More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0239 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  100 
 
 		 408 aa  849    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  66.84 
 
 		 397 aa  555  1e-157  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  61.29 
 
 		 405 aa  533  1e-150  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  54.34 
 
 		 400 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  52.38 
 
 		 406 aa  451  1e-125  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.16044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  52.36 
 
 		 400 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1266  diaminopropionate ammonia-lyase  53.09 
 
 		 406 aa  435  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  55.11 
 
 		 410 aa  438  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1434  diaminopropionate ammonia-lyase  50 
 
 		 413 aa  408  1e-113  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1038  diaminopropionate ammonia-lyase  53.53 
 
 		 404 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.61616  hitchhiker  0.00023872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1011  diaminopropionate ammonia-lyase  52.96 
 
 		 404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000144159  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  52.23 
 
 		 410 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1103  diaminopropionate ammonia-lyase  53.53 
 
 		 404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.624522 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1070  diaminopropionate ammonia-lyase  52.42 
 
 		 404 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000973165 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  49.74 
 
 		 398 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  49.74 
 
 		 398 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  49.74 
 
 		 398 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  49.74 
 
 		 398 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  49.74 
 
 		 398 aa  374  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  49.74 
 
 		 398 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  49.74 
 
 		 398 aa  374  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  49.74 
 
 		 398 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  46.97 
 
 		 392 aa  352  5e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  46.58 
 
 		 393 aa  352  8e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  46.77 
 
 		 390 aa  343  2.9999999999999997e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0639  diaminopropionate ammonia-lyase  41.09 
 
 		 410 aa  309  5.9999999999999995e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  40.51 
 
 		 393 aa  299  5e-80  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  40.87 
 
 		 410 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  39.63 
 
 		 410 aa  256  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  41.6 
 
 		 410 aa  256  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  37.19 
 
 		 399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  39.58 
 
 		 393 aa  251  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  39.37 
 
 		 403 aa  250  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  38.87 
 
 		 396 aa  250  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  39.94 
 
 		 397 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  38.74 
 
 		 407 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  39.58 
 
 		 415 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4781  diaminopropionate ammonia-lyase  36.75 
 
 		 403 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.0649173 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  36.21 
 
 		 402 aa  220  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1635  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.89 
 
 		 402 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.752486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.78 
 
 		 396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  38.07 
 
 		 399 aa  213  7e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3336  diaminopropionate ammonia-lyase  38.96 
 
 		 380 aa  206  5e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0394845  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5456  diaminopropionate ammonia-lyase  38.08 
 
 		 414 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.372384 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  36.79 
 
 		 414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  35.06 
 
 		 401 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6137  diaminopropionate ammonia-lyase  36.24 
 
 		 408 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6425  diaminopropionate ammonia-lyase  35.69 
 
 		 408 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5230  diaminopropionate ammonia-lyase  36.55 
 
 		 410 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5629  diaminopropionate ammonia-lyase  36.55 
 
 		 410 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00139675 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4600  diaminopropionate ammonia-lyase  36.68 
 
 		 410 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000175308 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0057  diaminopropionate ammonia-lyase  36.55 
 
 		 410 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  34.93 
 
 		 753 aa  178  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.29 
 
 		 350 aa  116  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1343  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.31 
 
 		 368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1828  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.77 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2709  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.33 
 
 		 352 aa  90.9  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201895  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  23.21 
 
 		 473 aa  75.1  0.000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  28.12 
 
 		 511 aa  73.2  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1733  hypothetical protein  46.07 
 
 		 116 aa  71.6  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000606559  normal  0.524919 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  31.58 
 
 		 527 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  26.34 
 
 		 515 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5685  threonine dehydratase  29.61 
 
 		 517 aa  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000112731  normal  0.257645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  26.34 
 
 		 515 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_83915  threonine deaminase  25.93 
 
 		 539 aa  63.9  0.000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.370739  normal  0.0940196 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.46 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  23.89 
 
 		 418 aa  62.8  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  30.41 
 
 		 505 aa  62.4  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3772  threonine dehydratase  29.78 
 
 		 514 aa  62  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.450956  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4295  threonine dehydratase  29.1 
 
 		 514 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4130  threonine dehydratase  29.1 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4236  threonine dehydratase  29.1 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  27.84 
 
 		 408 aa  61.2  0.00000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4187  threonine dehydratase  29.1 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4115  threonine dehydratase  29.1 
 
 		 514 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  24.11 
 
 		 405 aa  61.2  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  26.27 
 
 		 504 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  27.16 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  29.79 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2496  threonine dehydratase  32.14 
 
 		 416 aa  60.1  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  29.1 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  28.85 
 
 		 549 aa  60.1  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  24.32 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664641 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03650  threonine dehydratase  28.69 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00482179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4204  threonine dehydratase, biosynthetic  28.69 
 
 		 514 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806906  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5206  threonine dehydratase  28.69 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4139  threonine dehydratase  28.69 
 
 		 515 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0936158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4147  threonine dehydratase  28.69 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0142  threonine dehydratase  29.21 
 
 		 514 aa  59.3  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03599  hypothetical protein  28.69 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00379045  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4230  threonine dehydratase  28.69 
 
 		 515 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3989  threonine dehydratase  28.69 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39224  predicted protein  28.21 
 
 		 510 aa  59.7  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0161526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4284  threonine dehydratase  28.69 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.976418  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  25.81 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  28.57 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  28.65 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1597  threonine dehydratase  30.81 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  25.16 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  25.35 
 
 		 531 aa  58.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>