More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2122 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
332 aa  660    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  63.34 
 
 
329 aa  423  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  64.61 
 
 
322 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  55.14 
 
 
322 aa  358  6e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  57.88 
 
 
327 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  57.56 
 
 
327 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  57.56 
 
 
327 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  57.56 
 
 
327 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  57.56 
 
 
327 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  57.56 
 
 
327 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  57.56 
 
 
327 aa  355  5e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.36 
 
 
338 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  56.27 
 
 
327 aa  350  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  59.56 
 
 
324 aa  348  6e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.19 
 
 
328 aa  348  7e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  55.41 
 
 
324 aa  347  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  57.01 
 
 
325 aa  345  8e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  54.78 
 
 
324 aa  345  8e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  57.01 
 
 
325 aa  345  8e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  56.29 
 
 
320 aa  344  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  54.78 
 
 
324 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  54.78 
 
 
324 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.73 
 
 
323 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.96 
 
 
318 aa  342  4e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  56.96 
 
 
324 aa  342  4e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.35 
 
 
327 aa  342  5e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.78 
 
 
339 aa  341  8e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  54.14 
 
 
324 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  54.14 
 
 
324 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.3 
 
 
318 aa  340  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  55.17 
 
 
320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  55.16 
 
 
324 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.33 
 
 
320 aa  335  5.999999999999999e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  56.6 
 
 
322 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  57.86 
 
 
323 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  55.7 
 
 
321 aa  333  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  55.16 
 
 
324 aa  332  4e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  56.19 
 
 
320 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  53.44 
 
 
326 aa  325  9e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.68 
 
 
322 aa  325  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.17 
 
 
324 aa  324  1e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  55.56 
 
 
321 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  61.31 
 
 
318 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  57.09 
 
 
321 aa  309  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.88 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.47 
 
 
320 aa  298  6e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.27 
 
 
317 aa  296  5e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.98 
 
 
324 aa  295  7e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.45 
 
 
321 aa  293  4e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.81 
 
 
319 aa  292  6e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  43.81 
 
 
326 aa  287  1e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.86 
 
 
326 aa  288  1e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  44.84 
 
 
325 aa  286  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.48 
 
 
315 aa  286  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.16 
 
 
320 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.28 
 
 
319 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.19 
 
 
315 aa  279  6e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.16 
 
 
315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  42.67 
 
 
403 aa  273  4.0000000000000004e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  53.12 
 
 
320 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.77 
 
 
332 aa  266  4e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.83 
 
 
333 aa  261  8.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.94 
 
 
330 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.16 
 
 
304 aa  257  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.48 
 
 
331 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  45.9 
 
 
304 aa  248  7e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  45.1 
 
 
329 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.28 
 
 
328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  45.06 
 
 
324 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.87 
 
 
402 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  46.84 
 
 
402 aa  241  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  43.96 
 
 
322 aa  239  4e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.95 
 
 
328 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  44.73 
 
 
415 aa  238  9e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.1 
 
 
319 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  37.01 
 
 
402 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.05 
 
 
401 aa  237  2e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.1 
 
 
324 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  42.41 
 
 
403 aa  235  9e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  40.51 
 
 
405 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.61 
 
 
340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.33 
 
 
325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.25 
 
 
315 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  40.61 
 
 
347 aa  231  9e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  40.51 
 
 
418 aa  231  2e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  44.44 
 
 
403 aa  229  3e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.77 
 
 
325 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  43.21 
 
 
403 aa  226  3e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.86 
 
 
324 aa  226  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  46.23 
 
 
358 aa  225  7e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  40 
 
 
338 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  44.92 
 
 
402 aa  223  3e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  40.85 
 
 
402 aa  223  3e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  43.04 
 
 
403 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  37.87 
 
 
403 aa  223  4.9999999999999996e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  35.55 
 
 
403 aa  221  1.9999999999999999e-56  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  36.71 
 
 
404 aa  219  3e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  42.41 
 
 
403 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  42.95 
 
 
400 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  40.78 
 
 
401 aa  217  2e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>