More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_13987 on replicon NC_011681
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011681  PHATRDRAFT_13987  predicted protein  100 
 
 
347 aa  715    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  44.34 
 
 
326 aa  253  3e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.04 
 
 
326 aa  252  7e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.43 
 
 
324 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.54 
 
 
315 aa  246  4e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.24 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  42.07 
 
 
325 aa  244  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.14 
 
 
321 aa  243  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.79 
 
 
315 aa  241  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.03 
 
 
319 aa  236  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  38.73 
 
 
329 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.76 
 
 
320 aa  231  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.73 
 
 
332 aa  227  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.52 
 
 
320 aa  225  8e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.8 
 
 
317 aa  218  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.73 
 
 
320 aa  216  4e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.43 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  39.58 
 
 
322 aa  212  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.34 
 
 
321 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  41.49 
 
 
320 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.21 
 
 
304 aa  204  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  38.91 
 
 
327 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.39 
 
 
328 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  36.47 
 
 
325 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  36.47 
 
 
325 aa  192  8e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  38.05 
 
 
324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  38.05 
 
 
324 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  38.05 
 
 
324 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.58 
 
 
338 aa  189  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.58 
 
 
324 aa  189  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  37.69 
 
 
326 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.47 
 
 
327 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  35.87 
 
 
304 aa  188  1e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  38.17 
 
 
324 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.92 
 
 
324 aa  187  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  36.87 
 
 
324 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  37.09 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.97 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  37.98 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  37.39 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  37.39 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.12 
 
 
318 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.56 
 
 
330 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  37.46 
 
 
324 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  36.25 
 
 
403 aa  182  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  36.47 
 
 
320 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  34.86 
 
 
402 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  37.35 
 
 
324 aa  179  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  37.69 
 
 
320 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.18 
 
 
321 aa  178  9e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  35.69 
 
 
322 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.48 
 
 
318 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  33.94 
 
 
323 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.25 
 
 
324 aa  176  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.94 
 
 
339 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.76 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  33.64 
 
 
402 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.63 
 
 
340 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  36.01 
 
 
329 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  35.76 
 
 
403 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  34.14 
 
 
403 aa  170  4e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3966  threonine dehydratase  35.14 
 
 
338 aa  170  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.486699  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.52 
 
 
331 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.13 
 
 
325 aa  169  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.99 
 
 
318 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  34.33 
 
 
401 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.38 
 
 
333 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.46 
 
 
328 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  36.75 
 
 
321 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  39.2 
 
 
322 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  36.96 
 
 
321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.46 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.08 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.94 
 
 
315 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  32.35 
 
 
404 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.69 
 
 
324 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  35.76 
 
 
403 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  32.12 
 
 
405 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  34.03 
 
 
403 aa  158  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  35.15 
 
 
403 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.03 
 
 
324 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  31.42 
 
 
403 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.52 
 
 
332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  32.95 
 
 
346 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  32.95 
 
 
346 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1589  L-threonine ammonia-lyase  35.17 
 
 
329 aa  154  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00276702  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3833  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.52 
 
 
320 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03634  threonine dehydratase  40.45 
 
 
292 aa  153  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.93 
 
 
325 aa  152  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  34.31 
 
 
402 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0926  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.32 
 
 
325 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.119609 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  34.05 
 
 
330 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2252  L-threonine ammonia-lyase  37.32 
 
 
325 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>