More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4908 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B0057  diaminopropionate ammonia-lyase  85.51 
 
 		 410 aa  645    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5456  diaminopropionate ammonia-lyase  95.89 
 
 		 414 aa  764    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.372384 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5230  diaminopropionate ammonia-lyase  85.02 
 
 		 410 aa  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  100 
 
 		 414 aa  824    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5629  diaminopropionate ammonia-lyase  85.02 
 
 		 410 aa  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00139675 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4600  diaminopropionate ammonia-lyase  85.27 
 
 		 410 aa  644    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000175308 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  68.16 
 
 		 415 aa  533  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  64.53 
 
 		 401 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  44.91 
 
 		 407 aa  310  2e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  46.95 
 
 		 410 aa  306  6e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  43.04 
 
 		 393 aa  293  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  45.57 
 
 		 410 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  43.04 
 
 		 396 aa  288  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  47.23 
 
 		 410 aa  286  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  45.34 
 
 		 397 aa  286  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  42.4 
 
 		 399 aa  273  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  48.27 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  43.99 
 
 		 403 aa  265  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6137  diaminopropionate ammonia-lyase  43.36 
 
 		 408 aa  259  8e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6425  diaminopropionate ammonia-lyase  43.36 
 
 		 408 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  45.9 
 
 		 399 aa  243  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  36.91 
 
 		 400 aa  230  3e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4781  diaminopropionate ammonia-lyase  42.33 
 
 		 403 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.0649173 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  34.65 
 
 		 406 aa  227  2e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.16044  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1266  diaminopropionate ammonia-lyase  39.55 
 
 		 406 aa  225  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1070  diaminopropionate ammonia-lyase  38.75 
 
 		 404 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000973165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1038  diaminopropionate ammonia-lyase  38.75 
 
 		 404 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.61616  hitchhiker  0.00023872 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1103  diaminopropionate ammonia-lyase  38.75 
 
 		 404 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.624522 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1011  diaminopropionate ammonia-lyase  38.75 
 
 		 404 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000144159  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  37.67 
 
 		 398 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  37.67 
 
 		 398 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  37.67 
 
 		 398 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  37.67 
 
 		 398 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  37.67 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  37.67 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  37.67 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  38.72 
 
 		 400 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  40.78 
 
 		 410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  37.67 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1434  diaminopropionate ammonia-lyase  36.39 
 
 		 413 aa  218  1e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  38.53 
 
 		 393 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0639  diaminopropionate ammonia-lyase  36.29 
 
 		 410 aa  217  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  38.53 
 
 		 392 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  36.79 
 
 		 408 aa  210  4e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  35.98 
 
 		 397 aa  210  4e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  35.41 
 
 		 405 aa  205  1e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  38.96 
 
 		 410 aa  203  4e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  36.14 
 
 		 390 aa  203  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1635  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.04 
 
 		 402 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.752486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.83 
 
 		 396 aa  179  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  33.33 
 
 		 393 aa  166  9e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3336  diaminopropionate ammonia-lyase  42.09 
 
 		 380 aa  158  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0394845  normal  0.212705 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  31.7 
 
 		 753 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.64 
 
 		 350 aa  126  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2709  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.65 
 
 		 352 aa  125  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201895  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1343  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.42 
 
 		 368 aa  123  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1828  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.92 
 
 		 345 aa  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  29.52 
 
 		 504 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  29.52 
 
 		 504 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  26.48 
 
 		 511 aa  84  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  28.85 
 
 		 503 aa  84  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  29.25 
 
 		 514 aa  80.5  0.00000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  24.77 
 
 		 507 aa  77.4  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  28.16 
 
 		 515 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  27.94 
 
 		 515 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  28.99 
 
 		 505 aa  75.5  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  27.22 
 
 		 520 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4441  hypothetical protein  31.29 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3269  threonine dehydratase  28.05 
 
 		 502 aa  73.6  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.579031  normal  0.510346 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  28.24 
 
 		 503 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  25.71 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4245  hypothetical protein  32.27 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  29.17 
 
 		 403 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  27.84 
 
 		 506 aa  71.2  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  27.84 
 
 		 506 aa  71.2  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  27.53 
 
 		 509 aa  71.2  0.00000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  25.77 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  25.39 
 
 		 513 aa  70.1  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  28.81 
 
 		 403 aa  70.1  0.00000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  26.98 
 
 		 501 aa  69.7  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  25.95 
 
 		 514 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0676  threonine dehydratase  28.08 
 
 		 503 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.427964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3386  L-threonine ammonia-lyase  27.3 
 
 		 503 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  28.75 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4909  threonine dehydratase  27.64 
 
 		 527 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  26.86 
 
 		 323 aa  67.4  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3226  hypothetical protein  27.68 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  27.3 
 
 		 509 aa  67  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  30.48 
 
 		 323 aa  67  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  26.02 
 
 		 526 aa  66.6  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39224  predicted protein  24.57 
 
 		 510 aa  66.2  0.0000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0161526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  27.42 
 
 		 507 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.43 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2225  hypothetical protein  31.11 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  30.16 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  30.16 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  24.37 
 
 		 511 aa  63.2  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  28.31 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1134  threonine synthase  28.98 
 
 		 404 aa  63.2  0.000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1673  threonine dehydratase  21.9 
 
 		 422 aa  63.2  0.000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>