124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3112 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3070  D-serine dehydratase  92.81 
 
 		 449 aa  828    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3112  D-serine dehydratase  100 
 
 		 445 aa  908    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20650  D-serine dehydratase  67.49 
 
 		 448 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00676968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3266  D-serine dehydratase  70.4 
 
 		 446 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1773  D-serine dehydratase  67.04 
 
 		 448 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02276  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 442 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02237  hypothetical protein  65.58 
 
 		 442 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2503  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 442 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.270405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2652  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 442 aa  565  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1291  D-serine ammonia-lyase  65.35 
 
 		 442 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1303  D-serine dehydratase  65.35 
 
 		 442 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.29121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2516  D-serine dehydratase  65.2 
 
 		 438 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  63.36 
 
 		 441 aa  558  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4027  D-serine dehydratase  65.81 
 
 		 440 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3597  D-serine dehydratase  65.12 
 
 		 442 aa  561  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4082  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 440 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4132  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 440 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4011  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 440 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4190  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 440 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02609  D-serine dehydratase  64.4 
 
 		 443 aa  553  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3449  D-serine dehydratase  63.72 
 
 		 441 aa  552  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003747  D-serine dehydratase  63.76 
 
 		 443 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0243202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4659  D-serine dehydratase  62.09 
 
 		 443 aa  540  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1855  D-serine dehydratase  60.73 
 
 		 443 aa  536  1e-151  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.478558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3934  D-serine ammonia-lyase  60.46 
 
 		 451 aa  536  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1653  D-serine dehydratase  59.18 
 
 		 446 aa  528  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1784  D-serine dehydratase  59.18 
 
 		 446 aa  528  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.936434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1650  D-serine dehydratase  60.82 
 
 		 445 aa  530  1e-149  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.351732  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1600  D-serine dehydratase  59.41 
 
 		 446 aa  527  1e-148  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.99334  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1833  D-serine dehydratase  59.18 
 
 		 464 aa  526  1e-148  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4129  D-serine ammonia-lyase  59.73 
 
 		 456 aa  528  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0021  D-serine dehydratase  63.64 
 
 		 434 aa  528  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2515  D-serine dehydratase  63.66 
 
 		 445 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.790637 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3545  D-serine dehydratase  60.05 
 
 		 443 aa  527  1e-148  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1631  D-serine dehydratase  59.18 
 
 		 446 aa  525  1e-147  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325851  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1907  D-serine dehydratase  59.18 
 
 		 443 aa  523  1e-147  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000531501  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1796  D-serine dehydratase  59.59 
 
 		 443 aa  521  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.395569  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1718  D-serine dehydratase  61.31 
 
 		 432 aa  521  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2735  D-serine dehydratase  63.86 
 
 		 422 aa  520  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2017  D-serine dehydratase  58.68 
 
 		 464 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1151  D-serine ammonia-lyase  61.19 
 
 		 461 aa  502  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  55.53 
 
 		 445 aa  496  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2763  D-serine dehydratase  56.31 
 
 		 459 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2895  D-serine dehydratase  55.2 
 
 		 449 aa  458  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  49.19 
 
 		 438 aa  417  9.999999999999999e-116  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1621  D-serine dehydratase  46.77 
 
 		 440 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.48816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4614  D-serine dehydratase  50.12 
 
 		 455 aa  386  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  46.98 
 
 		 442 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2915  D-serine dehydratase  48.36 
 
 		 443 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.464648  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  47.1 
 
 		 446 aa  360  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  50.35 
 
 		 451 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2250  D-serine dehydratase  50.35 
 
 		 451 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.81638 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  52.47 
 
 		 379 aa  351  1e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  44.94 
 
 		 473 aa  350  2e-95  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0245  D-serine dehydratase  48.84 
 
 		 444 aa  348  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0232  D-serine dehydratase  48.92 
 
 		 429 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.910645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2856  D-serine dehydratase  46.99 
 
 		 445 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1220  D-serine dehydratase  46.76 
 
 		 445 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2980  D-serine dehydratase  46.76 
 
 		 445 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1577  D-serine dehydratase  50.35 
 
 		 282 aa  244  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1763  D-serine dehydratase  50 
 
 		 283 aa  244  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.634059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0329  D-serine dehydratase  39.33 
 
 		 110 aa  65.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1576  D-serine ammonia-lyase  42.4 
 
 		 155 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1762  D-serine dehydratase  42.4 
 
 		 155 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  24.24 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  24.13 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  23.25 
 
 		 403 aa  56.2  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  24.75 
 
 		 405 aa  55.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  22.22 
 
 		 393 aa  53.9  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  26.64 
 
 		 328 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  24.28 
 
 		 402 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0264  cysteine synthase A  23.93 
 
 		 290 aa  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0316091  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  25 
 
 		 408 aa  51.6  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  25 
 
 		 318 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  22.59 
 
 		 408 aa  51.2  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0266  cysteine synthase A  23.85 
 
 		 291 aa  50.8  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0459085  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  27.44 
 
 		 319 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  23.55 
 
 		 405 aa  50.8  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  23.46 
 
 		 505 aa  50.4  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  24.71 
 
 		 321 aa  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  23.24 
 
 		 396 aa  48.9  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  25.63 
 
 		 321 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0746  cysteine synthases  31.52 
 
 		 305 aa  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  22.31 
 
 		 753 aa  47.8  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2124  threonine dehydratase  26.21 
 
 		 507 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619437  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  23.15 
 
 		 403 aa  47.8  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2763  threonine dehydratase  26.78 
 
 		 507 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  23.05 
 
 		 514 aa  47.4  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2736  threonine dehydratase  26.21 
 
 		 507 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05060  threonine dehydratase  26.34 
 
 		 443 aa  47  0.0007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.925134  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6064  threonine dehydratase  26.93 
 
 		 507 aa  46.6  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3711  tryptophan synthase subunit beta  22.13 
 
 		 454 aa  46.2  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2258  tryptophan synthase subunit beta  23.19 
 
 		 451 aa  45.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  25.32 
 
 		 311 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2835  D-serine dehydratase (D-serine deaminase) (DSD)  46.51 
 
 		 46 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  hitchhiker  0.00000000706705 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  25.32 
 
 		 311 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  24.04 
 
 		 501 aa  45.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1958  tryptophan synthase subunit beta  22.81 
 
 		 451 aa  46.2  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  23.65 
 
 		 506 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  23.65 
 
 		 506 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>