More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2700 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 
321 aa  668    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  90.48 
 
 
315 aa  608  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  85.31 
 
 
320 aa  578  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  77.04 
 
 
319 aa  522  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  77.26 
 
 
324 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  73.97 
 
 
315 aa  504  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  70.9 
 
 
326 aa  491  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  70.9 
 
 
326 aa  489  1e-137  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  72.87 
 
 
325 aa  485  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  70.03 
 
 
319 aa  471  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.12 
 
 
315 aa  333  2e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.88 
 
 
317 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.95 
 
 
320 aa  311  1e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  53.42 
 
 
320 aa  301  7.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.45 
 
 
332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  44.69 
 
 
324 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.02 
 
 
320 aa  260  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  43.73 
 
 
324 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  43.73 
 
 
324 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  44.05 
 
 
324 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  44.05 
 
 
324 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  43.41 
 
 
324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  42.95 
 
 
327 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.72 
 
 
329 aa  253  4.0000000000000004e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  43.27 
 
 
327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
327 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  42.95 
 
 
324 aa  250  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  41.9 
 
 
322 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  43.55 
 
 
320 aa  248  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  42.63 
 
 
324 aa  247  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  43.73 
 
 
320 aa  246  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  45.34 
 
 
320 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  43.77 
 
 
326 aa  243  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.8 
 
 
322 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.63 
 
 
318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.31 
 
 
338 aa  242  6e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.48 
 
 
322 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.02 
 
 
304 aa  239  4e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03634  threonine dehydratase  45.3 
 
 
292 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.9 
 
 
324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.32 
 
 
323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.58 
 
 
328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.39 
 
 
324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  41.14 
 
 
347 aa  232  5e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.51 
 
 
321 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  42.26 
 
 
323 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.61 
 
 
339 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
325 aa  226  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  42.12 
 
 
325 aa  226  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.02 
 
 
320 aa  223  3e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.06 
 
 
402 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  42.54 
 
 
322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.72 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.16 
 
 
327 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  39.74 
 
 
304 aa  218  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  37.74 
 
 
402 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.2 
 
 
324 aa  216  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  43.95 
 
 
321 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  42.61 
 
 
321 aa  212  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  35.78 
 
 
403 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.66 
 
 
318 aa  208  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  35.87 
 
 
405 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.31 
 
 
327 aa  204  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.82 
 
 
330 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.17 
 
 
340 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  38.62 
 
 
408 aa  199  5e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  37.41 
 
 
418 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.83 
 
 
332 aa  192  7e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.21 
 
 
325 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.82 
 
 
333 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.99 
 
 
319 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  37.97 
 
 
329 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.77 
 
 
323 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  37.58 
 
 
402 aa  187  2e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  32.9 
 
 
403 aa  187  2e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  34.38 
 
 
403 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  38.96 
 
 
403 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 
320 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3798  hypothetical protein  36.25 
 
 
320 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4146  hypothetical protein  36.25 
 
 
320 aa  186  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.94 
 
 
324 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0008  hypothetical protein  36.25 
 
 
320 aa  186  7e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.38 
 
 
328 aa  185  8e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  35.22 
 
 
403 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  39.22 
 
 
358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  38.46 
 
 
330 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0994  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.92 
 
 
340 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.430606  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  35.78 
 
 
401 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.78 
 
 
315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.34 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  35.78 
 
 
401 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.76 
 
 
331 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  33.44 
 
 
402 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.36 
 
 
318 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  34.94 
 
 
403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>