More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4825 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
322 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  85.4 
 
 
322 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  78.57 
 
 
324 aa  511  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  77.64 
 
 
324 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  77.95 
 
 
324 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  77.64 
 
 
324 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  77.64 
 
 
324 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  77.64 
 
 
324 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  75.47 
 
 
323 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  76.03 
 
 
320 aa  491  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  78.1 
 
 
320 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  75.16 
 
 
326 aa  476  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  72.27 
 
 
324 aa  476  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  70.72 
 
 
324 aa  465  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  73.42 
 
 
321 aa  464  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  72.01 
 
 
318 aa  459  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  72.36 
 
 
324 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  71.2 
 
 
320 aa  458  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  68.87 
 
 
325 aa  431  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  68.87 
 
 
325 aa  431  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  68.63 
 
 
323 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.25 
 
 
322 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  67.82 
 
 
328 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  63.32 
 
 
327 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  62.38 
 
 
327 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  62.38 
 
 
327 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  62.38 
 
 
327 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  62.38 
 
 
327 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  62.38 
 
 
327 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  62.38 
 
 
327 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  62.38 
 
 
327 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.76 
 
 
339 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  65.08 
 
 
324 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.69 
 
 
338 aa  395  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.81 
 
 
318 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  65.42 
 
 
321 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  61.41 
 
 
324 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  65.75 
 
 
321 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.54 
 
 
318 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.6 
 
 
327 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.14 
 
 
332 aa  353  2e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  50.78 
 
 
329 aa  345  6e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.84 
 
 
320 aa  330  1e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  50.47 
 
 
322 aa  328  7e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.52 
 
 
321 aa  319  3.9999999999999996e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.08 
 
 
317 aa  296  2e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  43.95 
 
 
325 aa  283  3.0000000000000004e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.49 
 
 
319 aa  282  4.0000000000000003e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.09 
 
 
324 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.77 
 
 
315 aa  278  8e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.9 
 
 
326 aa  275  7e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  43.53 
 
 
326 aa  275  9e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.48 
 
 
330 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.19 
 
 
315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.63 
 
 
320 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.17 
 
 
315 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.9 
 
 
321 aa  269  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45 
 
 
320 aa  268  8.999999999999999e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.48 
 
 
333 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.72 
 
 
325 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.81 
 
 
319 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  44.08 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.57 
 
 
328 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.17 
 
 
331 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  45.36 
 
 
320 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.92 
 
 
328 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  43.3 
 
 
322 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.14 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  43.38 
 
 
329 aa  242  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.96 
 
 
402 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.43 
 
 
324 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  38.96 
 
 
402 aa  236  6e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.21 
 
 
327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.5 
 
 
332 aa  233  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  39.49 
 
 
403 aa  233  3e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.85 
 
 
319 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.12 
 
 
324 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  37.87 
 
 
403 aa  230  3e-59  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.68 
 
 
315 aa  228  8e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.7 
 
 
405 aa  228  9e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  37.38 
 
 
415 aa  226  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  40.86 
 
 
402 aa  223  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  43.89 
 
 
324 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.81 
 
 
325 aa  222  6e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.74 
 
 
340 aa  222  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  38.46 
 
 
403 aa  221  9.999999999999999e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.73 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  39.17 
 
 
338 aa  220  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  38.44 
 
 
403 aa  218  7.999999999999999e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  40.98 
 
 
402 aa  217  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  37.09 
 
 
403 aa  216  2.9999999999999998e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  41.07 
 
 
395 aa  217  2.9999999999999998e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  39.87 
 
 
408 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  37.09 
 
 
403 aa  216  4e-55  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  41.97 
 
 
358 aa  216  4e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.62 
 
 
403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.5 
 
 
343 aa  215  7e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  35.26 
 
 
403 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  36.42 
 
 
511 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3029  threonine dehydratase  41.31 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0116526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>