More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3966 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  100 
 
 
338 aa  694    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00779  threonine dehydratase  57.28 
 
 
338 aa  329  5.0000000000000004e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.695651  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  38.12 
 
 
329 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  42.26 
 
 
324 aa  210  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  41.94 
 
 
324 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.56 
 
 
323 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.9 
 
 
324 aa  202  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  39.87 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  39.05 
 
 
322 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40 
 
 
332 aa  200  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  39.3 
 
 
324 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.81 
 
 
328 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  39.3 
 
 
324 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  39.3 
 
 
324 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  38.98 
 
 
324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.76 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.87 
 
 
324 aa  196  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  40 
 
 
320 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.67 
 
 
318 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  38.02 
 
 
324 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  38.02 
 
 
324 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.11 
 
 
320 aa  195  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  39.12 
 
 
322 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  38.44 
 
 
304 aa  193  3e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  39.49 
 
 
326 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  40.76 
 
 
325 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  40.76 
 
 
325 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  41.72 
 
 
320 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.55 
 
 
322 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
327 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
327 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
327 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
327 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.82 
 
 
318 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
327 aa  190  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.91 
 
 
321 aa  190  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
327 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  37.62 
 
 
327 aa  190  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.29 
 
 
338 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  37.3 
 
 
327 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.95 
 
 
339 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  38.39 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.84 
 
 
304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  37.89 
 
 
324 aa  182  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.81 
 
 
318 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  41.05 
 
 
322 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.6 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.12 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.54 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  34.28 
 
 
404 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.83 
 
 
325 aa  179  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  39.37 
 
 
402 aa  179  9e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.94 
 
 
324 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  37.15 
 
 
415 aa  176  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  38.11 
 
 
402 aa  175  9e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.18 
 
 
403 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.71 
 
 
402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  38.31 
 
 
402 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  35.2 
 
 
403 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.02 
 
 
319 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  38.44 
 
 
406 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  35.94 
 
 
405 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.28 
 
 
317 aa  170  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  36.18 
 
 
403 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.65 
 
 
320 aa  169  6e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  36.18 
 
 
403 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.58 
 
 
320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.76 
 
 
319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.11 
 
 
323 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  36.31 
 
 
330 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.9 
 
 
315 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  37.42 
 
 
322 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.4 
 
 
333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  40.27 
 
 
321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.5 
 
 
332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  39.17 
 
 
402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.78 
 
 
330 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  37.23 
 
 
402 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  36.25 
 
 
401 aa  161  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.01 
 
 
315 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.59 
 
 
319 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  38.27 
 
 
412 aa  159  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  38.73 
 
 
358 aa  159  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  33.64 
 
 
403 aa  159  5e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.99 
 
 
324 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  34.92 
 
 
408 aa  158  1e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  32.08 
 
 
325 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.87 
 
 
321 aa  158  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.59 
 
 
319 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.58 
 
 
403 aa  157  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.38 
 
 
324 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  35.22 
 
 
403 aa  156  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  33.33 
 
 
347 aa  156  4e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.59 
 
 
340 aa  156  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.69 
 
 
326 aa  156  6e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  37.5 
 
 
401 aa  156  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  37.5 
 
 
401 aa  156  6e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.54 
 
 
315 aa  155  7e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  35.94 
 
 
402 aa  155  9e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>