More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3470 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
318 aa  649    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  83.8 
 
 
324 aa  537  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  74.37 
 
 
321 aa  475  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  72.01 
 
 
322 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  73.65 
 
 
320 aa  461  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  71.84 
 
 
324 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  72.15 
 
 
324 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  71.84 
 
 
324 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  69.94 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  69.94 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  70.25 
 
 
324 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  70.66 
 
 
323 aa  448  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  68.77 
 
 
324 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  69.09 
 
 
324 aa  444  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  69.52 
 
 
320 aa  438  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  71.07 
 
 
326 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  71.11 
 
 
320 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  72.78 
 
 
323 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  69.18 
 
 
325 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  69.18 
 
 
325 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.77 
 
 
322 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  73.02 
 
 
324 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  67.3 
 
 
327 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  67.3 
 
 
327 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  67.3 
 
 
327 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  71.43 
 
 
328 aa  429  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  67.3 
 
 
327 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  67.3 
 
 
327 aa  429  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  66.88 
 
 
327 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  67.3 
 
 
327 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  67.3 
 
 
327 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  69.81 
 
 
322 aa  425  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.52 
 
 
339 aa  427  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  72.38 
 
 
321 aa  417  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  75.44 
 
 
321 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  66.67 
 
 
324 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  68.79 
 
 
318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.65 
 
 
338 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.69 
 
 
327 aa  391  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.88 
 
 
318 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  53.7 
 
 
329 aa  350  2e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.96 
 
 
332 aa  343  2e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.96 
 
 
320 aa  328  9e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  53.31 
 
 
322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.92 
 
 
321 aa  320  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.23 
 
 
317 aa  288  1e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.63 
 
 
321 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.16 
 
 
325 aa  265  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.27 
 
 
315 aa  265  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.05 
 
 
315 aa  262  6.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.26 
 
 
324 aa  261  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.99 
 
 
315 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.35 
 
 
319 aa  258  8e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.67 
 
 
319 aa  257  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  44.74 
 
 
304 aa  255  7e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.12 
 
 
304 aa  251  8.000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  40.38 
 
 
325 aa  249  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.76 
 
 
330 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.31 
 
 
324 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.38 
 
 
320 aa  245  6.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.18 
 
 
319 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.96 
 
 
320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.96 
 
 
333 aa  243  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  39.24 
 
 
326 aa  241  2e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.61 
 
 
326 aa  240  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.08 
 
 
332 aa  238  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  43.93 
 
 
322 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  43.71 
 
 
329 aa  232  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.41 
 
 
327 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.01 
 
 
325 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  40.39 
 
 
403 aa  230  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.16 
 
 
328 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.61 
 
 
315 aa  226  4e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  45.13 
 
 
324 aa  225  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.43 
 
 
311 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.16 
 
 
328 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  41.99 
 
 
330 aa  223  3e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  39.09 
 
 
415 aa  223  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.43 
 
 
311 aa  222  6e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.43 
 
 
311 aa  222  6e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.12 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2244  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.85 
 
 
325 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.603637  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  41.67 
 
 
338 aa  219  6e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  35.65 
 
 
402 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.18 
 
 
325 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  45.85 
 
 
325 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  43.75 
 
 
320 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  35.33 
 
 
402 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.07 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.12 
 
 
343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.14 
 
 
331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  41.31 
 
 
402 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  35.78 
 
 
405 aa  210  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.24 
 
 
338 aa  210  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  37.46 
 
 
403 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  39.75 
 
 
402 aa  208  8e-53  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.51 
 
 
320 aa  208  8e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  35.86 
 
 
403 aa  207  2e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.13 
 
 
340 aa  207  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  39.94 
 
 
395 aa  206  4e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>