More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2709 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2709  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 		 352 aa  697    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201895  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1828  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  57.19 
 
 		 345 aa  316  3e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5076  diaminopropionate ammonia-lyase  40.74 
 
 		 399 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0463571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  40.62 
 
 		 403 aa  222  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  39.41 
 
 		 397 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0316  diaminopropionate ammonia-lyase  40.75 
 
 		 402 aa  212  9e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0159  diaminopropionate ammonia-lyase  41.67 
 
 		 410 aa  197  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1864  diaminopropionate ammonia-lyase  42.82 
 
 		 399 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0500959  normal  0.41026 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4533  diaminopropionate ammonia-lyase  40 
 
 		 410 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203939  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  37.73 
 
 		 410 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  40.81 
 
 		 396 aa  189  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4781  diaminopropionate ammonia-lyase  38.62 
 
 		 403 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.771046  normal  0.0649173 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4067  diaminopropionate ammonia-lyase  39.47 
 
 		 407 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04926  diaminopropionate ammonia-lyase  36.06 
 
 		 393 aa  177  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  38.14 
 
 		 401 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1499  diaminopropionate ammonia-lyase  32.51 
 
 		 406 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.16044  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  36.9 
 
 		 415 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5456  diaminopropionate ammonia-lyase  36.44 
 
 		 414 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.372384 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0639  diaminopropionate ammonia-lyase  31.31 
 
 		 410 aa  158  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4908  diaminopropionate ammonia-lyase  37.61 
 
 		 414 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.509638  normal  0.942836 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02704  diaminopropionate ammonia-lyase  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0821  diaminopropionate ammonia-lyase  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02666  hypothetical protein  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3031  diaminopropionate ammonia-lyase  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0105  diaminopropionate ammonia-lyase  33.22 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4161  diaminopropionate ammonia-lyase  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0837  diaminopropionate ammonia-lyase  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3004  diaminopropionate ammonia-lyase  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3196  diaminopropionate ammonia-lyase  30.83 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1635  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.74 
 
 		 402 aa  153  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.752486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4080  diaminopropionate ammonia-lyase  33.22 
 
 		 392 aa  152  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  30.77 
 
 		 400 aa  152  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1103  diaminopropionate ammonia-lyase  31.42 
 
 		 404 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.624522 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1011  diaminopropionate ammonia-lyase  31.42 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000144159  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1038  diaminopropionate ammonia-lyase  31.42 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.61616  hitchhiker  0.00023872 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0259  diaminopropionate ammonia-lyase  30.29 
 
 		 400 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.167418  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.68 
 
 		 396 aa  149  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1070  diaminopropionate ammonia-lyase  31.42 
 
 		 404 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000973165 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2030  diaminopropionate ammonia-lyase  32.89 
 
 		 390 aa  146  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.382998  normal  0.0279866 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  32.08 
 
 		 753 aa  145  9e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  29.75 
 
 		 405 aa  142  9e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1266  diaminopropionate ammonia-lyase  31.22 
 
 		 406 aa  142  9e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0421  diaminopropionate ammonia-lyase  36 
 
 		 410 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2043  diaminopropionate ammonia-lyase  36.75 
 
 		 410 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6425  diaminopropionate ammonia-lyase  33.33 
 
 		 408 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.630318 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6137  diaminopropionate ammonia-lyase  33.33 
 
 		 408 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1434  diaminopropionate ammonia-lyase  32.67 
 
 		 413 aa  137  2e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2653  diaminopropionate ammonia-lyase  29.39 
 
 		 397 aa  135  7.000000000000001e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4600  diaminopropionate ammonia-lyase  35 
 
 		 410 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000175308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5230  diaminopropionate ammonia-lyase  35.29 
 
 		 410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5629  diaminopropionate ammonia-lyase  35.29 
 
 		 410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00139675 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3533  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.18 
 
 		 350 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0057  diaminopropionate ammonia-lyase  36.87 
 
 		 410 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  31.23 
 
 		 393 aa  125  8.000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3336  diaminopropionate ammonia-lyase  35.48 
 
 		 380 aa  122  7e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0394845  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  28.49 
 
 		 408 aa  120  4.9999999999999996e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1343  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.86 
 
 		 368 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  34.04 
 
 		 402 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  30.07 
 
 		 403 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  30.94 
 
 		 509 aa  84.7  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  30.16 
 
 		 405 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.29 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  32.18 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  26.71 
 
 		 403 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  29.32 
 
 		 403 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  26.71 
 
 		 403 aa  80.9  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  29.59 
 
 		 403 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  26.38 
 
 		 403 aa  80.9  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0449  threonine dehydratase  32.46 
 
 		 507 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  28.22 
 
 		 514 aa  79.7  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  30.22 
 
 		 403 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  30.27 
 
 		 537 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  27.24 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2925  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  27.93 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.412032 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.08 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.61 
 
 		 330 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  32.39 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  31.22 
 
 		 511 aa  75.5  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  30.96 
 
 		 507 aa  74.7  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  27.78 
 
 		 406 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  27.69 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  29.58 
 
 		 403 aa  74.3  0.000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  31.98 
 
 		 506 aa  73.6  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  31.98 
 
 		 506 aa  73.6  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  31.39 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  26.58 
 
 		 408 aa  72.8  0.000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  27.2 
 
 		 511 aa  72.8  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1431  threonine dehydratase  31.39 
 
 		 509 aa  72  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0729808 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  32.59 
 
 		 503 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  26.17 
 
 		 511 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1597  threonine dehydratase  33.93 
 
 		 416 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  27.72 
 
 		 403 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  30.23 
 
 		 513 aa  72  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  26.06 
 
 		 403 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6064  threonine dehydratase  32.89 
 
 		 507 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  30.32 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  28.92 
 
 		 514 aa  71.2  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  31.22 
 
 		 520 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4126  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.59 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982421  normal  0.0175954 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15381  threonine dehydratase  31.11 
 
 		 514 aa  70.1  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.313826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>