More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3519 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
339 aa  687    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  76.62 
 
 
324 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  73.16 
 
 
324 aa  449  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  71.61 
 
 
328 aa  442  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.52 
 
 
318 aa  426  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  70.75 
 
 
324 aa  424  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  67.09 
 
 
324 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
324 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  66.24 
 
 
324 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  67.3 
 
 
321 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  66.56 
 
 
324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  67.2 
 
 
324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  66.56 
 
 
324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  64.76 
 
 
322 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  66.14 
 
 
320 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.71 
 
 
322 aa  401  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  64.44 
 
 
324 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  63.49 
 
 
324 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.74 
 
 
338 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  65.62 
 
 
326 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  64.01 
 
 
320 aa  386  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  63.09 
 
 
325 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  63.09 
 
 
325 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  60 
 
 
327 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  60 
 
 
327 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  60 
 
 
327 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  60 
 
 
327 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  60 
 
 
327 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  60 
 
 
327 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.49 
 
 
323 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  60 
 
 
327 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  59.68 
 
 
327 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  62.97 
 
 
322 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  65.09 
 
 
323 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  64.44 
 
 
320 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.75 
 
 
327 aa  368  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.94 
 
 
318 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  63.06 
 
 
321 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  52.87 
 
 
329 aa  355  5.999999999999999e-97  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  63.38 
 
 
321 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  54.31 
 
 
322 aa  343  2e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  57.69 
 
 
332 aa  341  1e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  61.02 
 
 
318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.8 
 
 
320 aa  331  1e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.46 
 
 
321 aa  311  6.999999999999999e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.6 
 
 
319 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.17 
 
 
304 aa  266  4e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  48.03 
 
 
304 aa  266  4e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.59 
 
 
317 aa  265  7e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.9 
 
 
319 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.3 
 
 
320 aa  262  6e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.82 
 
 
324 aa  259  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.63 
 
 
325 aa  260  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.26 
 
 
315 aa  255  7e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  41.59 
 
 
325 aa  255  8e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  40.45 
 
 
403 aa  253  4.0000000000000004e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.13 
 
 
326 aa  250  3e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.61 
 
 
321 aa  250  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  40.13 
 
 
326 aa  248  1e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.05 
 
 
315 aa  247  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.61 
 
 
315 aa  247  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.38 
 
 
333 aa  246  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.94 
 
 
332 aa  243  3e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  48.26 
 
 
320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.13 
 
 
315 aa  239  5.999999999999999e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.46 
 
 
402 aa  238  9e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.32 
 
 
320 aa  238  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.94 
 
 
330 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  37.82 
 
 
402 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  44.9 
 
 
402 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  39.66 
 
 
403 aa  230  2e-59  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  46.98 
 
 
324 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.72 
 
 
324 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.69 
 
 
405 aa  229  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  41.72 
 
 
402 aa  226  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.25 
 
 
325 aa  227  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  44.17 
 
 
330 aa  227  3e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  46.45 
 
 
358 aa  225  7e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  39.62 
 
 
415 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  42.77 
 
 
402 aa  224  2e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  41.51 
 
 
412 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  42.38 
 
 
408 aa  224  2e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.93 
 
 
324 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  39.17 
 
 
402 aa  223  4e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  37.5 
 
 
403 aa  223  4e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  45.48 
 
 
327 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  35.69 
 
 
404 aa  222  6e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.6 
 
 
319 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  44.24 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.67 
 
 
338 aa  221  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  37.5 
 
 
403 aa  221  9.999999999999999e-57  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  40.85 
 
 
401 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.63 
 
 
328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.4 
 
 
331 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  37.17 
 
 
403 aa  219  3.9999999999999997e-56  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  43.52 
 
 
329 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  39.81 
 
 
401 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.18 
 
 
325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  39.81 
 
 
401 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  48.18 
 
 
325 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>