More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1010 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
315 aa  641    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  61.02 
 
 
317 aa  404  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.67 
 
 
319 aa  347  1e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.38 
 
 
326 aa  346  3e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.7 
 
 
324 aa  344  8.999999999999999e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  52.37 
 
 
326 aa  342  2.9999999999999997e-93  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.04 
 
 
315 aa  338  9.999999999999999e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.11 
 
 
320 aa  335  7e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.12 
 
 
321 aa  333  2e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  51.11 
 
 
325 aa  333  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.48 
 
 
315 aa  331  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  52.7 
 
 
319 aa  329  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.21 
 
 
320 aa  298  6e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  49.83 
 
 
320 aa  264  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  45.19 
 
 
322 aa  252  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  41.85 
 
 
329 aa  247  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  45.31 
 
 
324 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.16 
 
 
332 aa  246  3e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  44.98 
 
 
324 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  44.98 
 
 
324 aa  245  8e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  44.69 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  45.31 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  44.98 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  45.31 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  46.15 
 
 
327 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  46.15 
 
 
327 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  46.15 
 
 
327 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  46.15 
 
 
327 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  46.15 
 
 
327 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  46.15 
 
 
327 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.31 
 
 
338 aa  241  9e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  46.08 
 
 
326 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  45.83 
 
 
327 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  44.93 
 
 
320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.87 
 
 
323 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  44.37 
 
 
324 aa  239  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  47.1 
 
 
323 aa  238  9e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
325 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  46.13 
 
 
325 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  45.19 
 
 
327 aa  235  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.1 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.05 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  44.55 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  43.91 
 
 
320 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  41.59 
 
 
322 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  43.73 
 
 
304 aa  230  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.07 
 
 
327 aa  228  9e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.87 
 
 
321 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.26 
 
 
321 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.74 
 
 
324 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.21 
 
 
320 aa  225  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.05 
 
 
339 aa  223  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.12 
 
 
328 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.77 
 
 
318 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.03 
 
 
322 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.77 
 
 
324 aa  215  7e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.48 
 
 
304 aa  215  7e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.62 
 
 
403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.81 
 
 
318 aa  211  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  45.19 
 
 
322 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.31 
 
 
315 aa  209  4e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03634  threonine dehydratase  43.05 
 
 
292 aa  209  7e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  36.01 
 
 
402 aa  208  8e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  45.51 
 
 
321 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.16 
 
 
332 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  40.38 
 
 
403 aa  203  3e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  45.49 
 
 
321 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  39.82 
 
 
347 aa  202  5e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.6 
 
 
330 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.02 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  35.46 
 
 
402 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  38.49 
 
 
408 aa  199  3e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  36.66 
 
 
405 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.13 
 
 
324 aa  199  7e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  38.41 
 
 
403 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02525  Pyridoxal-phosphate dependent enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14470)  37.06 
 
 
361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.120013 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.42 
 
 
331 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41 
 
 
328 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.1 
 
 
323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.91 
 
 
340 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.13 
 
 
333 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  37.5 
 
 
401 aa  187  3e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  34.6 
 
 
403 aa  186  4e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.5 
 
 
325 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  36.39 
 
 
403 aa  186  6e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  34.08 
 
 
404 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.67 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  38.91 
 
 
402 aa  184  2.0000000000000003e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  36.98 
 
 
402 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  35.74 
 
 
501 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  34.07 
 
 
403 aa  181  1e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  33.44 
 
 
403 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  37.21 
 
 
418 aa  180  2.9999999999999997e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  35.43 
 
 
395 aa  180  2.9999999999999997e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  37.03 
 
 
401 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  38.73 
 
 
403 aa  179  7e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  40.06 
 
 
330 aa  179  8e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1902  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.81 
 
 
327 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  32.8 
 
 
403 aa  177  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  35.14 
 
 
415 aa  177  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>