e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1403  threonine dehydratase  39.65 
 
 
403 aa  245  9.999999999999999e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1939  threonine dehydratase  42.67 
 
 
410 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0801  threonine dehydratase  40.7 
 
 
407 aa  245  9.999999999999999e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.103174  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  37.87 
 
 
395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  43.79 
 
 
346 aa  243  6e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  43.79 
 
 
346 aa  243  6e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05060  threonine dehydratase  40.79 
 
 
443 aa  242  7.999999999999999e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.925134  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3689  threonine dehydratase  42.67 
 
 
402 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.353069  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  40.22 
 
 
414 aa  240  2.9999999999999997e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1619  threonine dehydratase  41.41 
 
 
400 aa  240  2.9999999999999997e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.458983  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  43.11 
 
 
402 aa  239  8e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3319  threonine dehydratase  42.29 
 
 
410 aa  239  8e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.813213  normal  0.377065 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3784  threonine dehydratase  42.67 
 
 
402 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1422  threonine dehydratase  38.54 
 
 
403 aa  238  2e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  38.99 
 
 
403 aa  237  2e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  42.22 
 
 
403 aa  236  4e-61  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  41.29 
 
 
411 aa  236  4e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0727  threonine dehydratase  41.92 
 
 
411 aa  235  9e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  41.81 
 
 
402 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08200  L-threonine ammonia-lyase  40.1 
 
 
408 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0196535 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1915  threonine dehydratase  39.84 
 
 
411 aa  233  5e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  38.23 
 
 
403 aa  232  9e-60  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>