More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2250 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
324 aa  666    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  95.68 
 
 
324 aa  608  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  73.46 
 
 
324 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  74.07 
 
 
324 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  73.46 
 
 
324 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  74.07 
 
 
324 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  73.46 
 
 
324 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  73.46 
 
 
324 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  72.27 
 
 
322 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  71.96 
 
 
323 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  74.6 
 
 
320 aa  470  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  75.31 
 
 
326 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  73.33 
 
 
321 aa  467  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  75.08 
 
 
320 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  71.66 
 
 
320 aa  455  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  72.47 
 
 
322 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.09 
 
 
318 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.4 
 
 
322 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  68.12 
 
 
324 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  68.75 
 
 
325 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  68.75 
 
 
325 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  71.56 
 
 
323 aa  428  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
327 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
327 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
327 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
327 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
327 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  64.8 
 
 
327 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
327 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  65.11 
 
 
327 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.46 
 
 
328 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.44 
 
 
339 aa  401  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.32 
 
 
338 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.26 
 
 
327 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  64.65 
 
 
324 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  67.5 
 
 
321 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  70.55 
 
 
321 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  57.19 
 
 
329 aa  376  1e-103  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.94 
 
 
318 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  60.77 
 
 
324 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  61.34 
 
 
318 aa  352  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  53.89 
 
 
322 aa  338  7e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.16 
 
 
332 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.16 
 
 
320 aa  321  9.999999999999999e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.84 
 
 
317 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.18 
 
 
321 aa  303  4.0000000000000003e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  44.55 
 
 
325 aa  286  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.85 
 
 
324 aa  286  4e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.67 
 
 
326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.27 
 
 
319 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  43.04 
 
 
326 aa  278  8e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.37 
 
 
320 aa  277  1e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.59 
 
 
319 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.59 
 
 
315 aa  273  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.69 
 
 
315 aa  270  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.63 
 
 
321 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.35 
 
 
315 aa  266  4e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.63 
 
 
320 aa  266  5e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  44.74 
 
 
304 aa  264  1e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  50.49 
 
 
320 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.77 
 
 
325 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.46 
 
 
304 aa  248  1e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.35 
 
 
333 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.67 
 
 
403 aa  238  9e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.2 
 
 
332 aa  236  3e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.5 
 
 
340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  42.26 
 
 
338 aa  232  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  37.5 
 
 
402 aa  232  8.000000000000001e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.05 
 
 
327 aa  229  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.32 
 
 
330 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  37.38 
 
 
402 aa  226  5.0000000000000005e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  41.74 
 
 
322 aa  225  9e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.72 
 
 
315 aa  224  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  37.25 
 
 
403 aa  223  3e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.82 
 
 
405 aa  222  6e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  37.79 
 
 
415 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.69 
 
 
319 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.52 
 
 
328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.38 
 
 
324 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  42.26 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.54 
 
 
401 aa  219  6e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  37.74 
 
 
403 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  38.12 
 
 
403 aa  218  8.999999999999998e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  37.87 
 
 
511 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.39 
 
 
331 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  37.7 
 
 
403 aa  216  4e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  35.83 
 
 
404 aa  215  8e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.37 
 
 
328 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  40.2 
 
 
402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  37.05 
 
 
403 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  41.03 
 
 
395 aa  213  2.9999999999999995e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  37.05 
 
 
403 aa  213  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  40.38 
 
 
402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  40.53 
 
 
329 aa  212  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  40.98 
 
 
358 aa  209  4e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.05 
 
 
324 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.07 
 
 
327 aa  209  6e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  39.2 
 
 
402 aa  209  6e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.81 
 
 
320 aa  208  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  38.89 
 
 
406 aa  207  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>